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- EMDB-14980: NuA4 Histone Acetyltransferase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14980
タイトルNuA4 Histone Acetyltransferase complex
マップデータ
試料
  • 複合体: NuA4 histone acetyltransferase complex
    • タンパク質・ペプチド: Tra1
    • タンパク質・ペプチド: Epl1
    • タンパク質・ペプチド: Swc4
    • タンパク質・ペプチド: Arp4
    • タンパク質・ペプチド: Eaf1
    • タンパク質・ペプチド: Act1
キーワードNuA4 / histone acetyltransferase complex / Epigenetics / DNA repair / TRANSCRIPTION
生物種Komagataella phaffii GS115 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Frechard A / Hexnerova R / Crucifix C / Papai G / Smirnova E / Faux C / Lo Ying Ping F / Helmlinger D / Schultz P / Ben-shem A
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE12-0022 フランス
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: The structure of the NuA4-Tip60 complex reveals the mechanism and importance of long-range chromatin modification.
著者: Alexander Fréchard / Céline Faux / Rozalie Hexnerova / Corinne Crucifix / Gabor Papai / Ekaterina Smirnova / Conor McKeon / Florie Lo Ying Ping / Dominique Helmlinger / Patrick Schultz / Adam Ben-Shem /
要旨: Histone acetylation regulates most DNA transactions and is dynamically controlled by highly conserved enzymes. The only essential histone acetyltransferase (HAT) in yeast, Esa1, is part of the 1-MDa ...Histone acetylation regulates most DNA transactions and is dynamically controlled by highly conserved enzymes. The only essential histone acetyltransferase (HAT) in yeast, Esa1, is part of the 1-MDa NuA4 complex, which plays pivotal roles in both transcription and DNA-damage repair. NuA4 has the unique capacity to acetylate histone targets located several nucleosomes away from its recruitment site. Neither the molecular mechanism of this activity nor its physiological importance are known. Here we report the structure of the Pichia pastoris NuA4 complex, with its core resolved at 3.4-Å resolution. Three subunits, Epl1, Eaf1 and Swc4, intertwine to form a stable platform that coordinates all other modules. The HAT module is firmly anchored into the core while retaining the ability to stretch out over a long distance. We provide structural, biochemical and genetic evidence that an unfolded linker region of the Epl1 subunit is critical for this long-range activity. Specifically, shortening the Epl1 linker causes severe growth defects and reduced H4 acetylation levels over broad chromatin regions in fission yeast. Our work lays the foundations for a mechanistic understanding of NuA4's regulatory role and elucidates how its essential long-range activity is attained.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2022
タイトル: The structure of the NuA4/Tip60 complex reveals the mechanism and importance of long-range chromatin modification
著者: Schultz P / Frechard A / Hexnerova R / Crucifix C / Papai G / Smirnova E / Faux C / Ping F / Helmlinger D / Ben-Shem A
履歴
登録2022年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14980.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14980.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.862 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-3.799474 - 6.066793
平均 (標準偏差)0.010172429 (±0.100155026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 386.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14980_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14980_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14980_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NuA4 histone acetyltransferase complex

全体名称: NuA4 histone acetyltransferase complex
要素
  • 複合体: NuA4 histone acetyltransferase complex
    • タンパク質・ペプチド: Tra1
    • タンパク質・ペプチド: Epl1
    • タンパク質・ペプチド: Swc4
    • タンパク質・ペプチド: Arp4
    • タンパク質・ペプチド: Eaf1
    • タンパク質・ペプチド: Act1

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超分子 #1: NuA4 histone acetyltransferase complex

超分子名称: NuA4 histone acetyltransferase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)

