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万見
- EMDB-15582: Cryo-electron tomogram of chikungunya virus spherules at plasma m... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15582
タイトルCryo-electron tomogram of chikungunya virus spherules at plasma membrane
マップデータCryo-electron tomogram of chikungunya virus spherules at plasma membrane (binned).
試料
  • 細胞: BHK cell transduced with chikungunya viral replicon particles
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Laurent T / Carlson LA
資金援助 スウェーデン, フランス, 4件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Human Frontier Science Program (HFSP)CDA00047/2017-C フランス
Swedish Research Council2018-05851 スウェーデン
Swedish Research Council2021-01145 スウェーデン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Architecture of the chikungunya virus replication organelle.
著者: Timothée Laurent / Pravin Kumar / Susanne Liese / Farnaz Zare / Mattias Jonasson / Andreas Carlson / Lars-Anders Carlson /
要旨: are mosquito-borne viruses that cause serious disease in humans and other mammals. Along with its mosquito vector, the s chikungunya virus (CHIKV) has spread explosively in the last 20 years, and ... are mosquito-borne viruses that cause serious disease in humans and other mammals. Along with its mosquito vector, the s chikungunya virus (CHIKV) has spread explosively in the last 20 years, and there is no approved treatment for chikungunya fever. On the plasma membrane of the infected cell, CHIKV generates dedicated organelles for viral RNA replication, so-called spherules. Whereas structures exist for several viral proteins that make up the spherule, the architecture of the full organelle is unknown. Here, we use cryo-electron tomography to image CHIKV spherules in their cellular context. This reveals that the viral protein nsP1 serves as a base for the assembly of a larger protein complex at the neck of the membrane bud. Biochemical assays show that the viral helicase-protease nsP2, while having no membrane affinity on its own, is recruited to membranes by nsP1. The tomograms further reveal that full-sized spherules contain a single copy of the viral genome in double-stranded form. Finally, we present a mathematical model that explains the membrane remodeling of the spherule in terms of the pressure exerted on the membrane by the polymerizing RNA, which provides a good agreement with the experimental data. The energy released by RNA polymerization is found to be sufficient to remodel the membrane to the characteristic spherule shape.
履歴
登録2022年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2022年11月2日-
現状2022年11月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15582.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-electron tomogram of chikungunya virus spherules at plasma membrane (binned).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.16 Å
密度
最小 - 最大-8296.711 - 3094.398
平均 (標準偏差)81.46063 (±202.4118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin16-16-256
サイズ927959512
Spacing959927512
セルA: 16456.44 Å / B: 15907.32 Å / C: 8785.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BHK cell transduced with chikungunya viral replicon particles

全体名称: BHK cell transduced with chikungunya viral replicon particles
要素
  • 細胞: BHK cell transduced with chikungunya viral replicon particles

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超分子 #1: BHK cell transduced with chikungunya viral replicon particles

超分子名称: BHK cell transduced with chikungunya viral replicon particles
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: CMC-Utrecht / 直径: 5 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4), CTFPHASEFLIP)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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