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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Whole cell cryo-electron tomogram of Apilactobacillus kunkeei and secreted nanoparticles (TS_04.2) | |||||||||
![]() | Cryo-electron tomogram of A. kunkeei strain A1401 showing the release of extracellular particles. This tomogram is a bit faint but shows the release of several particles from the cell surface. | |||||||||
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![]() | Membrane vesicles / extracellular protein complexes / UNKNOWN FUNCTION | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.452 Å | |||||||||
![]() | Seeger C / Andersson SGE | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-eletron tomogram of secreted particles from Apilactobacillus kunkeei (TS_01) 著者: Seeger C / Andersson SGE | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 331.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 277.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 518.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 518.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-electron tomogram of A. kunkeei strain A1401 showing the release of extracellular particles. This tomogram is a bit faint but shows the release of several particles from the cell surface. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.452 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes...
全体 | 名称: Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) secreted from the cell surface of Apilactobacillus kunkeei. |
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要素 |
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-超分子 #1: Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes...
超分子 | 名称: Extracellular nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) secreted from the cell surface of Apilactobacillus kunkeei. タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 1 / 構成要素 - 名称: HyClone / 詳細: HyClone |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: manual back-side blotting of 5 seconds. |
詳細 | Cells were cultivated until log-phase (OD approx. 0.3), gently pelleted (500 x g, 2 min, RT) and re-suspended in HyClone to a final concentration of OD600 approx. 1. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Aurion / 直径: 10 nm |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 61 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 85.0 e/Å2 詳細: Datasets were collected using a Titan Krios G3i microscope (FEI/Thermo Fisher Scientific) outfitted with a K3 detector and BioQuantum imaging filter (Gatan) operated at 300 kV in nanoprobe ...詳細: Datasets were collected using a Titan Krios G3i microscope (FEI/Thermo Fisher Scientific) outfitted with a K3 detector and BioQuantum imaging filter (Gatan) operated at 300 kV in nanoprobe and EF-TEM mode, a C2 aperture size of 50 micron, an objective aperture size of 100 micron, and an energy filter slit width of 20 eV in Zero-Loss mode. SerialEM software was used to acquire each tilt-series using a dose-symmetric tilt scheme with a range of +/-60deg, 2deg angular increment and a target defocus of -3 to -6 micron. Each tilt-series of 61 10-frame movies was recorded in counting mode with a pixel size of 2.11angstrom at a dose rate of 15 e-/px/s for 0.4 s and a total dose per tilt-series of ~83e-/A2. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | The initial raw movies were aligned and dose-weight filtered using alignframes from the IMOD package. Tilt-series were aligned using the gold fiducial markers, and tomograms were reconstructed by weighted back-projection using programs within within IMOD v4.11.6 |
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最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.452 Å / ソフトウェア - 名称: ![]() |