[日本語] English
万見
- EMDB-15392: Subtomogram average of membrane-tethered poliovirus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15392
タイトルSubtomogram average of membrane-tethered poliovirus
マップデータSubtomogram average of membrane-tethered poliovirus
試料
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
キーワードpoliovirus / cellular tomography / in situ / VIRUS
生物種Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 70.0 Å
データ登録者Dahmane S / Carlson LA
資金援助 フランス, European Union, スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
Human Frontier Science Program (HFSP)CDA00047/2017-C フランス
European Commission795892European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Membrane-assisted assembly and selective secretory autophagy of enteroviruses.
著者: Selma Dahmane / Adeline Kerviel / Dustin R Morado / Kasturika Shankar / Björn Ahlman / Michael Lazarou / Nihal Altan-Bonnet / Lars-Anders Carlson /
要旨: Enteroviruses are non-enveloped positive-sense RNA viruses that cause diverse diseases in humans. Their rapid multiplication depends on remodeling of cytoplasmic membranes for viral genome ...Enteroviruses are non-enveloped positive-sense RNA viruses that cause diverse diseases in humans. Their rapid multiplication depends on remodeling of cytoplasmic membranes for viral genome replication. It is unknown how virions assemble around these newly synthesized genomes and how they are then loaded into autophagic membranes for release through secretory autophagy. Here, we use cryo-electron tomography of infected cells to show that poliovirus assembles directly on replication membranes. Pharmacological untethering of capsids from membranes abrogates RNA encapsidation. Our data directly visualize a membrane-bound half-capsid as a prominent virion assembly intermediate. Assembly progression past this intermediate depends on the class III phosphatidylinositol 3-kinase VPS34, a key host-cell autophagy factor. On the other hand, the canonical autophagy initiator ULK1 is shown to restrict virion production since its inhibition leads to increased accumulation of virions in vast intracellular arrays, followed by an increased vesicular release at later time points. Finally, we identify multiple layers of selectivity in virus-induced autophagy, with a strong selection for RNA-loaded virions over empty capsids and the segregation of virions from other types of autophagosome contents. These findings provide an integrated structural framework for multiple stages of the poliovirus life cycle.
履歴
登録2022年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15392.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15392.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of membrane-tethered poliovirus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.29 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.52
最小 - 最大-1.7102345 - 2.130831
平均 (標準偏差)0.0025663865 (±0.277368)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-90-90-90
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 772.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_15392_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_15392_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_15392_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Human poliovirus 1 Mahoney

全体名称: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
要素
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)

-
超分子 #1: Human poliovirus 1 Mahoney

超分子名称: Human poliovirus 1 Mahoney / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 12081 / 生物種: Human poliovirus 1 Mahoney / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 70.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 179
抽出トモグラム数: 22 / 使用した粒子像数: 241
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 1
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Dynamo

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る