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万見
- EMDB-14713: Human NLRP3-deltaPYD hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14713
タイトルHuman NLRP3-deltaPYD hexamer
マップデータMap sharpened by DeepEMhancer from two halfmaps
試料
  • 複合体: NLRP3 hexamer
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードINFLAMMASOME / IMMUNITY / NOD-LIKE RECEPTOR / NACHT / LRR / PYD / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


molecular sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / osmosensory signaling pathway ...molecular sensor activity / detection of biotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activator activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / NLRP3 inflammasome complex / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / osmosensory signaling pathway / positive regulation of type 2 immune response / pattern recognition receptor signaling pathway / peptidoglycan binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / microtubule organizing center / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of acute inflammatory response / The NLRP3 inflammasome / protein maturation / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / ADP binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to virus / Metalloprotease DUBs / negative regulation of inflammatory response / defense response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / molecular adaptor activity / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. ...NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Raisch T / Machtens DA / Bresch IB / Eberhage J / Prumbaum D / Reubold TF / Raunser S / Eschenburg S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the NEK7-independent NLRP3 inflammasome
著者: Raisch T / Machtens DA / Bresch IB / Eberhage J / Prumbaum D / Reubold TF / Raunser S / Eschenburg S
履歴
登録2022年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14713.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 391 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map sharpened by DeepEMhancer from two halfmaps
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 468 pix.
= 318.24 Å		0.68 Å/pix.
x 468 pix.
= 318.24 Å		0.68 Å/pix.
x 468 pix.
= 318.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.01944729 - 1.6393752
平均 (標準偏差)0.0019758798 (±0.026529612)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ468468468
Spacing468468468
セルA=B=C: 318.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional map sharpened by Phenix

ファイルemd_14713_additional_1.map
注釈Additional map sharpened by Phenix
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 from Sphire

ファイルemd_14713_half_map_1.map
注釈Half map 1 from Sphire
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 from Sphire

ファイルemd_14713_half_map_2.map
注釈Half map 2 from Sphire
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NLRP3 hexamer

全体名称: NLRP3 hexamer
要素
  • 複合体: NLRP3 hexamer
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: NLRP3 hexamer

超分子名称: NLRP3 hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.169375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRISICKMKK DYRKKYRKYV RSRFQCIEDR NARLGESVSL NKRYTRLRLI KEHRSQQERE QELLAIGKTK TCESPVSPIK MELLFDPDD EHSEPVHTVV FQGAAGIGKT ILARKMMLDW ASGTLYQDRF DYLFYIHCRE VSLVTQRSLG DLIMSCCPDP N PPIHKIVR ...文字列:
MRISICKMKK DYRKKYRKYV RSRFQCIEDR NARLGESVSL NKRYTRLRLI KEHRSQQERE QELLAIGKTK TCESPVSPIK MELLFDPDD EHSEPVHTVV FQGAAGIGKT ILARKMMLDW ASGTLYQDRF DYLFYIHCRE VSLVTQRSLG DLIMSCCPDP N PPIHKIVR KPSRILFLMD GFDELQGAFD EHIGPLCTDW QKAERGDILL SSLIRKKLLP EASLLITTRP VALEKLQHLL DH PRHVEIL GFSEAKRKEY FFKYFSDEAQ ARAAFSLIQE NEVLFTMCFI PLVCWIVCTG LKQQMESGKS LAQTSKTTTA VYV FFLSSL LQPRGGSQEH GLCAHLWGLC SLAADGIWNQ KILFEESDLR NHGLQKADVS AFLRMNLFQK EVDCEKFYSF IHMT FQEFF AAMYYLLEEE KEGRTNVPGS RLKLPSRDVT VLLENYGKFE KGYLIFVVRF LFGLVNQERT SYLEKKLSCK ISQQI RLEL LKWIEVKAKA KKLQIQPSQL ELFYCLYEMQ EEDFVQRAMD YFPKIEINLS TRMDHMVSSF CIENCHRVES LSLGFL HNM PKEEEEEEKE GRHLDMVQCV LPSSSHAACS HGLVNSHLTS SFCRGLFSVL STSQSLTELD LSDNSLGDPG MRVLCET LQ HPGCNIRRLW LGRCGLSHEC CFDISLVLSS NQKLVELDLS DNALGDFGIR LLCVGLKHLL CNLKKLWLVS CCLTSACC Q DLASVLSTSH SLTRLYVGEN ALGDSGVAIL CEKAKNPQCN LQKLGLVNSG LTSVCCSALS SVLSTNQNLT HLYLRGNTL GDKGIKLLCE GLLHPDCKLQ VLELDNCNLT SHCCWDLSTL LTSSQSLRKL SLGNNDLGDL GVMMFCEVLK QQSCLLQNLG LSEMYFNYE TKSALETLQE EKPELTVVFE PSWGSGGDYK DDDDK

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.075 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Cs-corrected microscope
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 99.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 871597
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 124523
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPHIRE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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