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分子 #1: Tra1

分子名称: Tra1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
配列文字列: MLHVVQLDDF ATRLKAAEDY QSKHSVLSEI CDSLETFNAA QDYEYFLKSL IPLFIDVLKE VPVSFVANS PENKLRNITL EILHRIPAND ALQAYSNEIV DTLMDLLKVE NELNGILCMK A ITTLHKTF KASLQEKVHP FIDIVIEIYS NIPQVVEEQF NGNQIDSKEN ...文字列:
MLHVVQLDDF ATRLKAAEDY QSKHSVLSEI CDSLETFNAA QDYEYFLKSL IPLFIDVLKE VPVSFVANS PENKLRNITL EILHRIPAND ALQAYSNEIV DTLMDLLKVE NELNGILCMK A ITTLHKTF KASLQEKVHP FIDIVIEIYS NIPQVVEEQF NGNQIDSKEN VDSTSRPNSP SF SSQSDDS KQLAQAMFSF KTLAESPITM VSLYSSYKEL AASSLGNFIP HVMKVLSLEV AKQ AEARKA AEEKGIILVN VCKEITNRAN YGEFIIGQVK AASFLAYLFI RRQAQTFLEP YQQA IPDII IRLLQDCPSE LSAARKELLH ATRHILSTDF RKMFIPKIDL LFDLRVLIGE GFTAY ETLR PLAYSTVADF IHNVRDHLTP AQLWKSVSIY CKNLQDDSLA LTVQIMSAKL LLNLIE KIM RSESKTESRQ LLMVIIDAYT KRFKMLNSRY NGIMKQHATY EKEKQEKQNQ ERLLTNK LD GTTPSPSDDK KVELIDEDQD VKMEDPTPEI SDQETIKGDN DASTEPQDSE QQLADFMS L QEYLPIQVSV PPEIDLLKDS RYLFKTLMTF LKTIMIGLKN SNPPSSQNHF NAQNWNETA RGFSNEDINI LKSLFRECIL ALRFFSTSKT SLPASSMKQS FDITGPNLPI TSTKEEKDLM EIFATMFIH IDPASFNEIV REELPFMYKQ MLDFASLLHI PQFFLASVIT SSSFSGILIT F LKSKLVDL GEVNIIKSNI LIRLFKLCFM SVSLFPAANE SVILPHLNEL ILKSLKLSTT AK EPLVYFY LIRTLFRSIG GGRFENLYKE IMPLLQVLLE SLSKLIHEAR RPQERDIYVE LCL TVPVRL SVLVPHLSYL MKPLVYALNG SQESVSQGLR TLELCVDNLT AEYFDPIIEP VIDD VMEAL SKHLKPLPYY HQHSHTTLRI LGKLGGRNRT FIKPVDNLKT DSELFQNVEA MFKIH GLPN EVPLSITPGL SAAFSLLTDP RPRIHYRINS FKYISGIFQL FLGATQLPDD YANRLK ESM DIILEDTIAP DEPLNKLHHF PVKDIAKYDS QMELLVKLLE SIFYAVSLQE VREESKA LI RGTCNHFILL YFNKMVIDKR KFVRKFSVDN HEGNLFLNEN CIFDAIIYAL SSDNSAVR S MGLESVQLIY DSCVELFGNI DCALKFAPLN VMCSKFIHCC FEEPYHKKLA GCIGLEMML NSLDIPMKYF NARQLEIIRA LFYVLRDTAP ELPCEVTNTA KRLILNSLKE WNKELTRNDV FSSVFQNLV SSLIVDLPNA NEIVRATAQE ALRTLSETTQ VPIATMISPC KHILLAPIFG K PLRALPFQ MQIGNIDAIT FCMGLENSFL EYNEELNRLV QEALALVDAE DESLVSAHRI SE HKTSEQL VRLRVVCIQL LSLAITKPEF AAAQQRSNIR VKILVVFFKS LCGRSIEIIR AAH GGLKAV IDLKMKLPKE LLQNGLRPML MNLSDHKKLT VASLEALSGL LKLFISYFKV GIGS KLLDH LLAWAQPRTL QQLGSQDLEN NSTVQIIVAI LDVFHLLPPT AHKFMNDLMN ALLYL ENNL HRCQYSPFRE PLAKFLDRFP DESFEYFFNE FSKREITTRF VYFVGLDSCS SLRAKV LES LPRVRGLLHQ EGSAEEKCVR FSNLVDLCES LAASDKEWIK DKEELLGELL DAGSVCL TL KRSSNVVSPL YFQVDQGFET LQLLYIEYFK SQPLGHEKVF NFIDKISKEG LPFVLEFD D FIFNEVVKCQ DIPTVQQTLD