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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15474 | |||||||||
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タイトル | In situ cryo-electron tomogram of an intact primary neuronal process | |||||||||
マップデータ | In situ cryo-electron tomogram of an intact primary neuronal process. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Scaffold / protein transport | |||||||||
生物種 | Rattus (ネズミ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Chakraborty S / Martinez-Sanchez A / Baumeister W / Mahamid J | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: In situ cryo-electron tomogram of an intact primary neuronal process. 著者: Chakraborty S / Martinez-Sanchez A / Baumeister W / Mahamid J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15474.map.gz | 190 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15474-v30.xml emd-15474.xml | 8.8 KB 8.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15474.png | 235.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15474.cif.gz | 3.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15474 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15474 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15474_validation.pdf.gz | 530.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15474_full_validation.pdf.gz | 529.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15474_validation.xml.gz | 4.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15474_validation.cif.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15474 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15474 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 205.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | In situ cryo-electron tomogram of an intact primary neuronal process. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 17.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rodent primary neuronal culture
全体 | 名称: Rodent primary neuronal culture |
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要素 |
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-超分子 #1: Rodent primary neuronal culture
超分子 | 名称: Rodent primary neuronal culture / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus (ネズミ) / 器官: Brain / 組織: Hippocampus |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blotted from back side with blot force 10 and blot time 10 seconds. |
詳細 | Frozen hydrated primary hippocampal neuron |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 77.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.0) / 使用した粒子像数: 60 |
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