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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile | |||||||||
![]() | Map sharpened with a b-factor of 160. | |||||||||
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![]() | RNA / origami / aptamer / fret | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.55 Å | |||||||||
![]() | McRae EKS / Vallina NS / Hansen BK / Boussebayle A / Andersen ES | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure determination of Pepper-Broccoli FRET pair by RNA origami scaffolding 著者: McRae EKS / Vallina NS / Hansen BK / Boussebayle A / Andersen ES #1: ![]() タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography. 著者: Afonine PV / Poon BK / Read RJ / Sobolev OV / Terwilliger TC / Urzhumtsev A / Adams PD #2: ![]() タイトル: ISOLDE: a physically realistic environment for model building into low-resolution electron-density maps. 著者: Croll TI #3: ![]() タイトル: cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination. 著者: Punjani A / Rubinstein JL / Fleet DJ / Brubaker MA | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 36.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.3 KB 21.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 28 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 38.4 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 19.2 MB 35.7 MB 35.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 902.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 902.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Map sharpened with a b-factor of 160. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.29 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_14741_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_14741_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_14741_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile
全体 | 名称: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile |
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要素 |
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-超分子 #1: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile
超分子 | 名称: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: brocolli-pepper aptamer
分子 | 名称: brocolli-pepper aptamer / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 120.700953 KDa |
配列 | 文字列: GGAUACGUCU ACGCUCAGUG ACGGACUCUC UUCGGAGAGU CUGACAUCCG AACCAUACAC GGAUGUGCCU CGCCGAACAG UCUACGGCG AGCUUAAGCG CUGGGGACGC CCAACGCAUC ACAAAGACUG AGUGAUGAAC CAGAAGUAUG GACUGGUUGC G UUGGUGGA ...文字列: GGAUACGUCU ACGCUCAGUG ACGGACUCUC UUCGGAGAGU CUGACAUCCG AACCAUACAC GGAUGUGCCU CGCCGAACAG UCUACGGCG AGCUUAAGCG CUGGGGACGC CCAACGCAUC ACAAAGACUG AGUGAUGAAC CAGAAGUAUG GACUGGUUGC G UUGGUGGA GACGGUCGGG UCCAGUUCGC UGUCGAGUAG AGUGUGGGCU CCAUCGACGC CGCUUUAAGG UCCCCAAUCG UG GCGUGUC GGCCUGCUUC GGCAGGCACU GGCGCCGGGA CCUUGAAGAG AUGAGAUUUC GAUCUCAUCU UUGGGUGUCU CUG GUGCUU GAGGGCCCUG UGUUCGCACA GGGCCGCUCA CUGGGUGUGG ACGUAUCC |
-分子 #2: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 40mM HEPES pH 7.5, 5mM MgCl2, 50mM KCl. Filtered through 0.22 um filter. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: 3 uL sample, blotted onto double layer of whatman filter paper for 6 seconds.. |
詳細 | Sample was purified by size exclusion chromatography. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1605 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 詳細: Collected with a calibrated pixel size of 0.647 Angstrom |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |