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万見
- EMDB-14872: Plastocyanin bound to PSI of Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14872
タイトルPlastocyanin bound to PSI of Chlamydomonas reinhardtii
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii
    • タンパク質・ペプチド: Plastocyanin, chloroplastic
  • リガンド: COPPER (II) ION
キーワードPhotosynthesis / green algae / dimeric PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Plastocyanin, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Naschberger A / Amunts A
資金援助 スウェーデン, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchARC19-0051 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
German Federal Ministry for Education and ResearchNRW 28 313-WO44A ドイツ
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentG-1483- 207/2018 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2022
タイトル: Algal photosystem I dimer and high-resolution model of PSI-plastocyanin complex.
著者: Andreas Naschberger / Laura Mosebach / Victor Tobiasson / Sebastian Kuhlgert / Martin Scholz / Annemarie Perez-Boerema / Thi Thu Hoai Ho / André Vidal-Meireles / Yuichiro Takahashi / Michael ...著者: Andreas Naschberger / Laura Mosebach / Victor Tobiasson / Sebastian Kuhlgert / Martin Scholz / Annemarie Perez-Boerema / Thi Thu Hoai Ho / André Vidal-Meireles / Yuichiro Takahashi / Michael Hippler / Alexey Amunts /
要旨: Photosystem I (PSI) enables photo-electron transfer and regulates photosynthesis in the bioenergetic membranes of cyanobacteria and chloroplasts. Being a multi-subunit complex, its macromolecular ...Photosystem I (PSI) enables photo-electron transfer and regulates photosynthesis in the bioenergetic membranes of cyanobacteria and chloroplasts. Being a multi-subunit complex, its macromolecular organization affects the dynamics of photosynthetic membranes. Here we reveal a chloroplast PSI from the green alga Chlamydomonas reinhardtii that is organized as a homodimer, comprising 40 protein subunits with 118 transmembrane helices that provide scaffold for 568 pigments. Cryogenic electron microscopy identified that the absence of PsaH and Lhca2 gives rise to a head-to-head relative orientation of the PSI-light-harvesting complex I monomers in a way that is essentially different from the oligomer formation in cyanobacteria. The light-harvesting protein Lhca9 is the key element for mediating this dimerization. The interface between the monomers is lacking PsaH and thus partially overlaps with the surface area that would bind one of the light-harvesting complex II complexes in state transitions. We also define the most accurate available PSI-light-harvesting complex I model at 2.3 Å resolution, including a flexibly bound electron donor plastocyanin, and assign correct identities and orientations to all the pigments, as well as 621 water molecules that affect energy transfer pathways.
履歴
登録2022年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14872.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14872.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.022918815 - 0.0515673
平均 (標準偏差)0.000008410725 (±0.00042390914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 588.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii

全体名称: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii
    • タンパク質・ペプチド: Plastocyanin, chloroplastic
  • リガンド: COPPER (II) ION

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超分子 #1: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii

超分子名称: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: Plastocyanin, chloroplastic

分子名称: Plastocyanin, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 14.889784 KDa
配列文字列:
MKATLRAPAS RASAVRPVAS LKAAAQRVAS VAGVSVASLA LTLAAHADAT VKLGADSGAL EFVPKTLTIK SGETVNFVNN AGFPHNIVF DEDAIPSGVN ADAISRDDYL NAPGETYSVK LTAAGEYGYY CEPHQGAGMV GKIIVQ

UniProtKB: Plastocyanin, chloroplastic

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分子 #2: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 66080
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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