EMDB-15480: Subtomogram average of nucleosomes extracted from euchromatin and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-15480

タイトル

Subtomogram average of nucleosomes extracted from euchromatin and facultative heterochromatin nanodomains of Drosophila melanogaster embryos

マップデータ

試料

複合体: nucleosome

キーワード

nucleosome tomography chromatin / STRUCTURAL GENOMICS

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å

データ登録者

Fatmaoui F / Eltsov M / Leforestier A

資金援助

フランス,

ドイツ, 4件

Organization	Grant number	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-20-CE11-0020-01	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-20-CE11-0020-03	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-19-CE11-0008-01	フランス
German Research Foundation (DFG)	EL 861/1	ドイツ

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-electron tomography and deep learning-based denoising reveal native chromatin landscapes of interphase nuclei
著者: Fatmaoui F / Carrivain P / Grewe D / Jakob B / Victor JM / Leforestier A / Eltsov M

履歴

登録	2022年7月28日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年8月16日	-
マップ公開	2023年8月16日	-
更新	2023年8月16日	-
現状	2023年8月16日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_15480.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_15480.map.gz	1005.4 KB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-15480-v30.xml emd-15480.xml	12.7 KB 12.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_15480.png	39 KB
その他	emd_15480_half_map_1.map.gz emd_15480_half_map_2.map.gz	1005.2 KB 1005.2 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15480	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_15480_validation.pdf.gz	508.7 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_15480_full_validation.pdf.gz	508.3 KB	表示
XML形式データ	emd_15480_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_15480_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15480	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	15481C 15483C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_15480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 4.25 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.218
最小 - 最大	-0.23107842 - 0.60131234
平均 (標準偏差)	0.003663628 (±0.04295694)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_15480_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_15480_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : nucleosome

全体	名称: nucleosome
要素	複合体: nucleosome

-
超分子 #1: nucleosome

超分子	名称: nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量	理論値: 210 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER/PALLADIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON
凍結	凍結剤: OTHER / 詳細: high pressure freezer HPM010 (ABRA Fluid AG).
詳細	Drosophila melanogaster embryos were high-pressure frozen. Vitreous sections were cut with a nominal thickness of 75 nm and collected onto 200 mesh C-flat grids

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.5 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 0.25 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.25 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 552
抽出	トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 552
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : nucleosome

-
超分子 #1: nucleosome

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

-添付データ

-ハーフマップ: #1

-ハーフマップ: #2

-試料の構成要素

-全体 : nucleosome

-超分子 #1: nucleosome

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : nucleosome

-
超分子 #1: nucleosome

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)