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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15243 | ||||||||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis ClpC1 hexamer structure bound to the natural product antibiotic ecumicin (class 2) | ||||||||||||
マップデータ | Mycobacterium tuberculosis ClpC1 with added Ecumicin, Class 2 | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | hexamer / tuberculosis / drug target / protein quality control / CHAPERONE | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.59 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Felix J / Fraga H / Gragera M / Bueno T / Weinhaeupl K | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022 タイトル: Structure of the drug target ClpC1 unfoldase in action provides insights on antibiotic mechanism of action. 著者: Katharina Weinhäupl / Marcos Gragera / M Teresa Bueno-Carrasco / Rocío Arranz / Olga Krandor / Tatos Akopian / Raquel Soares / Eric Rubin / Jan Felix / Hugo Fraga / 要旨: The unfoldase ClpC1 is one of the most exciting drug targets against tuberculosis. This AAA+ unfoldase works in cooperation with the ClpP1P2 protease and is the target of at least four natural ...The unfoldase ClpC1 is one of the most exciting drug targets against tuberculosis. This AAA+ unfoldase works in cooperation with the ClpP1P2 protease and is the target of at least four natural product antibiotics: cyclomarin, ecumicin, lassomycin, and rufomycin. Although these molecules are promising starting points for drug development, their mechanisms of action remain largely unknown. Taking advantage of a middle domain mutant, we determined the first structure of Mycobacterium tuberculosis ClpC1 in its apo, cyclomarin-, and ecumicin-bound states via cryo-EM. The obtained structure displays features observed in other members of the AAA+ family and provides a map for further drug development. While the apo and cyclomarin-bound structures are indistinguishable and have N-terminal domains that are invisible in their respective EM maps, around half of the ecumicin-bound ClpC1 particles display three of their six N-terminal domains in an extended conformation. Our structural observations suggest a mechanism where ecumicin functions by mimicking substrate binding, leading to ATPase activation and changes in protein degradation profile. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15243.map.gz | 56.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15243-v30.xml emd-15243.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15243_fsc.xml | 8.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15243.png | 51.7 KB | ||
その他 | emd_15243_half_map_1.map.gz emd_15243_half_map_2.map.gz | 55.4 MB 55.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15243 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15243 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15243_validation.pdf.gz | 717.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15243_full_validation.pdf.gz | 716.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15243_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15243_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15243 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15243 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15243.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mycobacterium tuberculosis ClpC1 with added Ecumicin, Class 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.71 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15243_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15243_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mycobacterium tuberculosis ClpC1 bound to the natural product ant...
全体 | 名称: Mycobacterium tuberculosis ClpC1 bound to the natural product antibiotic Ecumicin |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycobacterium tuberculosis ClpC1 bound to the natural product ant...
超分子 | 名称: Mycobacterium tuberculosis ClpC1 bound to the natural product antibiotic Ecumicin タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
分子量 | 理論値: 567 KDa |
-分子 #1: Mycobacterium tuberculosis ClpC1 with added Ecumicin, Class 2
分子 | 名称: Mycobacterium tuberculosis ClpC1 with added Ecumicin, Class 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFERFTDRAR RVVVLAQEEA RMLNHNYIGT EHILLGLIHE GEGVAAKSLE SLGISLEGVR SQVEEIIGQ GQQAPSGHIP FTPRAKKVLE LSLREALQLG HNYIGTEHIL LGLIREGEGV A AQVLVKLG AELTRVRQQV IQLLSGYQGK EAAEAGTGGR GGESGSPSTS ...文字列: MFERFTDRAR RVVVLAQEEA RMLNHNYIGT EHILLGLIHE GEGVAAKSLE SLGISLEGVR SQVEEIIGQ GQQAPSGHIP FTPRAKKVLE LSLREALQLG HNYIGTEHIL LGLIREGEGV A AQVLVKLG AELTRVRQQV IQLLSGYQGK EAAEAGTGGR GGESGSPSTS LVLDQFGRNL TA AAMEGKL DPVIGREKEI ERVMQVLSRR TKNNPVLIGE PGVGKTAVVE GLAQAIVHGE VPE TLKDKQ LYTLDLGSLV AGSRYRGDFE ERLKKVLKEI NTRGDIILFI DALHTLVGAG AAEG AIDAA SILKPKLARG ELQTIGATTL DEYRKYIEKD AALERRFQPV QVGEPTVEHT IEILK GLRD RYEAHHRVSI TDAAMVAAAT LADRYINDRF LPDKAIDLID EAGARMRIRR MTAPPD LRE FDEKIAEARR EKESAIDAQD FEKAASLRDR EKTLVAQRAE REKQWRSGDL DVVAEVD DE QIAEVLGNWT GIPVFKLTEA ETTRLLRMEE ELHKRIIGQE DAVKAVSKAI RRTRAGLK D PKRPSGSFIF AGPSGVGKTE LSKALANFLF GDDDALIQID MGEFHDRFTA SRLFGAPPG YVGYEEGGQL TEKVRRKPFS VVLFDAIEKA HQEIYNSLLQ VLEDGRLTDG QGRTVDFKNT VLIFTSNLG TSDISKPVGL GFSKGGGEND YERMKQKVND ELKKHFRPEF LNRIDDIIVF H QLTREEII RMVDLMISRV AGQLKSKDMA LVLTDAAKAL LAKRGFDPVL GARPLRRTIQ RE IEDQLSE KILFEEVGPG QVVTVDVDNW DGEGPGEDAV FTFTGTRKPP AEPDLAKAGA HSA GGPEPA ARLEHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Hepes pH 7.4 50 mM, NaCl 100 mM, 10 mM MgCl2, ATP 1mM |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | 10 microM ClpC1 with 30 microM Ecumicin |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 32.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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