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- EMDB-15271: SARS Cov2 Spike RBD in complex with Fab47 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15271
タイトルSARS Cov2 Spike RBD in complex with Fab47
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike in Complex with Fab47
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Fab47 Heavy chain (variable domain)
    • タンパク質・ペプチド: Fab47 Light chain (variable domain)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hallberg BM / Das H
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Immunoglobulin germline gene polymorphisms influence the function of SARS-CoV-2 neutralizing antibodies.
著者: Pradeepa Pushparaj / Andrea Nicoletto / Daniel J Sheward / Hrishikesh Das / Xaquin Castro Dopico / Laura Perez Vidakovics / Leo Hanke / Mark Chernyshev / Sanjana Narang / Sungyong Kim / ...著者: Pradeepa Pushparaj / Andrea Nicoletto / Daniel J Sheward / Hrishikesh Das / Xaquin Castro Dopico / Laura Perez Vidakovics / Leo Hanke / Mark Chernyshev / Sanjana Narang / Sungyong Kim / Julian Fischbach / Simon Ekström / Gerald McInerney / B Martin Hällberg / Ben Murrell / Martin Corcoran / Gunilla B Karlsson Hedestam /
要旨: The human immunoglobulin heavy-chain (IGH) locus is exceptionally polymorphic, with high levels of allelic and structural variation. Thus, germline IGH genotypes are personal, which may influence ...The human immunoglobulin heavy-chain (IGH) locus is exceptionally polymorphic, with high levels of allelic and structural variation. Thus, germline IGH genotypes are personal, which may influence responses to infection and vaccination. For an improved understanding of inter-individual differences in antibody responses, we isolated SARS-CoV-2 spike-specific monoclonal antibodies from convalescent health care workers, focusing on the IGHV1-69 gene, which has the highest level of allelic variation of all IGHV genes. The IGHV1-6920-using CAB-I47 antibody and two similar antibodies isolated from an independent donor were critically dependent on allele usage. Neutralization was retained when reverting the V region to the germline IGHV1-6920 allele but lost when reverting to other IGHV1-69 alleles. Structural data confirmed that two germline-encoded polymorphisms, R50 and F55, in the IGHV1-69 gene were required for high-affinity receptor-binding domain interaction. These results demonstrate that polymorphisms in IGH genes can influence the function of SARS-CoV-2 neutralizing antibodies.
履歴
登録2022年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2023年5月3日-
現状2023年5月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15271.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.01 Å/pix.
x 58 pix.
= 58.58 Å		1.01 Å/pix.
x 74 pix.
= 74.74 Å		1.01 Å/pix.
x 102 pix.
= 103.02 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.804
最小 - 最大-6.6527376 - 8.177933
平均 (標準偏差)0.12132954 (±0.5364649)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin224161200
サイズ7410258
Spacing5874102
セルA: 58.579998 Å / B: 74.74 Å / C: 103.02 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15271_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15271_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Spike in Complex with Fab47

全体名称: SARS-CoV-2 Spike in Complex with Fab47
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Spike in Complex with Fab47
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Fab47 Heavy chain (variable domain)
    • タンパク質・ペプチド: Fab47 Light chain (variable domain)

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike in Complex with Fab47

超分子名称: SARS-CoV-2 Spike in Complex with Fab47 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Localized reconstruction
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 629 kDa/nm

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
分子量理論値: 23.017887 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VRFPNIANLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGDE VRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPCNGVEG F NCYFPLQS ...文字列:
VRFPNIANLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGDE VRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPCNGVEG F NCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKST

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分子 #2: Fab47 Heavy chain (variable domain)

分子名称: Fab47 Heavy chain (variable domain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.391934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CKASGGTFNT YAINWVRQAP GQGLEWMGRI IPMFGIANYA QKFQGTVTFT ADKSTSTAYM ELSSLRYED TAVYYCARSA YYSESSGYYL DYWGQGTLVT VSS

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分子 #3: Fab47 Light chain (variable domain)

分子名称: Fab47 Light chain (variable domain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.398565 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS GSYLAWYQQK PGQAPSLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYVNSPRTF GQGTKLE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 163000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7a25


詳細: 7A29
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 139021
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7a29

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8a96:
SARS Cov2 Spike RBD in complex with Fab47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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