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万見
- EMDB-14923: Structure of the human tRNA splicing endonuclease defines substra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14923
タイトルStructure of the human tRNA splicing endonuclease defines substrate recognition
マップデータmap
試料
  • 複合体: Human TSEN with pre-tRNA-Arg-TCT
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
    • RNA: pre-tRNA Arg TCT 3-2
キーワードRNP / endonuclease / tRNA / splicing / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome ...tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease ...tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Sekulovski S / Trowitzsch S
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)TR 1711/1-7 ドイツ
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of substrate recognition by human tRNA splicing endonuclease TSEN.
著者: Samoil Sekulovski / Lukas Sušac / Lukas S Stelzl / Robert Tampé / Simon Trowitzsch /
要旨: Heterotetrameric human transfer RNA (tRNA) splicing endonuclease TSEN catalyzes intron excision from precursor tRNAs (pre-tRNAs), utilizing two composite active sites. Mutations in TSEN and its ...Heterotetrameric human transfer RNA (tRNA) splicing endonuclease TSEN catalyzes intron excision from precursor tRNAs (pre-tRNAs), utilizing two composite active sites. Mutations in TSEN and its associated RNA kinase CLP1 are linked to the neurodegenerative disease pontocerebellar hypoplasia (PCH). Despite the essential function of TSEN, the three-dimensional assembly of TSEN-CLP1, the mechanism of substrate recognition, and the structural consequences of disease mutations are not understood in molecular detail. Here, we present single-particle cryogenic electron microscopy reconstructions of human TSEN with intron-containing pre-tRNAs. TSEN recognizes the body of pre-tRNAs and pre-positions the 3' splice site for cleavage by an intricate protein-RNA interaction network. TSEN subunits exhibit large unstructured regions flexibly tethering CLP1. Disease mutations localize far from the substrate-binding interface and destabilize TSEN. Our work delineates molecular principles of pre-tRNA recognition and cleavage by human TSEN and rationalizes mutations associated with PCH.
履歴
登録2022年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14923.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 384 pix.
= 299.52 Å		0.78 Å/pix.
x 384 pix.
= 299.52 Å		0.78 Å/pix.
x 384 pix.
= 299.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-3.4498353 - 5.1354985
平均 (標準偏差)0.000059720824 (±0.07333189)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 299.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14923_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_14923_half_map_1.map
注釈half_map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_14923_half_map_2.map
注釈half_map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human TSEN with pre-tRNA-Arg-TCT

全体名称: Human TSEN with pre-tRNA-Arg-TCT
要素
  • 複合体: Human TSEN with pre-tRNA-Arg-TCT
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
    • RNA: pre-tRNA Arg TCT 3-2

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超分子 #1: Human TSEN with pre-tRNA-Arg-TCT

超分子名称: Human TSEN with pre-tRNA-Arg-TCT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-intron lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.805811 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLVVEVANGR SLVWGAEAVQ ALRERLGVGG RTVGALPRGP RQNSRLGLPL LLMPEEARLL AEIGAVTLVS APRPDSRHHS LALTSFKRQ QEESFQEQSA LAAEARETRR QELLEKITEG QGGSGGSGGS GGSRSALLVQ LATARPRPVK ARPLDWRVQS K DWPHAGRP ...文字列:
MLVVEVANGR SLVWGAEAVQ ALRERLGVGG RTVGALPRGP RQNSRLGLPL LLMPEEARLL AEIGAVTLVS APRPDSRHHS LALTSFKRQ QEESFQEQSA LAAEARETRR QELLEKITEG QGGSGGSGGS GGSRSALLVQ LATARPRPVK ARPLDWRVQS K DWPHAGRP AHELRYSIYR DLWERGFFLS AAGKFGGDFL VYPGDPLRFF AHYIAQCWAP EDTIPLQDLV AAGRLGTSVR KT LLLCSPQ PDGKVVYTSL QWASLQ

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34, tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

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分子 #2: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-intron lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.165961 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEAVFHAPK RKRRVYETYE SPLPIPFGQD HGPLKEFKIF RAEMINNNVI VRNAEDIEQL YGKGYFGKGI LSRSRPSFTI SGGSGGRIF EYLQLSLEEA FFLVYALGCL SIYYEKEPLT IVKLWKAFTV VQPTFRTTYM AYHYFRSKGW VPKVGLKYGT D LLLYRKGP ...文字列:
MAEAVFHAPK RKRRVYETYE SPLPIPFGQD HGPLKEFKIF RAEMINNNVI VRNAEDIEQL YGKGYFGKGI LSRSRPSFTI SGGSGGRIF EYLQLSLEEA FFLVYALGCL SIYYEKEPLT IVKLWKAFTV VQPTFRTTYM AYHYFRSKGW VPKVGLKYGT D LLLYRKGP PFYFASYSVI IELVDDHFEG SLRRPLSWKS LAALSRVSVN VSKELMLCYL IKPSTMTDKE MESPECMKRI KV QEVILSR WVSSRERSDQ DDL

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2, tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

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分子 #3: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.551711 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEPEPEPAAV EVPAGRVLSA RELFAARSRS QKLPQRSHGP KDFLPDGSAA QAERLRRCRE ELWQLLAEQR VERLGSLVAA EWRPEEGFV ELKSPAGKFW QTMGFSEQGR QRLHPEEALY LLECGSIHLF HQDLPLSIQE AYQLLLTDHT VTFLQYQVFS H LKRLGYVV ...文字列:
MEPEPEPAAV EVPAGRVLSA RELFAARSRS QKLPQRSHGP KDFLPDGSAA QAERLRRCRE ELWQLLAEQR VERLGSLVAA EWRPEEGFV ELKSPAGKFW QTMGFSEQGR QRLHPEEALY LLECGSIHLF HQDLPLSIQE AYQLLLTDHT VTFLQYQVFS H LKRLGYVV RRFQPSSVLS GGSGGSGGSG GSGSVLQTTH LPDGGARLLE KSGGLEIIFD VYQADAVATF RKNNPGKPYA RM CISGFDE PVPDLCSLKR LSYQSGDVPL IFALVDHGDI SFYSFRDFTL PQDVGH

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54, tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

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分子 #4: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.860889 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPGE NLYFQGMEER GDSEPTPGCS GLGPGGVRGF GDGGGAPSWA PEDAWMGTH PKYLEMMELD IGDATQVYVA FLVYLDLMES KSWHEVNCVG LPELQLICLV GTEIEGEGLQ TVVPTPITAS L SHNRIREI ...文字列:
MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPGE NLYFQGMEER GDSEPTPGCS GLGPGGVRGF GDGGGAPSWA PEDAWMGTH PKYLEMMELD IGDATQVYVA FLVYLDLMES KSWHEVNCVG LPELQLICLV GTEIEGEGLQ TVVPTPITAS L SHNRIREI LKASRKLQGD PDLPMSFTLA IVESDSTIVY YKLTDGFMLP DPQNISLRR

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

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分子 #5: pre-tRNA Arg TCT 3-2

分子名称: pre-tRNA Arg TCT 3-2 / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.747045 KDa
配列文字列:
GGCUCUGUGG CGCAAUGGAU AGCGCAUUGG ACUUCUAGAU AGUUAGAGAA AUUCAAAGGU UGUGGGUUCG AGUCCCACCA GAGUCGCCA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 282863
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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