TIIRMTPQVS SLDARVYLYK RIFLPICIYE SEMHGDLSR LSQTENNELP AWLKSFDSDV WKATGPLVDD YTSTLEDRYR LELMQLTALL IKGAPTALTD MRKDIIKFS WNYIKLDDNT SKQAAYVVTA YFISRFDTPS ELTTRIFVAL LRCHQIDTRY L VKQALELL APVLSERTNS ELDWLKWPRR VLSEDGFNIT QVANIYQLIV KFPDLFYPAR DH FIPNIIT AMGKLTVMSN TSLENQQLAI DLAELILKWE TKLPKSEKLG SAEETEKEKS VSE DKMDID VKEETKEDIA ERPKAEDQIG GDDSDSSNIL TSEDYEVSFA QREACVTFLI RYIC ISTQR PSENELGKRA LNILYELLGP KYWSEVTVKL QFFERFLMSS DLNQPSLLGY CLNAL EVLA VALKWKPTTW IIENVSYLQK LLEKCLRSDN QDIQEILQKV LGIILEAINK ETQGSE EDE PEEVTNFISL IVNIIGEDLS NMTSVAAGVS LCWTLSLYRP NALDSLLPSI MRTFNKL CR DHIAISLQGN QPQSGDFANI EFEAKVTTNL LEKILNLCAA RISSLDDQRR VFLSLLAQ L IDRSVDKDML LKVINIVTEW IFKTDFYPTT KEKAGILGKM MIFDLRGEPE LSKKFNQVI VDIFESKELA HTELTARMET AFLFGTRLSD VSIRKKLMSI LSDSLELDID KRLFYIIKDQ NWEYLSDYP WLNQALQLLY GSFHLDSPIR LSPEENTLSP LQSITEGLAR EKSPVEKAPQ N IIDFVAKH NEFLDSVRSL TAGDILNPLI DISYQSAETI HNAWVVVFPV AYSAIESRYE LE FTRALVK LLFKDYHIRQ QDARPNVIKS LLDGVGKCPG LHLPPHLVKY LGSNYNAWYG AIK LLEELS EGQGIDNQKI SDANQDALLE VYMSLQEDDM FYGTWRRRAK YFETNAALSY EQIG IWDKA LQLYEAAQIK ARSGVFPFGE SEYSLWEDHW IYCAEKLQHW EILTELAKHE GFTDL LLEC GWRGADWIAD REPLEQSVKT VMDIPTPRRQ IFQTFLALQG FSQQKDTLQD VSRLCD EGI QLTLRKWNAL PQRVTRAHIG LLHTFQQYVE LMEASQVYSS LVTTNAQNLD VKSQELK RV LQAWRERLPN VWDDINIWND LVTWRQHVFG VINRVYMPFV PVLQQSNGTN NGNSYAYR G YHEMAWVINR FAHVARKHEM PEVCINQLTK IYTLPNIEIQ EAFLKLREQA KCHYQNSSE LNTGLDVISN TNLVYFATQQ KAEFFTLKGM FLAKLNAKDE ANQAFATAVQ IDLNLPKAWA EWGFFNDRR FKENPEEIFH AKNAISCYLQ AAGLYKDGKT RKLLCRILWL ISLDDAAGSL A KTFEDHHG ESPVWYWITF VPQLLTSLSH KEAKIVRHIL IQIAKSYPQS LHFQLRTTKE DY QAIQRQA MAVNRAEEQS SNKQDTADSV LKNTNTPQPQ TRTETSGTTA ESDKKPSIPP KEE QGSPQP SRPATTQASP QAQSQENGES SQKHPPEIPT TDSRQPWQDV EEIMGILKTA YPLL ALSLE SLVDQLNQRF KCNADEDAYR LVIVLYNDGV QQMNRVANPR EEVKLPAATE ASISR FADS VLPKNIREVF EQDIIACNPN LETYISKLRK WRDCLEEKLD RSYGKADLER VSLHLS LFH HQKFEDIEIP GQYLLHKDNN NHFIKIERFL PTLDLVRGSN GCYKRMTIRG NDGSLHP FA VQFPAARHCR REERIFQLFR IFDDALSRKV QSRRRNISLT LPIAVPLSPH IRILNDDK R YTTLMGIYEE FCRRKGQSRD EPFAYTIQKL RAAFDPRLPK PDIVSVRAEV LASIQSTLV PSTLLKDYYT EKFSNYENYW LFRKQFTAQY ASFIFMTYIM CINSRQPQKI HINEGSGNIW TSEMLPTKV ATGKTHSTAY NNSTLDPAVK AGAPIFYNTE SVPFRLTPNI QKFIGEAGLE G ILSVYILV IANSLSDSEF DMEQYLSLFV RDEVISWFAQ QHRASAQTNQ LREIVRVNVE LL TKRVLQL NHIPNSQNVA TQFVLNLISQ AVNPRNLAYT DSAWMAYL

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分子 #2: Epl1

分子名称: Epl1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
配列文字列: MVLPSAAGAR FRQRKISVKQ TLQVFKQSDI ADLETEDQQR ELQKIETGVE KGEEEEEHLQ RVINAAQAA VISGGKVEKA YIPTPDASQV WKDYDKYYRD KFQPPGTYIR FSATVEETTG C IYNLDEED ESFLKEVLNK NLANGIKPCT ETELEIVLQR FEVVIDKKQP ...文字列:
MVLPSAAGAR FRQRKISVKQ TLQVFKQSDI ADLETEDQQR ELQKIETGVE KGEEEEEHLQ RVINAAQAA VISGGKVEKA YIPTPDASQV WKDYDKYYRD KFQPPGTYIR FSATVEETTG C IYNLDEED ESFLKEVLNK NLANGIKPCT ETELEIVLQR FEVVIDKKQP FLAMDPSQIL TF EELHSAA LVVDPNSIEE IELSLEKQLG LHPFRTLLDG QRSQLSHRKL AELLRIFGQK IYD HWKQRR IARHGRPITA QLRFEDSSEK DDSDPYVCFR RREFRQARKT RRTDTQGSER LRKL HRELK QTRDLLLAVA QREVKRKEAI EVGHEVFQLR CSVKTLKRDL GVKGEEEDLV AHKRK KVVP TTDEDRKYRK GYNSGNYPNR NQAQAQQQQQ QLQQQQISKS GLNPVSIQPY VKLPMS RIP DMDLITVSTV LNEKDEAINR AVAEKLRQRK ESDRGWVNLT DDPFNPFLQF TNPDSIL EK GHFPYSSIAA ALFEVDQSNY FDPEITQLIK DKKPLPRTLC FKDNALTTPL PPSIYEVA S NNKLDVTAPI CKVRKRMGRR GLWIDRKMTV DEPLDEFLDF STFEKSLDAD ITDRNSAKS QQGMNVYDSV DDANSRLRSR FSFDRDVPLF NPVDPSELNQ ISSQTQSIRF GCMLLTKAYE QVHQAKQKL FLEQQQHQQK QQQKLLQQRQ KVQQKLQQQQ QQQQQAQQQN PKSNTNKVVN Q INNTKSPV KQSKIPSKVS KNISGVTTSA GKGA

