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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Architecture of the ESCPE-1 membrane coat | |||||||||
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![]() | sorting nexins / PX domain / BAR domain / endosomes / retrograde transport / endocytic recycling / cargo recognition / protein coat / membrane recruitment / membrane deformation / membrane tubules. / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / leptin receptor binding / tubular endosome / macropinocytic cup / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network ...retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / leptin receptor binding / tubular endosome / macropinocytic cup / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / clathrin coat / retromer complex binding / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / retromer complex / insulin-like growth factor binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / transferrin receptor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / positive regulation by host of viral process / retinoic acid binding / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / lysosomal transport / epidermal growth factor receptor binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / D-mannose binding / brush border / dynactin binding / phagocytic cup / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / D1 dopamine receptor binding / regulation of macroautophagy / animal organ regeneration / response to retinoic acid / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / transport vesicle / ruffle / negative regulation of blood pressure / phosphatidylinositol binding / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / post-embryonic development / trans-Golgi network membrane / liver development / phosphoprotein binding / intracellular protein transport / insulin receptor binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / trans-Golgi network / receptor internalization / cytoplasmic side of plasma membrane / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / lamellipodium / Clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor activity / early endosome membrane / spermatogenesis / vesicle / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
![]() | Lopez-Robles C / Scaramuzza S / Astorga-Simon E / Ishida M / Williamsom CD / Banos-Mateos S / Gil-Carton D / Romero M / Vidaurrazaga A / Fernandez-Recio J ...Lopez-Robles C / Scaramuzza S / Astorga-Simon E / Ishida M / Williamsom CD / Banos-Mateos S / Gil-Carton D / Romero M / Vidaurrazaga A / Fernandez-Recio J / Rojas AL / Bonifacino JS / Castano-Diez D / Hierro A | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of the ESCPE-1 membrane coat. 著者: Carlos Lopez-Robles / Stefano Scaramuzza / Elsa N Astorga-Simon / Morié Ishida / Chad D Williamson / Soledad Baños-Mateos / David Gil-Carton / Miguel Romero-Durana / Ander Vidaurrazaga / ...著者: Carlos Lopez-Robles / Stefano Scaramuzza / Elsa N Astorga-Simon / Morié Ishida / Chad D Williamson / Soledad Baños-Mateos / David Gil-Carton / Miguel Romero-Durana / Ander Vidaurrazaga / Juan Fernandez-Recio / Adriana L Rojas / Juan S Bonifacino / Daniel Castaño-Díez / Aitor Hierro / ![]() ![]() ![]() 要旨: Recycling of membrane proteins enables the reuse of receptors, ion channels and transporters. A key component of the recycling machinery is the endosomal sorting complex for promoting exit 1 (ESCPE-1) ...Recycling of membrane proteins enables the reuse of receptors, ion channels and transporters. A key component of the recycling machinery is the endosomal sorting complex for promoting exit 1 (ESCPE-1), which rescues transmembrane proteins from the endolysosomal pathway for transport to the trans-Golgi network and the plasma membrane. This rescue entails the formation of recycling tubules through ESCPE-1 recruitment, cargo capture, coat assembly and membrane sculpting by mechanisms that remain largely unknown. Herein, we show that ESCPE-1 has a single-layer coat organization and suggest how synergistic interactions between ESCPE-1 protomers, phosphoinositides and cargo molecules result in a global arrangement of amphipathic helices to drive tubule formation. Our results thus define a key process of tubule-based endosomal sorting. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 3.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 161.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 3.1 MB 3.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8afzMC ![]() 8a1gC ![]() 8abqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.73 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15413_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15413_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Endosomal Sorting Complex for Promoting Exit 1 (ESCPE-1)
全体 | 名称: Endosomal Sorting Complex for Promoting Exit 1 (ESCPE-1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Endosomal Sorting Complex for Promoting Exit 1 (ESCPE-1)
超分子 | 名称: Endosomal Sorting Complex for Promoting Exit 1 (ESCPE-1) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 110 KDa |
-分子 #1: Sorting nexin-1
分子 | 名称: Sorting nexin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 59.14434 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASGGGGCSA SERLPPPFPG LEPESEGAAG GSEPEAGDSD TEGEDIFTGA AVVSKHQSPK ITTSLLPINN GSKENGIHEE QDQEPQDLF ADATVELSLD STQNNQKKVL AKTLISLPPQ EATNSSKPQP TYEELEEEEQ EDQFDLTVGI TDPEKIGDGM N AYVAYKVT ...文字列: MASGGGGCSA SERLPPPFPG LEPESEGAAG GSEPEAGDSD TEGEDIFTGA AVVSKHQSPK ITTSLLPINN GSKENGIHEE QDQEPQDLF ADATVELSLD STQNNQKKVL AKTLISLPPQ EATNSSKPQP TYEELEEEEQ EDQFDLTVGI TDPEKIGDGM N AYVAYKVT TQTSLPLFRS KQFAVKRRFS DFLGLYEKLS EKHSQNGFIV PPPPEKSLIG MTKVKVGKED SSSAEFLEKR RA ALERYLQ RIVNHPTMLQ DPDVREFLEK EELPRAVGTQ TLSGAGLLKM FNKATDAVSK MTIKMNESDI WFEEKLQEVE CEE QRLRKL HAVVETLVNH RKELALNTAQ FAKSLAMLGS SEDNTALSRA LSQLAEVEEK IEQLHQEQAN NDFFLLAELL SDYI RLLAI VRAAFDQRMK TWQRWQDAQA TLQKKREAEA RLLWANKPDK LQQAKDEILE WESRVTQYER DFERISTVVR KEVIR FEKE KSKDFKNHVI KYLETLLYSQ QQLAKYWEAF LPEAKAIS UniProtKB: Sorting nexin-1 |
-分子 #2: Sorting nexin-5
分子 | 名称: Sorting nexin-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 46.891504 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAAVPELLQQ QEEDRSKLRS VSVDLNVDPS LQIDIPDALS ERDKVKFTVH TKTTLPTFQS PEFSVTRQHE DFVWLHDTLI ETTDYAGLI IPPAPTKPDF DGPREKMQKL GEGEGSMTKE EFAKMKQELE AEYLAVFKKT VSSHEVFLQR LSSHPVLSKD R NFHVFLEY ...文字列: MAAVPELLQQ QEEDRSKLRS VSVDLNVDPS LQIDIPDALS ERDKVKFTVH TKTTLPTFQS PEFSVTRQHE DFVWLHDTLI ETTDYAGLI IPPAPTKPDF DGPREKMQKL GEGEGSMTKE EFAKMKQELE AEYLAVFKKT VSSHEVFLQR LSSHPVLSKD R NFHVFLEY DQDLSVRRKN TKEMFGGFFK SVVKSADEVL FTGVKEVDDF FEQEKNFLIN YYNRIKDSCV KADKMTRSHK NV ADDYIHT AACLHSLALE EPTVIKKYLL KVAELFEKLR KVEGRVSSDE DLKLTELLRY YMLNIEAAKD LLYRRTKALI DYE NSNKAL DKARLKSKDV KLAEAHQQEC CQKFEQLSES AKEELINFKR KRVAAFRKNL IEMSELEIKH ARNNVSLLQS CIDL FKNN UniProtKB: Sorting nexin-5 |
-分子 #3: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
分子 | 名称: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 3.766033 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SNVSYKYSKV NKEEETDENE TEWLMEEIQL P UniProtKB: Cation-independent mannose-6-phosphate receptor |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 282 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: Incubation time 30s Blotting time 2s. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |