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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomogram of secreted particles from Apilactobacillus kunkeei (TS_10) | |||||||||
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![]() | Membrane vesicles / extracellular protein complexes / UNKNOWN FUNCTION | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Seeger C / Andersson SGE | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-eletron tomogram of secreted particles from Apilactobacillus kunkeei (TS_01) 著者: Seeger C / Andersson SGE | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 12.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 213.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 536.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 536 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 10.0923 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) fro...
全体 | 名称: Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) from Apilactobacillus kunkeei |
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要素 |
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-超分子 #1: Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) fro...
超分子 | 名称: Secreted nanoparticles (membrane vesicles, protein complexes) from Apilactobacillus kunkeei タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 名称: Phosphate buffer / 詳細: 10 mM phosphate buffer, pH 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 5s. |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Aurion / 直径: 10 nm |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 95.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | The initial raw movies were aligned and dose-weight filtered using alignframes from the IMOD package |
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最終 再構成 | ソフトウェア - 名称: ![]() |