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万見
- EMDB-15120: 13pf undecorated microtubule from recombinant human tubulin (alph... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15120
タイトル13pf undecorated microtubule from recombinant human tubulin (alpha1B, beta3) with spliced C-terminal tail containing 10E branch on alpha1B.
マップデータHuman microtubules (alpha1B, beta3) with spliced C-terminal tail containing 10E branch on alpha1B.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: 13pf microtubule from recombinant human tubulin with spliced unmodified C-terminal tail on alpha1B.
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B with spliced glutamylated C-terminal tail
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-3
キーワードtubulin / no tail / recombinant / semisynthetic / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Ebberink E / Fernandes S / Hatzopoulos GN / Agashe N / Guidotti N / Reichart T / Reymond L / Velluz MC / Schneider FZ / Pourroy C ...Ebberink E / Fernandes S / Hatzopoulos GN / Agashe N / Guidotti N / Reichart T / Reymond L / Velluz MC / Schneider FZ / Pourroy C / Janke C / Gonczy P / Aumeier C / Fierz B
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2023
タイトル: Tubulin engineering by semi-synthesis reveals that polyglutamylation directs detyrosination.
著者: Eduard Ebberink / Simon Fernandes / Georgios Hatzopoulos / Ninad Agashe / Po-Han Chang / Nora Guidotti / Timothy M Reichart / Luc Reymond / Marie-Claire Velluz / Fabian Schneider / Cédric ...著者: Eduard Ebberink / Simon Fernandes / Georgios Hatzopoulos / Ninad Agashe / Po-Han Chang / Nora Guidotti / Timothy M Reichart / Luc Reymond / Marie-Claire Velluz / Fabian Schneider / Cédric Pourroy / Carsten Janke / Pierre Gönczy / Beat Fierz / Charlotte Aumeier /
要旨: Microtubules, a critical component of the cytoskeleton, carry post-translational modifications (PTMs) that are important for the regulation of key cellular processes. Long-lived microtubules, in ...Microtubules, a critical component of the cytoskeleton, carry post-translational modifications (PTMs) that are important for the regulation of key cellular processes. Long-lived microtubules, in neurons particularly, exhibit both detyrosination of α-tubulin and polyglutamylation. Dysregulation of these PTMs can result in developmental defects and neurodegeneration. Owing to a lack of tools to study the regulation and function of these PTMs, the mechanisms that govern such PTM patterns are not well understood. Here we produce fully functional tubulin carrying precisely defined PTMs within its C-terminal tail. We ligate synthetic α-tubulin tails-which are site-specifically glutamylated-to recombinant human tubulin heterodimers by applying a sortase- and intein-mediated tandem transamidation strategy. Using microtubules reconstituted with these designer tubulins, we find that α-tubulin polyglutamylation promotes its detyrosination by enhancing the activity of the tubulin tyrosine carboxypeptidase vasohibin/small vasohibin-binding protein in a manner dependent on the length of polyglutamyl chains. We also find that modulating polyglutamylation levels in cells results in corresponding changes in detyrosination, corroborating the link between the detyrosination cycle to polyglutamylation.
履歴
登録2022年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15120.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human microtubules (alpha1B, beta3) with spliced C-terminal tail containing 10E branch on alpha1B.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 724 pix.
= 600.92 Å		0.83 Å/pix.
x 724 pix.
= 600.92 Å		0.83 Å/pix.
x 724 pix.
= 600.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.034
最小 - 最大-0.05725761 - 0.12856969
平均 (標準偏差)0.0000035888106 (±0.008924701)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ724724724
Spacing724724724
セルA=B=C: 600.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15120_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15120_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15120_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 13pf microtubule from recombinant human tubulin with spliced unmo...

全体名称: 13pf microtubule from recombinant human tubulin with spliced unmodified C-terminal tail on alpha1B.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: 13pf microtubule from recombinant human tubulin with spliced unmodified C-terminal tail on alpha1B.
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B with spliced glutamylated C-terminal tail
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-3

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超分子 #1: 13pf microtubule from recombinant human tubulin with spliced unmo...

超分子名称: 13pf microtubule from recombinant human tubulin with spliced unmodified C-terminal tail on alpha1B.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Tubulin alpha-1B with spliced glutamylated C-terminal tail

分子名称: Tubulin alpha-1B with spliced glutamylated C-terminal tail
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: internal 6xHis tag in 40-loop; Spliced C-terminal tail with 10E branch, splicing scar: InsC440 and V441F
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNA C WELYCLEH GI QPDGQMP SDK TIHHHH HHGGGDDSFN TFFSETGAG K HVPRAVFV DL EPTVIDE VRT GTYRQL FHPE QLITG KEDAA NNYA RGHYTI GKE IIDLVLD RI RKLADQCT G LQGFLVFHS FGGGTGSGFT ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNA C WELYCLEH GI QPDGQMP SDK TIHHHH HHGGGDDSFN TFFSETGAG K HVPRAVFV DL EPTVIDE VRT GTYRQL FHPE QLITG KEDAA NNYA RGHYTI GKE IIDLVLD RI RKLADQCT G LQGFLVFHS FGGGTGSGFT SLLMERLSV D YGKKSKLE FS IYPAPQV STA VVEPYN SILT THTTL EHSDC AFMV DNEAIY DIC RRNLDIE RP TYTNLNRL I SQIVSSITA SLRFDGALNV DLTEFQTNL V PYPRIHFP LA TYAPVIS AEK AYHEQL SVAE ITNAC FEPAN QMVK CDPRHG KYM ACCLLYR GD VVPKDVNA A IATIKTKRS IQFVDWCPTG FKVGINYQP P TVVPGGDL AK VQRAVCM LSN TTAIAE AWAR LDHKF DLMYA KRAF VHWYVG EGM EEGEFSE AR EDMAALEK D YEEVGVDSC FEGEGE(EEEEEEEEEE)EEG EEY

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分子 #2: Tubulin beta-3

分子名称: Tubulin beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: C-terminal FLAG-tag / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDNF IFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKECENCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKVREEYP DRIMNTFSVV ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDNF IFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKECENCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKVREEYP DRIMNTFSVV PSPKVSDTVV EPYNATLSIH QLVENTDETY CIDNEALYDI CFRTLKLATP TYGDLNHLVS ATMSGVTTSL RFPGQLNADL RKLAVNMVPF PRLHFFMPGF APLTARGSQQ YRALTVPELT QQMFDAKNMM AACDPRHGRY LTVATVFRGR MSMKEVDEQM LAIQSKNSSY FVEWIPNNVK VAVCDIPPRG LKMSSTFIGN STAIQELFKR ISEQFTAMFR RKAFLHWYTG EGMDEMEFTE AESNMNDLVS EYQQYQDATA EEEGEMYEDD EEESEAQGPK ENLYFQSSGG DYKDDDDK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.46 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -27.67 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 590673
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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