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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15003 | |||||||||||||||
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タイトル | ARISC-RAP80 complex, Map 5 | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Foglizzo M / Zeqiraj E | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2022 タイトル: Autologous K63 deubiquitylation within the BRCA1-A complex licenses DNA damage recognition. 著者: Qinqin Jiang / Martina Foglizzo / Yaroslav I Morozov / Xuejiao Yang / Arindam Datta / Lei Tian / Vaughn Thada / Weihua Li / Elton Zeqiraj / Roger A Greenberg / 要旨: The BRCA1-A complex contains matching lysine-63 ubiquitin (K63-Ub) binding and deubiquitylating activities. How these functionalities are coordinated to effectively respond to DNA damage remains ...The BRCA1-A complex contains matching lysine-63 ubiquitin (K63-Ub) binding and deubiquitylating activities. How these functionalities are coordinated to effectively respond to DNA damage remains unknown. We generated Brcc36 deubiquitylating enzyme (DUB) inactive mice to address this gap in knowledge in a physiologic system. DUB inactivation impaired BRCA1-A complex damage localization and repair activities while causing early lethality when combined with Brca2 mutation. Damage response dysfunction in DUB-inactive cells corresponded to increased K63-Ub on RAP80 and BRCC36. Chemical cross-linking coupled with liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) and cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) analyses of isolated BRCA1-A complexes demonstrated the RAP80 ubiquitin interaction motifs are occupied by ubiquitin exclusively in the DUB-inactive complex, linking auto-inhibition by internal K63-Ub chains to loss of damage site ubiquitin recognition. These findings identify RAP80 and BRCC36 as autologous DUB substrates in the BRCA1-A complex, thus explaining the evolution of matching ubiquitin-binding and hydrolysis activities within a single macromolecular assembly. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15003.map.gz | 74.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15003-v30.xml emd-15003.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15003.png | 32.9 KB | ||
マスクデータ | emd_15003_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_15003_half_map_1.map.gz emd_15003_half_map_2.map.gz | 98.2 MB 98.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15003 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15003 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15003_validation.pdf.gz | 621.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15003_full_validation.pdf.gz | 621.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15003_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15003_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15003 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15003 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15003_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15003_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15003_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex containing the four-subunit ARISC together with FL RAP80
全体 | 名称: Complex containing the four-subunit ARISC together with FL RAP80 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex containing the four-subunit ARISC together with FL RAP80
超分子 | 名称: Complex containing the four-subunit ARISC together with FL RAP80 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 実験値: 235 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.16 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: The sample was supplemented with 2 mM EDTA/EGTA mixture immediately before grids preparation | ||||||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: The sample was blotted for 6 seconds and with a blot force of 6 before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4392 / 平均露光時間: 70.0 sec. / 平均電子線量: 1.46 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |