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- EMDB-14741: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14741
タイトルUnbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile
マップデータMap sharpened with a b-factor of 160.
試料
  • 複合体: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile
    • RNA: brocolli-pepper aptamer
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードRNA / origami / aptamer / fret
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.55 Å
データ登録者McRae EKS / Vallina NS / Hansen BK / Boussebayle A / Andersen ES
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent Research デンマーク
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure determination of Pepper-Broccoli FRET pair by RNA origami scaffolding
著者: McRae EKS / Vallina NS / Hansen BK / Boussebayle A / Andersen ES
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Afonine PV / Poon BK / Read RJ / Sobolev OV / Terwilliger TC / Urzhumtsev A / Adams PD
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: ISOLDE: a physically realistic environment for model building into low-resolution electron-density maps.
著者: Croll TI
#3: ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017
タイトル: cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination.
著者: Punjani A / Rubinstein JL / Fleet DJ / Brubaker MA
履歴
登録2022年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map sharpened with a b-factor of 160.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.29 Å/pix.
x 216 pix.
= 278.64 Å		1.29 Å/pix.
x 216 pix.
= 278.64 Å		1.29 Å/pix.
x 216 pix.
= 278.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.29 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.105
最小 - 最大-0.099760376 - 0.47850803
平均 (標準偏差)0.00072419236 (±0.016878549)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 278.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14741_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_14741_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_14741_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_14741_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile

全体名称: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile
要素
  • 複合体: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile
    • RNA: brocolli-pepper aptamer
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile

超分子名称: Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: brocolli-pepper aptamer

分子名称: brocolli-pepper aptamer / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 120.700953 KDa
配列文字列: GGAUACGUCU ACGCUCAGUG ACGGACUCUC UUCGGAGAGU CUGACAUCCG AACCAUACAC GGAUGUGCCU CGCCGAACAG UCUACGGCG AGCUUAAGCG CUGGGGACGC CCAACGCAUC ACAAAGACUG AGUGAUGAAC CAGAAGUAUG GACUGGUUGC G UUGGUGGA ...文字列:
GGAUACGUCU ACGCUCAGUG ACGGACUCUC UUCGGAGAGU CUGACAUCCG AACCAUACAC GGAUGUGCCU CGCCGAACAG UCUACGGCG AGCUUAAGCG CUGGGGACGC CCAACGCAUC ACAAAGACUG AGUGAUGAAC CAGAAGUAUG GACUGGUUGC G UUGGUGGA GACGGUCGGG UCCAGUUCGC UGUCGAGUAG AGUGUGGGCU CCAUCGACGC CGCUUUAAGG UCCCCAAUCG UG GCGUGUC GGCCUGCUUC GGCAGGCACU GGCGCCGGGA CCUUGAAGAG AUGAGAUUUC GAUCUCAUCU UUGGGUGUCU CUG GUGCUU GAGGGCCCUG UGUUCGCACA GGGCCGCUCA CUGGGUGUGG ACGUAUCC

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分子 #2: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 40mM HEPES pH 7.5, 5mM MgCl2, 50mM KCl. Filtered through 0.22 um filter.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 3 uL sample, blotted onto double layer of whatman filter paper for 6 seconds..
詳細Sample was purified by size exclusion chromatography.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1605 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Collected with a calibrated pixel size of 0.647 Angstrom
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 478981
詳細: Picked from templates generated from an ab initio model
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
詳細: Local refinement was performed in cryoSPARC using a mask that covers the entire particle volume
使用した粒子像数: 51278
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 55000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7ptq

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7eop

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7zj5:
Unbound state of a brocolli-pepper aptamer FRET tile.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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