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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1549 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional icosahedral reconstruction of Rift Valley Fever virus at pH 6.0 | |||||||||
マップデータ | Rift Valley Fever virus at pH 6.0 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Huiskonen JT / Overby AK / Weber F / Gruenewald K | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2009 タイトル: Electron cryo-microscopy and single-particle averaging of Rift Valley fever virus: evidence for GN-GC glycoprotein heterodimers. 著者: Juha T Huiskonen / Anna K Overby / Friedemann Weber / Kay Grünewald / 要旨: Rift Valley fever virus (RVFV) is a member of the genus Phlebovirus within the family Bunyaviridae. It is a mosquito-borne zoonotic agent that can cause hemorrhagic fever in humans. The enveloped ...Rift Valley fever virus (RVFV) is a member of the genus Phlebovirus within the family Bunyaviridae. It is a mosquito-borne zoonotic agent that can cause hemorrhagic fever in humans. The enveloped RVFV virions are known to be covered by capsomers of the glycoproteins G(N) and G(C), organized on a T=12 icosahedral lattice. However, the structural units forming the RVFV capsomers have not been determined. Conflicting biochemical results for another phlebovirus (Uukuniemi virus) have indicated the existence of either G(N) and G(C) homodimers or G(N)-G(C) heterodimers in virions. Here, we have studied the structure of RVFV using electron cryo-microscopy combined with three-dimensional reconstruction and single-particle averaging. The reconstruction at 2.2-nm resolution revealed the organization of the glycoprotein shell, the lipid bilayer, and a layer of ribonucleoprotein (RNP). Five- and six-coordinated capsomers are formed by the same basic structural unit. Molecular-mass measurements suggest a G(N)-G(C) heterodimer as the most likely candidate for this structural unit. Both leaflets of the lipid bilayer were discernible, and the glycoprotein transmembrane densities were seen to modulate the curvature of the lipid bilayer. RNP densities were situated directly underneath the transmembrane densities, suggesting an interaction between the glycoprotein cytoplasmic tails and the RNPs. The success of the single-particle averaging approach taken in this study suggests that it is applicable in the study of other phleboviruses, as well, enabling higher-resolution description of these medically important pathogens. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1549.map.gz | 52.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1549-v30.xml emd-1549.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1549.png | 362.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1549 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1549 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1549_validation.pdf.gz | 290.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1549_full_validation.pdf.gz | 290 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1549_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1549 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1549 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1549.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 127.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Rift Valley Fever virus at pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rift Valley Fever virus
全体 | 名称: Rift Valley Fever virus (リフトバレー熱ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rift Valley Fever virus
超分子 | 名称: Rift Valley Fever virus / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample was fixed with glutaraldehyde at pH 6.0 prior to virus purification Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Rift Valley fever virus
超分子 | 名称: Rift Valley fever virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RVFV 詳細: Virus was fixed with 0.5 percent glutaraldehyde at pH 6.0. Clone 13 NCBI-ID: 11588 / 生物種: Rift Valley fever virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: RVFV |
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宿主 | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: glycoprotein layer / 直径: 1060 Å / T番号(三角分割数): 12 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 6.0, 100 mM NaCl |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: unstained sample |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper C-flat |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: MPI Biochemisty plunger / 手法: Blot for 4 seconds befor plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification |
詳細 | Low dose imaging |
日付 | 2008年6月22日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 42 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 112000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
詳細 | The particles were selected using an automatic selection program ETHAN |
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CTF補正 | 詳細: Each image, phases flipped |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT2, EM3DR2 / 使用した粒子像数: 130 |