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万見
- EMDB-15482: Structure of the Ancestral Scaffold Antigen-6 of Coronavirus Spik... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15482
タイトルStructure of the Ancestral Scaffold Antigen-6 of Coronavirus Spike protein
マップデータ
試料
  • 複合体: Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードAncestor / Spike / Coronavirus / Scaffold / S-protein / Protein Engineering / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) / Enterobacteria phage T4 (Bacteriophage T4) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Hueting D / Schriever K / Wallden K / Andrell J / Syren PO
資金援助 スウェーデン, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
Other government2019-700
Other governmentSNIC 2021/5-70
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFF20-0027 スウェーデン
European Union (EU)ATAC, 101003650European Union
Knut and Alice Wallenberg FoundationSciLifeLab/KAW national COVID-19 research program project grant 2020 (KAW 2020.0182) スウェーデン
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Design, structure and plasma binding of ancestral β-CoV scaffold antigens.
著者: David Hueting / Karen Schriever / Rui Sun / Stelios Vlachiotis / Fanglei Zuo / Likun Du / Helena Persson / Camilla Hofström / Mats Ohlin / Karin Walldén / Marcus Buggert / Lennart ...著者: David Hueting / Karen Schriever / Rui Sun / Stelios Vlachiotis / Fanglei Zuo / Likun Du / Helena Persson / Camilla Hofström / Mats Ohlin / Karin Walldén / Marcus Buggert / Lennart Hammarström / Harold Marcotte / Qiang Pan-Hammarström / Juni Andréll / Per-Olof Syrén /
要旨: We report the application of ancestral sequence reconstruction on coronavirus spike protein, resulting in stable and highly soluble ancestral scaffold antigens (AnSAs). The AnSAs interact with plasma ...We report the application of ancestral sequence reconstruction on coronavirus spike protein, resulting in stable and highly soluble ancestral scaffold antigens (AnSAs). The AnSAs interact with plasma of patients recovered from COVID-19 but do not bind to the human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor. Cryo-EM analysis of the AnSAs yield high resolution structures (2.6-2.8 Å) indicating a closed pre-fusion conformation in which all three receptor-binding domains (RBDs) are facing downwards. The structures reveal an intricate hydrogen-bonding network mediated by well-resolved loops, both within and across monomers, tethering the N-terminal domain and RBD together. We show that AnSA-5 can induce and boost a broad-spectrum immune response against the wild-type RBD as well as circulating variants of concern in an immune organoid model derived from tonsils. Finally, we highlight how AnSAs are potent scaffolds by replacing the ancestral RBD with the wild-type sequence, which restores ACE2 binding and increases the interaction with convalescent plasma.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2023
タイトル: Design, structure and plasma binding of ancestral beta-CoV scaffold antigens
著者: Hueting D / Schriever K / Zuo F / Du L / Persson H / Hofstrom C / Ohlin M / Wallden K / Hammarstrom L / Marcotte H / Pan-Hammarstrom Q / Andrell J / Syren PO
履歴
登録2022年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15482.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 384 pix.
= 426.24 Å		1.11 Å/pix.
x 384 pix.
= 426.24 Å		1.11 Å/pix.
x 384 pix.
= 426.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-2.0445728 - 3.3414564
平均 (標準偏差)0.00035119196 (±0.075554736)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 426.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15482_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15482_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15482_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2

全体名称: Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2
要素
  • 複合体: Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2

超分子名称: Ancestral S-protein of coronaviruses related to SARS-CoV-2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Ancestral coronavirus generated by Ancestral sequence reconstruction expressed in human cells.
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin

