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- EMDB-14743: X-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 4.8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14743
タイトルX-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 4.8
マップデータSharpened map of the X-31 influenza hemagglutinin precursor HA0 at low pH.
試料
  • 複合体: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0)
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードvirus envelope / receptor binding / membrane fusion / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / virion component / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Fibritin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/Aichi/2/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) / Tequatrovirus T4 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Garcia-Moro E / Rosenthal PB
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust219946/Z/19/Z 英国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Reversible structural changes in the influenza hemagglutinin precursor at membrane fusion pH.
著者: Eva Garcia-Moro / Jie Zhang / Lesley J Calder / Nick R Brown / Steven J Gamblin / John J Skehel / Peter B Rosenthal /
要旨: The subunits of the influenza hemagglutinin (HA) trimer are synthesized as single-chain precursors (HA0s) that are proteolytically cleaved into the disulfide-linked polypeptides HA1 and HA2. Cleavage ...The subunits of the influenza hemagglutinin (HA) trimer are synthesized as single-chain precursors (HA0s) that are proteolytically cleaved into the disulfide-linked polypeptides HA1 and HA2. Cleavage is required for activation of membrane fusion at low pH, which occurs at the beginning of infection following transfer of cell-surface-bound viruses into endosomes. Activation results in extensive changes in the conformation of cleaved HA. To establish the overall contribution of cleavage to the mechanism of HA-mediated membrane fusion, we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to directly image HA0 at neutral and low pH. We found extensive pH-induced structural changes, some of which were similar to those described for intermediates in the refolding of cleaved HA at low pH. They involve a partial extension of the long central coiled coil formed by melting of the preexisting secondary structure, threading it between the membrane-distal domains, and subsequent refolding as extended helices. The fusion peptide, covalently linked at its N terminus, adopts an amphipathic helical conformation over part of its length and is repositioned and packed against a complementary surface groove of conserved residues. Furthermore, and in contrast to cleaved HA, the changes in HA0 structure at low pH are reversible on reincubation at neutral pH. We discuss the implications of covalently restricted HA0 refolding for the cleaved HA conformational changes that mediate membrane fusion and for the action of antiviral drug candidates and cross-reactive anti-HA antibodies that can block influenza infectivity.
履歴
登録2022年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14743.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of the X-31 influenza hemagglutinin precursor HA0 at low pH.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.9696087 - 1.6164511
平均 (標準偏差)0.001566113 (±0.028221076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14743_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map processed with the deepEMhancer software, used to...

ファイルemd_14743_additional_1.map
注釈Map processed with the deepEMhancer software, used to aid model building.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_14743_half_map_1.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_14743_half_map_2.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0)

全体名称: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0)
要素
  • 複合体: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0)
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin,Fibritin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0)

超分子名称: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Uncleaved precursor form of the X-31 influenza hemagglutinin with the T4 fibritin foldon attached to the C-terminus.
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Aichi/2/1968(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin,Fibritin

分子名称: Hemagglutinin,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a ...詳細: T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tequatrovirus T4 (ウイルス)
分子量理論値: 62.027055 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QDLPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTLVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GIDCTLIDAL LGDPHCDVFQ NETWDLFVE RSKAFSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FITEGFTWTG VTQNGGSNAC KRGPGSGFFS RLNWLTKSGS T YPVLNVTM ...文字列:
QDLPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTLVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GIDCTLIDAL LGDPHCDVFQ NETWDLFVE RSKAFSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FITEGFTWTG VTQNGGSNAC KRGPGSGFFS RLNWLTKSGS T YPVLNVTM PNNDNFDKLY IWGIHHPSTN QEQTSLYVQA SGRVTVSTRR SQQTIIPNIG SRPWVRGLSS RISIYWTIVK PG DVLVINS NGNLIAPRGY FKMRTGKSSI MRSDAPIDTC ISECITPNGS IPNDKPFQNV NKITYGACPK YVKQNTLKLA TGM RNVPEK QTRGLFGAIA GFIENGWEGM IDGWYGFRHQ NSEGTGQAAD LKSTQAAIDQ INGKLNRVIE KTNEKFHQIE KEFS EVEGR IQDLEKYVED TKIDLWSYNA ELLVALENQH TIDLTDSEMN KLFEKTRRQL RENAEEMGNG CFKIYHKCDN ACIES IRNG TYDHDVYRDE ALNNRFQIKG GGRENLYFQG GGGSGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF LGHHHHHHHH

UniProtKB: Hemagglutinin, Fibritin

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 4.8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4s blot.
詳細The sample protein tended to aggregate and bind to the carbon film. 0.1% b-octyl glucoside was added.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 33977 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 41.15 e/Å2
詳細: 15696 images on session 1, 18281 images on session 2.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Images were subject to whole-frame motion correction and dose weighting.
粒子像選択選択した数: 1235000 / 詳細: 646k from session 1, 589k from session 2.
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: RELION 3D initial model.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 詳細: CryoSPARC Non-uniform Refinement. / 使用した粒子像数: 149000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6y5k


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 180
得られたモデル

PDB-7zj7:
X-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 4.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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