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分子 #3: Swc4

分子名称: Swc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
配列文字列: MSSDILDVLS ISGRSNLSNQ KKKITKDGPT KKKKQTAMSR ELFNLIGQNT PPLAVEKTVK FKEKLNVNN KPTPWSYVEF SNDARESKDG LKLHHWIKGS SELAKNSPYL FEKYNQKIQI P SFTKEEYD EFLKDLDLEC REREKRDKAL KEQEAKEAEK LEKEKENDKE ...文字列:
MSSDILDVLS ISGRSNLSNQ KKKITKDGPT KKKKQTAMSR ELFNLIGQNT PPLAVEKTVK FKEKLNVNN KPTPWSYVEF SNDARESKDG LKLHHWIKGS SELAKNSPYL FEKYNQKIQI P SFTKEEYD EFLKDLDLEC REREKRDKAL KEQEAKEAEK LEKEKENDKE RVNGDELGKE ED NASDFVP KKENVNDQIL PKIDEPQTNK KDDMESTEDV SKSDSQEVSK DVNPSEEVEA SWD YDETVH LFQLCEKWDL RWPIIVDRYE YDERSMEELK ERFYKVSERI LRHKYRNVTM DDKT SLLVQ TLSSFDKRRE TERKQYLRRL LSRSPTEIAE EESLVIEARK FELAAKKMLT ERASL LRLL DSPQSTGSIS QYLTSQGLTQ LYNTLMSADR SKRRKVETPT PPQIPPGASS SLHRTS MDL KRKAAKKIGP NALLENIKAT GNSVPPSGNA PQSAAIELIN TKMTPEEKEA YGIKIHQ EK LQPGVSLRSA RLPTFKPATQ AKIVVVLNEL EVSPKPTIPT AKVVAQYDNL LQTINVLL E TKKQVNKLEV ELNLLEGKEE DKES

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分子 #4: Arp4

分子名称: Arp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
配列文字列: MATAPQVYGA DEINAVVLDA SSYRTKIGYG SLDCPILNLP SYYGHQTKDG SEKFIFEENS MLIPRPDYE IKKIMKDGII DDFEGAVKQY NYMFDVLKLK PSEQPILVIE STQNEYEKKT A LLKQLLKE NKFVATFLIK NPTCVSFAHG RPNCLVVDLG HDLVTITPIL ...文字列:
MATAPQVYGA DEINAVVLDA SSYRTKIGYG SLDCPILNLP SYYGHQTKDG SEKFIFEENS MLIPRPDYE IKKIMKDGII DDFEGAVKQY NYMFDVLKLK PSEQPILVIE STQNEYEKKT A LLKQLLKE NKFVATFLIK NPTCVSFAHG RPNCLVVDLG HDLVTITPIL DGISLRKQVL GT HYAGAFL SQQLRQLLNH KGVEVVPVYK VKSKVPTYFP DEAKFEERKY DFDISESFEN FHK LRILRE MKETLLQALP DSETEKLKEQ ETEEDTRYFE FPNGLNVPFT KYERVRLANS LFNP SEPYT GESGPNIVVE GFSVETGKII NEDTITSREY VPLRRSKKTD SSSGRRSKDE PTDDK PRGL TSLVNQALNH LDVDLKPQLA NNIILTGATS LIPGVAERLN QELTAMNPGL KVRIHS SAN VIERTCSAWI GGSILSSLGT FHQLWVSENE YDEVGAKKLI MDRFR

