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- EMDB-15295: African cichlid nackednavirus capsid at pH 7.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15295
タイトルAfrican cichlid nackednavirus capsid at pH 7.5
マップデータACNDV capsid at pH 7.5
試料
  • ウイルス: African cichlid nackednavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: C protein
機能・相同性C protein
機能・相同性情報
生物種African cichlid nackednavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Pfister S / Rabl J / Boehringer D / Meier BH
資金援助European Union, スイス, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)741863European Union
Swiss National Science Foundation200020_159707 スイス
Swiss National Science Foundation200020_188711 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural conservation of HBV-like capsid proteins over hundreds of millions of years despite the shift from non-enveloped to enveloped life-style.
著者: Sara Pfister / Julius Rabl / Thomas Wiegand / Simone Mattei / Alexander A Malär / Lauriane Lecoq / Stefan Seitz / Ralf Bartenschlager / Anja Böckmann / Michael Nassal / Daniel Boehringer / Beat H Meier /
要旨: The discovery of nackednaviruses provided new insight into the evolutionary history of the hepatitis B virus (HBV): The common ancestor of HBV and nackednaviruses was non-enveloped and while HBV ...The discovery of nackednaviruses provided new insight into the evolutionary history of the hepatitis B virus (HBV): The common ancestor of HBV and nackednaviruses was non-enveloped and while HBV acquired an envelope during evolution, nackednaviruses remained non-enveloped. We report the capsid structure of the African cichlid nackednavirus (ACNDV), determined by cryo-EM at 3.7 Å resolution. This enables direct comparison with the known capsid structures of HBV and duck HBV, prototypic representatives of the mammalian and avian lineages of the enveloped Hepadnaviridae, respectively. The sequence identity with HBV is 24% and both the ACNDV capsid protein fold and the capsid architecture are very similar to those of the Hepadnaviridae and HBV in particular. Acquisition of the hepadnaviral envelope was thus not accompanied by a major change in capsid structure. Dynamic residues at the spike tip are tentatively assigned by solid-state NMR, while the C-terminal domain is invisible due to dynamics. Solid-state NMR characterization of the capsid structure reveals few conformational differences between the quasi-equivalent subunits of the ACNDV capsid and an overall higher capsid structural disorder compared to HBV. Despite these differences, the capsids of ACNDV and HBV are structurally highly similar despite the 400 million years since their separation.
履歴
登録2022年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2023年4月5日-
現状2023年4月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15295.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ACNDV capsid at pH 7.5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 432 pix.
= 462.24 Å		1.07 Å/pix.
x 432 pix.
= 462.24 Å		1.07 Å/pix.
x 432 pix.
= 462.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0103
最小 - 最大-0.019340305 - 0.042958472
平均 (標準偏差)0.00033896195 (±0.002057049)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 462.24002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map obtained by symmetry expansion

ファイルemd_15295_additional_1.map
注釈Map obtained by symmetry expansion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map obtained by symmetry expansion showing only the...

ファイルemd_15295_additional_2.map
注釈Map obtained by symmetry expansion showing only the three chains of the asymmetric unit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ACNDV capsid at pH 7.5, unfiltered half map 2

ファイルemd_15295_half_map_1.map
注釈ACNDV capsid at pH 7.5, unfiltered half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ACNDV capsid at pH 7.5, unfiltered half map 1

ファイルemd_15295_half_map_2.map
注釈ACNDV capsid at pH 7.5, unfiltered half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : African cichlid nackednavirus

全体名称: African cichlid nackednavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: African cichlid nackednavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: C protein

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超分子 #1: African cichlid nackednavirus

超分子名称: African cichlid nackednavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2497433 / 生物種: African cichlid nackednavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Ophthalmotilapia ventralis (魚類)
分子量理論値: 3.57 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 230.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: C protein

分子名称: C protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 180 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African cichlid nackednavirus (ウイルス)
分子量理論値: 19.851234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGTFIELVKN MKGYKELLLP MEMVPLPAVV LKHVKLILTS QKEHQPWMTE MALKADQCLI HKATLDLAGK ATSNEAKPLI EAMQQIILA MTRELWGQIQ RHHYGIVQVE HYVKQITLWQ DTPQAFRGDQ PKPPSFRSDG PTRGQGSFRP FFRGRGRGRG R GRGSQSPA RKGPLPK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTRIS-HClTRIS-HCl
50.0 mMNaClSodium chloride
5.0 mMEDTAEDTA
5.0 mMDTTDTT
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The protein concentration is approx. 0.1-0.5 mg/mL

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 実像数: 8999 / 平均電子線量: 76.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 375654
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: relion stochastic gradient descent
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 70868
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細One protein chain was manually built in Coot. The chain was multiplied to give 180 chains, which were arranged as an icosahedral capsid. The capsid was refined with phenix and Isolde.
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8aac:
African cichlid nackednavirus capsid at pH 7.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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