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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15218 | |||||||||
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タイトル | Medium resolution cryo-EM density map of Tn4430 TnpA transposase from Tn3 family in apo state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Tranposition / complex / hyperactive mutant / paired-end complex / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Tn3 transposase DDE domain / Domain of unknown function DUF4158 / : / Tn3 transposase DDE domain / Domain of unknown function (DUF4158) / transposase activity / DNA transposition / DNA binding / Transposase for transposon Tn4430 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus thuringiensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Shkumatov AV / Liu Y / Efremov RG | |||||||||
資金援助 | ベルギー, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: AFM-based force spectroscopy unravels stepwise formation of the DNA transposition complex in the widespread Tn3 family mobile genetic elements. 著者: Maricruz Fernandez / Alexander V Shkumatov / Yun Liu / Claire Stulemeijer / Sylvie Derclaye / Rouslan G Efremov / Bernard Hallet / David Alsteens / 要旨: Transposon Tn4430 belongs to a widespread family of bacterial transposons, the Tn3 family, which plays a prevalent role in the dissemination of antibiotic resistance among pathogens. Despite recent ...Transposon Tn4430 belongs to a widespread family of bacterial transposons, the Tn3 family, which plays a prevalent role in the dissemination of antibiotic resistance among pathogens. Despite recent data on the structural architecture of the transposition complex, the molecular mechanisms underlying the replicative transposition of these elements are still poorly understood. Here, we use force-distance curve-based atomic force microscopy to probe the binding of the TnpA transposase of Tn4430 to DNA molecules containing one or two transposon ends and to extract the thermodynamic and kinetic parameters of transposition complex assembly. Comparing wild-type TnpA with previously isolated deregulated TnpA mutants supports a stepwise pathway for transposition complex formation and activation during which TnpA first binds as a dimer to a single transposon end and then undergoes a structural transition that enables it to bind the second end cooperatively and to become activated for transposition catalysis, the latter step occurring at a much faster rate for the TnpA mutants. Our study thus provides an unprecedented approach to probe the dynamic of a complex DNA processing machinery at the single-particle level. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15218.map.gz | 117.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15218-v30.xml emd-15218.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15218_fsc.xml | 11.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15218.png | 98 KB | ||
マスクデータ | emd_15218_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15218.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_15218_half_map_1.map.gz emd_15218_half_map_2.map.gz | 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15218 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15218 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15218_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15218_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15218_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15218_validation.cif.gz | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15218 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15218 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.786 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15218_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15218_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15218_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TnpA transposase in apo state.
全体 | 名称: TnpA transposase in apo state. |
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要素 |
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-超分子 #1: TnpA transposase in apo state.
超分子 | 名称: TnpA transposase in apo state. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Medium resolution map with some preferential orientation. |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus thuringiensis (バクテリア) |
-分子 #1: Transposase for transposon Tn4430
分子 | 名称: Transposase for transposon Tn4430 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus thuringiensis (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGVKQLLSEA QRNELMDLSR LTEWDLVTFH TFSKHDLHLI LKHRRGYNRL GFALQLVLIR YPGWSLTEYK DIPQYVVAYV ASQLQIPPE EFLVYAKRGN TLWEHLGEIR TEYGYQNFSS EYKETLLQFL VQQAMDNNNT LYLIEITIST LRKMKVILPA M YVIEDIVW ...文字列: MGVKQLLSEA QRNELMDLSR LTEWDLVTFH TFSKHDLHLI LKHRRGYNRL GFALQLVLIR YPGWSLTEYK DIPQYVVAYV ASQLQIPPE EFLVYAKRGN TLWEHLGEIR TEYGYQNFSS EYKETLLQFL VQQAMDNNNT LYLIEITIST LRKMKVILPA M YVIEDIVW EAKQQADQKV YSILHDGLVQ EQKDQLDALL LPTINGKSPL AWLKDVPAQP SPESFLKVID RLQFVQKIGL TI DTTKINT NRLRQLARLG SKYEPYAFRR FNEVKRYSML VSFLLEITQD LIDYAIEIHD RLMMNLQTKG KKEQDEIQQA NGK KLNEKI LQFITVCGTL IEAKETGKDA FAALDEVMSW NEMVESVEEA KQLSRPLNYD YLDLLNTRYS YVRRYAPTLL RSLH FRATK SGEPVLQALD TIHELNETGK RKVPHGAPLH FVSNRWQKHV YDDDGNINRH YYELAALTEL RNHIRSGDIF VSGSR HHKA FDDYLIPYDE WNEVSNIPNG LTAPLKAEDY ITDRINRLNE HLEWLSKNSE KLEGVDISQG KLHVERLDRG TPEEAK AFS KLLHSMLPRI KLTDLLIEVA SWTGFHDQFI HASTNQSPDQ EEQNIVLATL MAMGTNIGLT KMAEATPGIS YRQMANA SQ WRMYDDAMVR AQSILVNFQK EQKLSSYWGD GTTSSSDGMR LSIAVRSLHA DSNPHYGTGK GGTIYRFVSD QLSAYHVK V ITTNARDALH VLDGLLHHET DLKIEEHYTD TAGYTDQVFA LTHLLGFRFA PRIRDLADTK LFSIPGGEEY ENVQALLKG KINVKLIKEN YEDIRRLAYS VQTGKVSSAL IMGKLGSYAR QNKLATALGE MGRIEKTLFT LDYISNKAVR RRVQKGLNKG EAINALARI IFFGQRGEFR ERALQDQLQR ASALNIIINA ISVWNTVYME KAVEELKARG EFREDLMPYA WPLGWEHINF L GEYKFEGL HDTGQMNLRP LRIKEPFYSP IRSFLEQKLI SEEDLNSAVD HHHHHH UniProtKB: Transposase for transposon Tn4430 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES (pH 7.5), 100 mM NaCl, 30 mM L-Arg HCL |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4872 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |