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- EMDB-15257: Composite map of the C. reinhardtii ciliary transition zone (full... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15257
タイトルComposite map of the C. reinhardtii ciliary transition zone (full 9-fold assembly) from in situ subtomogram averaging
マップデータFull 9-fold symmetrical composite model of TZ structures including schematic representations of connecting MTDs, MTTs and central pair singlet MTs
試料
  • 複合体: Composite map of the C. reinhardtii ciliary transition zone (full 9-fold assembly)
キーワードcilia / transition zone / flagella / ciliary pore / intraflagellar transport / motility / signaling / basal body / microtubules / chlamydomonas / cytoskeleton / MTD / doublet / stellate / Y-link / sleeve / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.7 Å
データ登録者van den Hoek HG / Righetto RD / Schaffer M / Erdmann PS / Wan WN / Plitzko JM / Baumeister W / Engel BD
資金援助European Union, ドイツ, スイス, 7件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 537-2021European Union
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
European Research Council (ERC)819826European Union
European Research Council (ERC)715289European Union
Swiss National Science FoundationPP00P3_187198 スイス
Max Planck Society ドイツ
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: In situ architecture of the ciliary base reveals the stepwise assembly of intraflagellar transport trains.
著者: Hugo van den Hoek / Nikolai Klena / Mareike A Jordan / Gonzalo Alvarez Viar / Ricardo D Righetto / Miroslava Schaffer / Philipp S Erdmann / William Wan / Stefan Geimer / Jürgen M Plitzko / ...著者: Hugo van den Hoek / Nikolai Klena / Mareike A Jordan / Gonzalo Alvarez Viar / Ricardo D Righetto / Miroslava Schaffer / Philipp S Erdmann / William Wan / Stefan Geimer / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Gaia Pigino / Virginie Hamel / Paul Guichard / Benjamin D Engel /
要旨: The cilium is an antenna-like organelle that performs numerous cellular functions, including motility, sensing, and signaling. The base of the cilium contains a selective barrier that regulates the ...The cilium is an antenna-like organelle that performs numerous cellular functions, including motility, sensing, and signaling. The base of the cilium contains a selective barrier that regulates the entry of large intraflagellar transport (IFT) trains, which carry cargo proteins required for ciliary assembly and maintenance. However, the native architecture of the ciliary base and the process of IFT train assembly remain unresolved. In this work, we used in situ cryo-electron tomography to reveal native structures of the transition zone region and assembling IFT trains at the ciliary base in . We combined this direct cellular visualization with ultrastructure expansion microscopy to describe the front-to-back stepwise assembly of IFT trains: IFT-B forms the backbone, onto which bind IFT-A, dynein-1b, and finally kinesin-2 before entry into the cilium.
履歴
登録2022年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15257.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15257.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1021.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full 9-fold symmetrical composite model of TZ structures including schematic representations of connecting MTDs, MTTs and central pair singlet MTs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.84 Å/pix.
x 900 pix.
= 6156. Å		6.84 Å/pix.
x 543 pix.
= 3714.12 Å		6.84 Å/pix.
x 548 pix.
= 3748.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大0.0 - 1.0000002
平均 (標準偏差)0.018617405 (±0.12129367)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ543548900
Spacing548543900
セルA: 3748.32 Å / B: 3714.12 Å / C: 6156.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 9-fold composite model: MTD Sleeve component

ファイルemd_15257_additional_1.map
注釈9-fold composite model: MTD Sleeve component
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 9-fold composite model: Stellate component (filaments only)

ファイルemd_15257_additional_2.map
注釈9-fold composite model: Stellate component (filaments only)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 9-fold composite model: Stellate component (MTDs only)

ファイルemd_15257_additional_3.map
注釈9-fold composite model: Stellate component (MTDs only)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 9-fold composite model: Y-link component

ファイルemd_15257_additional_4.map
注釈9-fold composite model: Y-link component
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Composite map of the C. reinhardtii ciliary transition zone (full...

全体名称: Composite map of the C. reinhardtii ciliary transition zone (full 9-fold assembly)
要素
  • 複合体: Composite map of the C. reinhardtii ciliary transition zone (full 9-fold assembly)

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超分子 #1: Composite map of the C. reinhardtii ciliary transition zone (full...

超分子名称: Composite map of the C. reinhardtii ciliary transition zone (full 9-fold assembly)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-3994 / Organelle: Cilium

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C9 (9回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: STOPGAP (ver. 0.3)
詳細: Composite map generated from three separate subtomogram averages MTD Sleeve: 110 particles, 34.7 A Stellate: 206 particles, 28.2 A Y-link: 529 particles, 27.9 A
使用したサブトモグラム数: 110
抽出トモグラム数: 19 / 使用した粒子像数: 325 / ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: STOPGAP (ver. 0.3)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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