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万見
- EMDB-15445: Cryo-electron tomogram of Agathobacter ruminis DSM 29029 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15445
タイトルCryo-electron tomogram of Agathobacter ruminis DSM 29029
マップデータbinned, CTF-corrected, dose-filtered WBP of a cryo-electron tomogram of Agathobacter ruminis DSM 29029
試料
  • 細胞: Agathobacter ruminis DSM 29029
キーワードMicrobiome / Bacterium / Rumen / UNKNOWN FUNCTION
生物種Agathobacter ruminis (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Wimmer BH
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Microlife / 年: 2023
タイトル: Phylogenetic diversity of core rumen microbiota as described by cryo-ET.
著者: Benedikt H Wimmer / Sarah Moraïs / Ran Zalk / Itzhak Mizrahi / Ohad Medalia /
要旨: Microbial taxonomy is critical for describing ecosystem composition, yet the link between taxonomy and properties of microbes, such as their cellular architecture, remains poorly defined. We ...Microbial taxonomy is critical for describing ecosystem composition, yet the link between taxonomy and properties of microbes, such as their cellular architecture, remains poorly defined. We hypothesized that the cellular architecture represents microbial niche adaptation. We used cryo-electron microscopy and tomography to analyze microbial morphology in order to associate cellular architecture with phylogeny and genomic contents. As a model system, we chose the core rumen microbiome and imaged a large isolate collection covering 90% of its richness at the order level. Based on quantifications of several morphological features, we found that the visual similarity of microbiota is significantly related to their phylogenetic distance. Up to the level, closely related microbes have similar cellular architectures, which are highly correlated with genome similarity. However, in more distantly related bacteria, the correlation both with taxonomy and genome similarity is lost. This is the first comprehensive study of microbial cellular architecture and our results highlight that structure remains an important parameter in classification of microorganisms, along with functional parameters such as metabolomics. Furthermore, the high-quality images presented in this study represent a reference database for the identification of bacteria in anaerobic ecosystems.
履歴
登録2022年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2023年6月7日-
現状2023年6月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15445.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15445.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 637.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈binned, CTF-corrected, dose-filtered WBP of a cryo-electron tomogram of Agathobacter ruminis DSM 29029
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.839 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)16.651260000000001 (±9.233053)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin16-17-375
サイズ928960750
Spacing960928750
セルA: 8485.439 Å / B: 8202.592 Å / C: 6629.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Agathobacter ruminis DSM 29029

全体名称: Agathobacter ruminis DSM 29029
要素
  • 細胞: Agathobacter ruminis DSM 29029

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超分子 #1: Agathobacter ruminis DSM 29029

超分子名称: Agathobacter ruminis DSM 29029 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Agathobacter ruminis (バクテリア) / 株: DSM 29029

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: 5ul bacteria + 3ul gold mixed on grid, blot for 4 seconds.
詳細Cultured to early stationary phase in YCFA-Glucose, diluted to OD 0.15 in PBS.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 3.41 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細movies aligned using alignframes.
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.1.X) / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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