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- EMDB-1542: Three-dimensional structure of Pyrococcus furiosus A1Ao ATP synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1542
タイトルThree-dimensional structure of Pyrococcus furiosus A1Ao ATP synthase
マップデータvolume of Pyrococcus furiosus A-type ATP synthase
試料
  • 試料: A1Ao ATP synthase from Pyrococcus furiosus
  • タンパク質・ペプチド: A1Ao ATP synthase
  • タンパク質・ペプチド: A1Ao ATP synthase
キーワードATP synthase / A1Ao ATP synthase
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Vonck J / Pisa KY / Morgner N / Brutschy B / Mueller V
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2009
タイトル: Three-dimensional structure of A1A0 ATP synthase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus by electron microscopy.
著者: Janet Vonck / Kim Y Pisa / Nina Morgner / Bernhard Brutschy / Volker Müller /
要旨: The archaeal ATP synthase is a multisubunit complex that consists of a catalytic A(1) part and a transmembrane, ion translocation domain A(0). The A(1)A(0) complex from the hyperthermophile ...The archaeal ATP synthase is a multisubunit complex that consists of a catalytic A(1) part and a transmembrane, ion translocation domain A(0). The A(1)A(0) complex from the hyperthermophile Pyrococcus furiosus was isolated. Mass analysis of the complex by laser-induced liquid bead ion desorption (LILBID) indicated a size of 730 +/- 10 kDa. A three-dimensional map was generated by electron microscopy from negatively stained images. The map at a resolution of 2.3 nm shows the A(1) and A(0) domain, connected by a central stalk and two peripheral stalks, one of which is connected to A(0), and both connected to A(1) via prominent knobs. X-ray structures of subunits from related proteins were fitted to the map. On the basis of the fitting and the LILBID analysis, a structural model is presented with the stoichiometry A(3)B(3)CDE(2)FH(2)ac(10).
履歴
登録2008年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年8月18日-
マップ公開2009年6月15日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1542.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈volume of Pyrococcus furiosus A-type ATP synthase
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.77 Å
密度
表面レベル1: 1.3 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-6.37055 - 10.957700000000001
平均 (標準偏差)-0.00000000065542 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-40-40
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 381.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.774.774.77
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.600381.600381.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-120-120-120
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-40-40
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-6.37110.958-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : A1Ao ATP synthase from Pyrococcus furiosus

全体名称: A1Ao ATP synthase from Pyrococcus furiosus
要素
  • 試料: A1Ao ATP synthase from Pyrococcus furiosus
  • タンパク質・ペプチド: A1Ao ATP synthase
  • タンパク質・ペプチド: A1Ao ATP synthase

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超分子 #1000: A1Ao ATP synthase from Pyrococcus furiosus

超分子名称: A1Ao ATP synthase from Pyrococcus furiosus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: nine different subunits / Number unique components: 9
分子量実験値: 738 KDa / 理論値: 738 KDa / 手法: LILBID mass spectroscopy

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分子 #1: A1Ao ATP synthase

分子名称: A1Ao ATP synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ATP synthase / 集合状態: heteromultimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌) / 細胞: archaeon / 細胞中の位置: plasma membrane
分子量実験値: 738 KDa / 理論値: 738 KDa

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分子 #2: A1Ao ATP synthase

分子名称: A1Ao ATP synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: ATP synthase / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus (古細菌)
分子量実験値: 738 KDa / 理論値: 738 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM this/HCl, 5 mM MgCl2, 10% glycerol, 50 mM KCl, 0.1% Triton-X100, 0.1 mM PMSF
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: a drop of 1% (w/v) uranyl acetate was added to a carbon-coated grid with absorbed protein and blotted after 30 s.
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 160,000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 51 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 44000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 12912
最終 2次元分類クラス数: 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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