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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Map2 from paper entitled: Structure of a cholinergic cell membrane | |||||||||
![]() | Density map of acetylcholine receptors in native lipid bilayer obtained by helical reconstruction of tubular vesicles from Torpedo | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / ![]() | |||||||||
![]() | Unwin N | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a cholinergic cell membrane. 著者: Nigel Unwin / ![]() 要旨: Cell membranes are complex assemblies of proteins and lipids making transient or long-term associations that have yet to be characterized at a molecular level. Here, cryo-electron microscopy is ...Cell membranes are complex assemblies of proteins and lipids making transient or long-term associations that have yet to be characterized at a molecular level. Here, cryo-electron microscopy is applied to determine how phospholipids and cholesterol arrange between neighboring proteins (nicotinic acetylcholine receptors) of cholinergic membrane. The lipids exhibit distinct properties in the two leaflets of the bilayer, influenced by the protein surfaces and by differences in cholesterol concentration. In the outer leaflet, the lipids show no consistent motif away from the protein surfaces, in keeping with their assumed fluidity. In the inner leaflet, where the cholesterol concentration is higher, the lipids organize into extensive close-packed linear arrays. These arrays are built from the sterol groups of cholesterol and the initial saturated portions of the phospholipid hydrocarbon chains. Together, they create an ordered ∼7 Å-thick "skin" within the hydrophobic core of the bilayer. The packing of lipids in the arrays appears to bear a close relationship to the linear cholesterol arrays that form crystalline monolayers at the air-water interface. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 475.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 162.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 925.5 MB 965.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Density map of acetylcholine receptors in native lipid bilayer obtained by helical reconstruction of tubular vesicles from Torpedo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: First half-map
ファイル | emd_14946_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | First half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Second half-map
ファイル | emd_14946_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Second half-map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cholinergic cell membrane
全体 | 名称: Cholinergic cell membrane |
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要素 |
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-超分子 #1: Cholinergic cell membrane
超分子 | 名称: Cholinergic cell membrane / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Tubular vesicles obtained from acetycholine receptor-rich cell membranes, isolated from Torpedo electric organ |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 式: C2H6AsNaO2 / 構成要素 - 名称: sodium cacodylate |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: blot until filter paper loses water-contact to grid surface (~5 secs).. |
詳細 | The tubular vesicles are comprised of nicotinic acetylcholine receptors in a cholesterol-rich phospholipid bilayer. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.4000000000000001 µm 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD ![]() 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 160 / 実像数: 1993 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode at 40 frames per second |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
Segment selection | 選択した数: 106333 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) 詳細: Reduced to 91157 segments after 2D classification. 11084 segments used for final density map. |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Low resolution map of tubular vesicle determined originally from layer-line data and Fourier-Bessel synthesis. |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.83 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 146.971 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称 ![]() アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) 詳細: The reported FSC was calculated from a 200px volume cut out from the full 800px map. This volume includes the receptor and lipid bilayer, but masks out disordered protein (attributed to ...詳細: The reported FSC was calculated from a 200px volume cut out from the full 800px map. This volume includes the receptor and lipid bilayer, but masks out disordered protein (attributed to raspyn) at the base of the receptor 使用した粒子像数: 11084 |
詳細 | The selected images were drift-corrected and dose-weighted. |