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分子 #5: Eaf1

分子名称: Eaf1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
配列文字列: MSSLDSNVTA SSKHDSPKRQ PEDGSGTNDD PLQRILNERK RKLAELYCVS RLPLLPISPS QVSQIGENL MRFLERNDLE QGRQFNITTL TGDKSQKQPP VSKEVSTADQ LESPHWPVKE D EETTKDEP PRKKQKTAST SAEPQKATHK ESKMTMMHQE VTESEAPTLS ...文字列:
MSSLDSNVTA SSKHDSPKRQ PEDGSGTNDD PLQRILNERK RKLAELYCVS RLPLLPISPS QVSQIGENL MRFLERNDLE QGRQFNITTL TGDKSQKQPP VSKEVSTADQ LESPHWPVKE D EETTKDEP PRKKQKTAST SAEPQKATHK ESKMTMMHQE VTESEAPTLS SLIRKYAQDE VP IRPDDPT DRDLNFELLD RNKTIIQALP EIYPHKIADS ASLTELYYLT QTFPLAKLLP RSH KSLTTD AYESALLEGK IAVLYSRIEE LKRQRKWSLR QPKRFIDPFT RESPTHWDHL LAEM KWLSV DIMEERKFKA ASCVQLAQAV SDYWTYGKIV CIQRKPLIFL TDEEIKERTV TKVMK TEVD NENEHDHDDN DIFKDAQEEP RAMDQEQNQP FEENATIDVA KLLERPNPKD EIIPPA LPT YSMGDYKRLN QNAEPFKLHI GLDDFKKEDL VLVEKLPLSF IFDDNLSDSK KKLSEYE KA PIAAISTLLA PPEDDEWYKI VIRRDPASEL SASLDYQKGL FGASSQRRYN VLKPPKPP P IKNLELRTPT IWLPQDDKLL IRYVAEYAFN WDIISAHLSA RPARAYVANI ERRTPWQCF ERYIQLNDKF QFTDMRGQYA QSAQAWLEAA HKTQSTTKRR ISPLGVGIES IQRGHRRLRW GSMLDAMRK CMRRRENINR SSQVERKHTS DDKRTNVPTP EELSRLKYDR DKAIQEAYMH Q NSGTFSSA RPHTQSSALS PSKGKNAPLP TSAQQTGTHP YTNGIPPKGT LPKTTTPAPG VP STQPGTP NTRQPQVSSR VATSQNTTPV TNRTGTPNGN RPGPNNSFTQ EQLQHFLQAQ RHR QMMQTS AGTPVNKSNV PNRPAGITNT NVTTPANAVS SSTTPSKSAA TASQQQPSPS RGIN LTPAQ VNALINQIQA QNPNMSKDQV TKFAVAYIQN LQNQRERSSN GHSTPQVRTV PTPTR ATAG PPVSASPVTS NASPTTPASL TKEKLDALEN SPNLTPQQRQ QITLFKAMQA RNKMNQ VAN RGQESASASS NLSASPNTDT KQTTDTNK

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分子 #6: Act1

分子名称: Act1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
配列文字列: MDGEDVAALV IDNGSGMCKA GYAGDDAPHT VFPSVVGRPR HQGVMVGMGQ KDSFVGDEAQ SKRGILTLR YPIEHGIVTN WDDMEKIWHH TFYNELRLAP EEHPVLLTEA PMNPKSNREK M TQIMFETF NVPAFYVSIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD GVTHVVPIYA ...文字列:
MDGEDVAALV IDNGSGMCKA GYAGDDAPHT VFPSVVGRPR HQGVMVGMGQ KDSFVGDEAQ SKRGILTLR YPIEHGIVTN WDDMEKIWHH TFYNELRLAP EEHPVLLTEA PMNPKSNREK M TQIMFETF NVPAFYVSIQ AVLSLYASGR TTGIVLDSGD GVTHVVPIYA GFSLPHAILR ID LAGRDLT DYLMKILSER GYTFSTSAER EIVRDIKEKL CYVALDFDQE LQTSSQSSSI EKS YELPDG QVITIGNERF RAPEALFHPS VLGLEASGID QTTYNSIMKC DVDVRKELYS NIVM SGGTT MFPGIAERMQ KELTALAPSS MKVKISAPPE RKYSVWIGGS ILASLGTFQQ MWISK QEYD ESGPSIVHLK CF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMKOAcPotassium acetate
5.0 mMMgOAcMagnesium acetate
2.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
5.0 mMNH4OAcAmmonium acetate
0.0025 %DDMDodecyl-maltoside
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 52.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1265830
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab-initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 518386
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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