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万見
- EMDB-15208: Whole cell cryo-electron tomogram of Apilactobacillus kunkeei and... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15208
タイトルWhole cell cryo-electron tomogram of Apilactobacillus kunkeei and secreted nanoparticles (TS_31.2)
マップデータ
試料
  • 細胞: Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) secreted from the cell surface of Apilactobacillus kunkeei.
キーワードMembrane vesicles / extracellular protein complexes / UNKNOWN FUNCTION
生物種Apilactobacillus kunkeei (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.452 Å
データ登録者Seeger C / Andersson SGE
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Whole cell cryo-electron tomogram of Apilactobacillus kunkeei and secreted nanoparticles (TS_31.2)
著者: Seeger C / Andersson SGE
履歴
登録2022年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2023年7月5日-
現状2023年7月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15208.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15208.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.45 Å/pix.
x 300 pix.
= 2535.6 Å		8.45 Å/pix.
x 1440 pix.
= 12170.88 Å		8.45 Å/pix.
x 1024 pix.
= 8654.848 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.452 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)0.06919427 (±23.539473999999998)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-208208-200
サイズ14401024300
Spacing10241440300
セルA: 8654.848 Å / B: 12170.88 Å / C: 2535.5999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes...

全体名称: Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) secreted from the cell surface of Apilactobacillus kunkeei.
要素
  • 細胞: Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) secreted from the cell surface of Apilactobacillus kunkeei.

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超分子 #1: Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes...

超分子名称: Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) secreted from the cell surface of Apilactobacillus kunkeei.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Apilactobacillus kunkeei (バクテリア) / 株: A1401

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 1 / 構成要素 - 名称: HyClone / 詳細: HyClone
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: manual back-side blotting of 5 seconds.
詳細Cells were cultivated until log-phase (OD approx. 0.3), gently pelleted (500 x g, 2 min, RT) and re-suspended in HyClone to a final concentration of OD600 approx. 1.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 61 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 85.0 e/Å2
詳細: Datasets were collected using a Titan Krios G3i microscope (FEI/Thermo Fisher Scientific) outfitted with a K3 detector and BioQuantum imaging filter (Gatan) operated at 300 kV in nanoprobe ...詳細: Datasets were collected using a Titan Krios G3i microscope (FEI/Thermo Fisher Scientific) outfitted with a K3 detector and BioQuantum imaging filter (Gatan) operated at 300 kV in nanoprobe and EF-TEM mode, a C2 aperture size of 50 micron, an objective aperture size of 100 micron, and an energy filter slit width of 20 eV in Zero-Loss mode. SerialEM software was used to acquire each tilt-series using a dose-symmetric tilt scheme with a range of +/-60deg, 2deg angular increment and a target defocus of -3 to -6 micron. Each tilt-series of 61 10-frame movies was recorded in counting mode with a pixel size of 2.11angstrom at a dose rate of 15 e-/px/s for 0.4 s and a total dose per tilt-series of ~83e-/A2.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The initial raw movies were aligned and dose-weight filtered using alignframes from the IMOD package. Tilt-series were aligned using the gold fiducial markers, and tomograms were reconstructed by weighted back-projection using programs within within IMOD v4.11.6
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.452 Å / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. v4.11.6) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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