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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15118 | |||||||||
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タイトル | 13pf undecorated microtubule from recombinant human tubulin (alpha1B, beta3) lacking the C-terminal tail | |||||||||
マップデータ | Human microtubules (alpha1B, beta3) lacking the C-terminal tail. | |||||||||
試料 |
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キーワード | tubulin / no tail / recombinant / semisynthetic / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Ebberink E / Fernandes S / Hatzopoulos GN / Agashe N / Guidotti N / Reichart T / Reymond L / Velluz MC / Schneider FZ / Pourroy C ...Ebberink E / Fernandes S / Hatzopoulos GN / Agashe N / Guidotti N / Reichart T / Reymond L / Velluz MC / Schneider FZ / Pourroy C / Janke C / Gonczy P / Aumeier C / Fierz B | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem / 年: 2023 タイトル: Tubulin engineering by semi-synthesis reveals that polyglutamylation directs detyrosination. 著者: Eduard Ebberink / Simon Fernandes / Georgios Hatzopoulos / Ninad Agashe / Po-Han Chang / Nora Guidotti / Timothy M Reichart / Luc Reymond / Marie-Claire Velluz / Fabian Schneider / Cédric ...著者: Eduard Ebberink / Simon Fernandes / Georgios Hatzopoulos / Ninad Agashe / Po-Han Chang / Nora Guidotti / Timothy M Reichart / Luc Reymond / Marie-Claire Velluz / Fabian Schneider / Cédric Pourroy / Carsten Janke / Pierre Gönczy / Beat Fierz / Charlotte Aumeier / 要旨: Microtubules, a critical component of the cytoskeleton, carry post-translational modifications (PTMs) that are important for the regulation of key cellular processes. Long-lived microtubules, in ...Microtubules, a critical component of the cytoskeleton, carry post-translational modifications (PTMs) that are important for the regulation of key cellular processes. Long-lived microtubules, in neurons particularly, exhibit both detyrosination of α-tubulin and polyglutamylation. Dysregulation of these PTMs can result in developmental defects and neurodegeneration. Owing to a lack of tools to study the regulation and function of these PTMs, the mechanisms that govern such PTM patterns are not well understood. Here we produce fully functional tubulin carrying precisely defined PTMs within its C-terminal tail. We ligate synthetic α-tubulin tails-which are site-specifically glutamylated-to recombinant human tubulin heterodimers by applying a sortase- and intein-mediated tandem transamidation strategy. Using microtubules reconstituted with these designer tubulins, we find that α-tubulin polyglutamylation promotes its detyrosination by enhancing the activity of the tubulin tyrosine carboxypeptidase vasohibin/small vasohibin-binding protein in a manner dependent on the length of polyglutamyl chains. We also find that modulating polyglutamylation levels in cells results in corresponding changes in detyrosination, corroborating the link between the detyrosination cycle to polyglutamylation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15118.map.gz | 762.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15118-v30.xml emd-15118.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15118_fsc.xml | 19.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15118.png | 109.9 KB | ||
マスクデータ | emd_15118_msk_1.map | 824 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_15118_half_map_1.map.gz emd_15118_half_map_2.map.gz | 763.4 MB 763.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15118 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15118 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15118_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15118_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15118_validation.xml.gz | 29.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15118_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15118 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15118 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human microtubules (alpha1B, beta3) lacking the C-terminal tail. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.926 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15118_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15118_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15118_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 13pf microtubule from recombinant human tubulin lacking the C-ter...
全体 | 名称: 13pf microtubule from recombinant human tubulin lacking the C-terminal tail |
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要素 |
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-超分子 #1: 13pf microtubule from recombinant human tubulin lacking the C-ter...
超分子 | 名称: 13pf microtubule from recombinant human tubulin lacking the C-terminal tail タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Tubulin alpha-1B
分子 | 名称: Tubulin alpha-1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: aa range 1-439; internal 6xHis tag in 40-loop; C-terminal TTP-tag 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIHHHHHHGG GDDSFNTFFS ETGAGKHVPR AVFVDLEPTV IDEVRTGTYR QLFHPEQLIT GKEDAANNYA RGHYTIGKEI IDLVLDRIRK LADQCTGLQG FLVFHSFGGG TGSGFTSLLM ERLSVDYGKK ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIHHHHHHGG GDDSFNTFFS ETGAGKHVPR AVFVDLEPTV IDEVRTGTYR QLFHPEQLIT GKEDAANNYA RGHYTIGKEI IDLVLDRIRK LADQCTGLQG FLVFHSFGGG TGSGFTSLLM ERLSVDYGKK SKLEFSIYPA PQVSTAVVEP YNSILTTHTT LEHSDCAFMV DNEAIYDICR RNLDIERPTY TNLNRLISQI VSSITASLRF DGALNVDLTE FQTNLVPYPR IHFPLATYAP VISAEKAYHE QLSVAEITNA CFEPANQMVK CDPRHGKYMA CCLLYRGDVV PKDVNAAIAT IKTKRSIQFV DWCPTGFKVG INYQPPTVVP GGDLAKVQRA VCMLSNTTAI AEAWARLDHK FDLMYAKRAF VHWYVGEGME EGEFSEARED MAALEKDYEE VGVDSCLAYT GG |
-分子 #2: Tubulin beta-3
分子 | 名称: Tubulin beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: C-terminal FLAG-tag / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDNF IFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKECENCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKVREEYP DRIMNTFSVV ...文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDNF IFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKECENCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKVREEYP DRIMNTFSVV PSPKVSDTVV EPYNATLSIH QLVENTDETY CIDNEALYDI CFRTLKLATP TYGDLNHLVS ATMSGVTTSL RFPGQLNADL RKLAVNMVPF PRLHFFMPGF APLTARGSQQ YRALTVPELT QQMFDAKNMM AACDPRHGRY LTVATVFRGR MSMKEVDEQM LAIQSKNSSY FVEWIPNNVK VAVCDIPPRG LKMSSTFIGN STAIQELFKR ISEQFTAMFR RKAFLHWYTG EGMDEMEFTE AESNMNDLVS EYQQYQDATA EEEGEMYEDD EEESEAQGPK ENLYFQSSGG DYKDDDDK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |