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- EMDB-14842: Cryo-EM structure of the canine distemper virus tetrameric attach... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14842
タイトルCryo-EM structure of the canine distemper virus tetrameric attachment glycoprotein
マップデータfinal sharpened map
試料
  • ウイルス: Canine morbillivirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin glycoprotein
キーワードcanine distemper virus / morbillivirus cell entry / receptor-binding protein H / soluble H ectodomain / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Canine morbillivirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Kalbermatter D / Jeckelmann J-M / Wyss M / Plattet P / Fotiadis D
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationSinergia, Ref. No. 183481 スイス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structure and supramolecular organization of the canine distemper virus attachment glycoprotein.
著者: David Kalbermatter / Jean-Marc Jeckelmann / Marianne Wyss / Neeta Shrestha / Dimanthi Pliatsika / Rainer Riedl / Thomas Lemmin / Philippe Plattet / Dimitrios Fotiadis /
要旨: Canine distemper virus (CDV) is an enveloped RNA morbillivirus that triggers respiratory, enteric, and high incidence of severe neurological disorders. CDV induces devastating outbreaks in wild and ...Canine distemper virus (CDV) is an enveloped RNA morbillivirus that triggers respiratory, enteric, and high incidence of severe neurological disorders. CDV induces devastating outbreaks in wild and endangered animals as well as in domestic dogs in countries associated with suboptimal vaccination programs. The receptor-binding tetrameric attachment (H)-protein is part of the morbilliviral cell entry machinery. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure and supramolecular organization of the tetrameric CDV H-protein ectodomain. The structure reveals that the morbilliviral H-protein is composed of three main domains: stalk, neck, and heads. The most unexpected feature was the inherent asymmetric architecture of the CDV H-tetramer being shaped by the neck, which folds into an almost 90° bent conformation with respect to the stalk. Consequently, two non-contacting receptor-binding H-head dimers, which are also tilted toward each other, are located on one side of an intertwined four helical bundle stalk domain. Positioning of the four protomer polypeptide chains within the neck domain is guided by a glycine residue (G158), which forms a hinge point exclusively in two protomer polypeptide chains. Molecular dynamics simulations validated the stability of the asymmetric structure under near physiological conditions and molecular docking showed that two receptor-binding sites are fully accessible. Thus, this spatial organization of the CDV H-tetramer would allow for concomitant protein interactions with the stalk and head domains without steric clashes. In summary, the structure of the CDV H-protein ectodomain provides new insights into the morbilliviral cell entry system and offers a blueprint for next-generation structure-based antiviral drug discovery.
履歴
登録2022年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14842.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈final sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.29 Å/pix.
x 224 pix.
= 289.343 Å		1.29 Å/pix.
x 224 pix.
= 289.343 Å		1.29 Å/pix.
x 224 pix.
= 289.343 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.29171 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.65
最小 - 最大-3.8715262 - 6.5947504
平均 (標準偏差)0.017903805 (±0.13066565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 289.34305 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14842_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: full map

ファイルemd_14842_additional_1.map
注釈full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map1

ファイルemd_14842_half_map_1.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_14842_half_map_2.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Canine morbillivirus

全体名称: Canine morbillivirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Canine morbillivirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin glycoprotein

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超分子 #1: Canine morbillivirus

超分子名称: Canine morbillivirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11232 / 生物種: Canine morbillivirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
分子量理論値: 272 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin glycoprotein

分子名称: Hemagglutinin glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canine morbillivirus (ウイルス)
分子量理論値: 68.311031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLSYQDKVSA FYKDNARANS SKLSLVTEEQ GGRRPPYLLF VLLILLVGIM ALLAITGVRF HQVSTSNMEF SRLLKEDMEK SEAVHHQVI DVLTPLFKII GDEIGLRLPQ KLNEIKQFIL QKTNFFNPNR EFDFRDLHWC INPPSKIKVN FTNYCDTIGI R KSIASAAN ...文字列:
MLSYQDKVSA FYKDNARANS SKLSLVTEEQ GGRRPPYLLF VLLILLVGIM ALLAITGVRF HQVSTSNMEF SRLLKEDMEK SEAVHHQVI DVLTPLFKII GDEIGLRLPQ KLNEIKQFIL QKTNFFNPNR EFDFRDLHWC INPPSKIKVN FTNYCDTIGI R KSIASAAN PILLSALSGG RGDIFPPYRC SGATTSVGRV FPLSVSLSMS LISRTSEIIN MLTAISDGVY GKTYLLVPDY IE GGFDTQK IRVFEIGFIK RWLNDMPLLQ TTNYMVLPEN SKAKVCTIAV GELTLASLCV DESTVLLYHD SDGSQDGILV VTL GIFGAT PMDQVEEVIP VAHPSVEKIH ITNHRGFIKD SIATWMVPAL VSEKQEEQKN CLESACQRKS YPMCNQTSWE PFGG GQLPS YGRLTLPLDP SIDLQLNISF TYGPVILNGD GMDYYESPLL DSGWLTIPPK NGTVLGLINK ASRGDQFTVI PHVLT FAPR ESSGNCYLPI QTSQIMDKDV LTESNLVVLP TQNFRYVIAT YDISRGDHAI VYYVYDPIRA ISYTYPFRLT TKGRPD FLR IECFVWDDDL WCHQFYRFEA DSTNSTTSVE NLVRIRFSCN RSKP

UniProtKB: Hemagglutinin glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTRIS2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol
100.0 mMNaClsodium chloride
0.1 %OGn-Octyl-beta-d-glucoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.025 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot Time: 3.5 sec Blot Force: -6 Drain Time: 0 Wait Time: 0.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 26835 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Two Datasets from two different grids were recorded: 13,760 and 13,075 movies
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6471114
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 663258
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 294000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7zny:
Cryo-EM structure of the canine distemper virus tetrameric attachment glycoprotein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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