+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15311 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Dedicated chaperone at the ribosome safeguards the proteostasis network during eEF1A biogenesis | |||||||||||||||
マップデータ | overall map, unsharpened | |||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | CHP1 / Ribosome (リボソーム) / Complex | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Minoia M / Quintana-Cordero J / Katharina J / Kotan I / Turnbull KJ / Masser AE / Merker D / Gouarin E / Ehrenbolger K / Barandun J ...Minoia M / Quintana-Cordero J / Katharina J / Kotan I / Turnbull KJ / Masser AE / Merker D / Gouarin E / Ehrenbolger K / Barandun J / Hauryliuk V / Bukau B / Kramer G / Andreasson C | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, European Union, Estonia, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Dedicated chaperone at the ribosome safeguards the proteostasis network during eEF1A biogenesis 著者: Minoia M / Quintana-Cordero J / Katharina J / Kotan I / Turnbull KJ / Masser AE / Merker D / Gouarin E / Ehrenbolger K / Barandun J / Hauryliuk V / Bukau B / Kramer G / Andreasson C | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15311.map.gz | 65.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-15311-v30.xml emd-15311.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15311.png | 79.3 KB | ||
その他 | emd_15311_additional_1.map.gz emd_15311_additional_2.map.gz emd_15311_additional_3.map.gz emd_15311_half_map_1.map.gz emd_15311_half_map_2.map.gz | 65.5 MB 65.5 MB 65.5 MB 65.4 MB 65.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15311 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15311 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15311.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | overall map, unsharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: focused map
ファイル | emd_15311_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | focused map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: focused half map 1
ファイル | emd_15311_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | focused half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: focused half map 2
ファイル | emd_15311_additional_3.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | focused half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: overall half map 1
ファイル | emd_15311_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | overall half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: overall half map 2
ファイル | emd_15311_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | overall half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Chp1-80S ribosomal complexes
全体 | 名称: Chp1-80S ribosomal complexes |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Chp1-80S ribosomal complexes
超分子 | 名称: Chp1-80S ribosomal complexes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BY4741 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
詳細 | Data was collected at a pixel size of 0.82 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 33.7 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 240043 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: RELION-3.1 Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 3次元分類 | クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 86197 |