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- EMDB-15574: Symmetric hexamer of vaccinia virus DNA helicase D5 residues 323-785 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15574
タイトルSymmetric hexamer of vaccinia virus DNA helicase D5 residues 323-785
マップデータFlipped to correct hand, masked map from Relion PostRefine
試料
  • 複合体: D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785
    • タンパク質・ペプチド: Primase D5
キーワードDNA helicase / D5_N domain / DUF5906 domain / Pox_D5 domain / SF3 helicase / viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase/nucleoside triphosphatase, C-terminal / Poxvirus D5 protein-like / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncoating factor OPG117
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Burmeister WP / Hutin S / Ling WL / Grimm C / Schoehn G
資金援助 フランス, 5件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-13-BSV8-0014 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-0005-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)PoxRep フランス
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: The Vaccinia Virus DNA Helicase Structure from Combined Single-Particle Cryo-Electron Microscopy and AlphaFold2 Prediction.
著者: Stephanie Hutin / Wai Li Ling / Nicolas Tarbouriech / Guy Schoehn / Clemens Grimm / Utz Fischer / Wim P Burmeister /
要旨: Poxviruses are large DNA viruses with a linear double-stranded DNA genome circularized at the extremities. The helicase-primase D5, composed of six identical 90 kDa subunits, is required for DNA ...Poxviruses are large DNA viruses with a linear double-stranded DNA genome circularized at the extremities. The helicase-primase D5, composed of six identical 90 kDa subunits, is required for DNA replication. D5 consists of a primase fragment flexibly attached to the hexameric C-terminal polypeptide (res. 323-785) with confirmed nucleotide hydrolase and DNA-binding activity but an elusive helicase activity. We determined its structure by single-particle cryo-electron microscopy. It displays an AAA+ helicase core flanked by N- and C-terminal domains. Model building was greatly helped by the predicted structure of D5 using AlphaFold2. The 3.9 Å structure of the N-terminal domain forms a well-defined tight ring while the resolution decreases towards the C-terminus, still allowing the fit of the predicted structure. The N-terminal domain is partially present in papillomavirus E1 and polyomavirus LTA helicases, as well as in a bacteriophage NrS-1 helicase domain, which is also closely related to the AAA+ helicase domain of D5. Using the Pfam domain database, a D5_N domain followed by DUF5906 and Pox_D5 domains could be assigned to the cryo-EM structure, providing the first 3D structures for D5_N and Pox_D5 domains. The same domain organization has been identified in a family of putative helicases from large DNA viruses, bacteriophages, and selfish DNA elements.
履歴
登録2022年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15574.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15574.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Flipped to correct hand, masked map from Relion PostRefine
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.21 Å/pix.
x 256 pix.
= 309.76 Å		1.21 Å/pix.
x 256 pix.
= 309.76 Å		1.21 Å/pix.
x 256 pix.
= 309.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.21 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.03695955 - 0.08422958
平均 (標準偏差)0.00016060466 (±0.0020184428)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 309.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Flipped to correct hand, half map from Relion...

ファイルemd_15574_half_map_1.map
注釈Flipped to correct hand, half map from Relion Refine3D after polishing.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Flipped to correct hand, half map from Relion Refine3D after polishin

ファイルemd_15574_half_map_2.map
注釈Flipped to correct hand, half map from Relion Refine3D after polishin
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785

全体名称: D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785
要素
  • 複合体: D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785
    • タンパク質・ペプチド: Primase D5

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超分子 #1: D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785

超分子名称: D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: construct
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス)
分子量理論値: 321 KDa

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分子 #1: Primase D5

分子名称: Primase D5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス) / 株: Copenhagen
分子量理論値: 53.495285 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: AMGNKLFNIA QRILDTNSVL LTERGDYIVW INNSWKFNSE EPLITKLILS IRHQLPKEYS SELLCPRKRK TVEANIRDML VDSVETDTY PDKLPFKNGV LDLVDGMFYS GDDAKKYTCT VSTGFKFDDT KFVEDSPEME ELMNIINDIQ PLTDENKKNR E LYEKTLSS ...文字列:
AMGNKLFNIA QRILDTNSVL LTERGDYIVW INNSWKFNSE EPLITKLILS IRHQLPKEYS SELLCPRKRK TVEANIRDML VDSVETDTY PDKLPFKNGV LDLVDGMFYS GDDAKKYTCT VSTGFKFDDT KFVEDSPEME ELMNIINDIQ PLTDENKKNR E LYEKTLSS CLCGATKGCL TFFFGETATG KSTTKRLLKS AIGDLFVETG QTILTDVLDK GPNPFIANMH LKRSVFCSEL PD FACSGSK KIRSDNIKKL TEPCVIGRPC FSNKINNRNH ATIIIDTNYK PVFDRIDNAL MRRIAVVRFR THFSQPSGRE AAE NNDAYD KVKLLDEGLD GKIQNNRYRF AFLYLLVKWY KKYHVPIMKL YPTPEEIPDF AFYLKIGTLL VSSSVKHIPL MTDL SKKGY ILYDNVVTLP LTTFQQKISK YFNSRLFGHD IESFINRHKK FANVSDEYLQ YIFIEDISSP

UniProtKB: Uncoating factor OPG117

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.24 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H12NO3ClTris-HCl
50.0 mMNaClsodium chloride
100.0 mMKClpotassium chloride
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.5 %C3H8O3glycerol
10.0 mMHOCH2CH2SHbeta-mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample contained also a dsDNA oligomer in a close to stoechiometric concentration not visible in this structure.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 830 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 202659 / 詳細: Using 2D templates
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 28425
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 25000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 152
得られたモデル

PDB-8apl:
Vaccinia virus DNA helicase D5 residues 323-785 hexamer with bound DNA processed in C6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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