分子名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: AnSA-6 full sequence 1-19 WT SARS-CoV-2 S protein signaling peptide 672-679 No density. 1139 onwards, No density. Expression tags.,AnSA-6 full sequence 1-19 WT SARS-CoV-2 S protein signaling ...詳細: AnSA-6 full sequence 1-19 WT SARS-CoV-2 S protein signaling peptide 672-679 No density. 1139 onwards, No density. Expression tags.,AnSA-6 full sequence 1-19 WT SARS-CoV-2 S protein signaling peptide 672-679 No density. 1139 onwards, No density. Expression tags.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (Bacteriophage T4) (ウイルス)
分子量理論値: 138.993469 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TCGTLSNKSP PNMTQFSSSR RGVYYPDDIF RSDVLHLTQD YFLPFNSNVT RYLSLNSDSD RIVRFDNPII PFGDGVYFAA TEKSNVIRG WIFGSTLDNT SQSAIIMNNS THIVIRVCNF QLCDDPMFAV SRPTGQHYKT WIYTNARNCT YEYVSKSFQL D VSEKPGNF ...文字列:
TCGTLSNKSP PNMTQFSSSR RGVYYPDDIF RSDVLHLTQD YFLPFNSNVT RYLSLNSDSD RIVRFDNPII PFGDGVYFAA TEKSNVIRG WIFGSTLDNT SQSAIIMNNS THIVIRVCNF QLCDDPMFAV SRPTGQHYKT WIYTNARNCT YEYVSKSFQL D VSEKPGNF KHLREFVFKN VDGFLHVYSG YEPIDVARGL PSGFSVLKPI FKLPLGINIT NFRVIMTMFS PTTSNWGAEA AA YFVGYLK PTTFMLKFDE NGTITDAVDC SQDPLSELKC TVKSFNVEKG IYQTSNFRVS PTKEVVRFPN ITNLCPFGEV FNA TTFPSV YAWERTRISD CVADYSVLYN STSFSTFKCY GVSPTKLNDL CFSSVYADSF VVKGDDVRQI APGQTGVIAD YNYK LPDDF TGCVIAWNTA NLDATSTGNY NYYYRSLRHG KLKPFERDIS NVPFSPEGKP CTPPAFNCYR PLNTYGFNPT VGIGY QPYR VVVLSFELLN APATVCGPKL STELVKNQCV NFNFNGLTGT GVLTDSSKRF QPFQQFGRDV SDFTDSVRDP KTLEIL DIS PCSFGGVSVI TPGTNTSSEV AVLYQDVNCT DVPTAIHADQ LTPAWRVYST GVNVFQTQAG CLIGAEHVNA SYECDIP IG AGICASYHTA STLRSTGQKS IVAYTMSLGA ENSIAYSNNT IAIPTNFSIS VTTEVMPVSM AKTSVDCTMY ICGDSTEC S NLLLQYGSFC TQLNRALSGI AVEQDKNTRE VFAQVKQMYK TPAIKDFGGF NFSQILPDPS KPTKRSFIED LLFNKVTLA DAGFMKQYGE CLGDISARDL ICAQKFNGLT VLPPLLTDEM IAAYTAALVS GTATAGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYE NQKQIANQFN KAISQIQESL TTTSTALGKL QDVVNQNAQA LNTLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDKVE A EVQIDRLI TGRLQSLQTY VTQQLIRAAE IRASANLAAT KMSECVLGQS KRVDFCGKGY HLMSFPQAAP HGVVFLHVTY VP SQERNFT TAPAICHEGK AYFPREGVFV SNGTSWFITQ RNFYSPQIIT TDNTFVSGNC DVVIGIINNT VYDPLQPELD SFK EELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEVAKNLNE SLIDLQELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGE WVLLS TFLGTSLEVL FQGPGHHHHH HHHSAWSHPQ FEKGGGSGGG GSGGSAWSHP QFEK

UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 45 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
100.0 mMNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.11 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2035826
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6zoz


詳細: 7BNN was also used as startup model.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: ISOLDE (ver. 1.1) / 使用した粒子像数: 253429
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6zoz

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7bnn

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-8ajl:
Structure of the Ancestral Scaffold Antigen-6 of Coronavirus Spike protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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