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万見
- EMDB-14707: Trypanosoma brucei gambiense ISG65 in complex with human compleme... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14707
タイトルTrypanosoma brucei gambiense ISG65 in complex with human complement component C3
マップデータ
試料
  • 複合体: Trypanosoma brucei gambiense ISG65 in complex with human complement component C3
    • 複合体: Complement C3 beta chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C3 beta chain
    • 複合体: 65 kDa invariant surface glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: 65 kDa invariant surface glycoprotein, putative
    • 複合体: Complement C3 alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C3
キーワードcomplement / complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment ...C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / fatty acid metabolic process / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of angiogenesis / azurophil granule lumen / positive regulation of protein phosphorylation / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Trypanosome invariant surface glycoprotein / Invariant surface glycoprotein / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 ...Trypanosome invariant surface glycoprotein / Invariant surface glycoprotein / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
65 kDa invariant surface glycoprotein, putative / Complement C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ) / Homo Sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Suelzen H / Zoll S
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Grant Agency of the Czech Republic22-21612S チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of Trypanosoma brucei gambiense ISG65 with human complement C3 and C3b and their roles in alternative pathway restriction.
著者: Hagen Sülzen / Jakub Began / Arun Dhillon / Sami Kereïche / Petr Pompach / Jitka Votrubova / Farnaz Zahedifard / Adriana Šubrtova / Marie Šafner / Martin Hubalek / Maaike Thompson / ...著者: Hagen Sülzen / Jakub Began / Arun Dhillon / Sami Kereïche / Petr Pompach / Jitka Votrubova / Farnaz Zahedifard / Adriana Šubrtova / Marie Šafner / Martin Hubalek / Maaike Thompson / Martin Zoltner / Sebastian Zoll /
要旨: African Trypanosomes have developed elaborate mechanisms to escape the adaptive immune response, but little is known about complement evasion particularly at the early stage of infection. Here we ...African Trypanosomes have developed elaborate mechanisms to escape the adaptive immune response, but little is known about complement evasion particularly at the early stage of infection. Here we show that ISG65 of the human-infective parasite Trypanosoma brucei gambiense is a receptor for human complement factor C3 and its activation fragments and that it takes over a role in selective inhibition of the alternative pathway C5 convertase and thus abrogation of the terminal pathway. No deposition of C4b, as part of the classical and lectin pathway convertases, was detected on trypanosomes. We present the cryo-electron microscopy (EM) structures of native C3 and C3b in complex with ISG65 which reveal a set of modes of complement interaction. Based on these findings, we propose a model for receptor-ligand interactions as they occur at the plasma membrane of blood-stage trypanosomes and may facilitate innate immune escape of the parasite.
履歴
登録2022年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月5日-
マップ公開2023年4月5日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14707.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14707.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.21823613 - 0.41306058
平均 (標準偏差)0.00004076337 (±0.008736622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14707_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14707_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trypanosoma brucei gambiense ISG65 in complex with human compleme...

全体名称: Trypanosoma brucei gambiense ISG65 in complex with human complement component C3
要素
  • 複合体: Trypanosoma brucei gambiense ISG65 in complex with human complement component C3
    • 複合体: Complement C3 beta chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C3 beta chain
    • 複合体: 65 kDa invariant surface glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: 65 kDa invariant surface glycoprotein, putative
    • 複合体: Complement C3 alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Complement C3

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超分子 #1: Trypanosoma brucei gambiense ISG65 in complex with human compleme...

超分子名称: Trypanosoma brucei gambiense ISG65 in complex with human complement component C3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Complement C3 beta chain

超分子名称: Complement C3 beta chain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: 65 kDa invariant surface glycoprotein

超分子名称: 65 kDa invariant surface glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ)

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超分子 #4: Complement C3 alpha chain

超分子名称: Complement C3 alpha chain / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo Sapiens (ヒト)

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分子 #1: Complement C3 beta chain

分子名称: Complement C3 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.39332 KDa
配列文字列: SPMYSIITPN ILRLESEETM VLEAHDAQGD VPVTVTVHDF PGKKLVLSSE KTVLTPATNH MGNVTFTIPA NREFKSEKGR NKFVTVQAT FGTQVVEKVV LVSLQSGYLF IQTDKTIYTP GSTVLYRIFT VNHKLLPVGR TVMVNIENPE GIPVKQDSLS S QNQLGVLP ...文字列:
SPMYSIITPN ILRLESEETM VLEAHDAQGD VPVTVTVHDF PGKKLVLSSE KTVLTPATNH MGNVTFTIPA NREFKSEKGR NKFVTVQAT FGTQVVEKVV LVSLQSGYLF IQTDKTIYTP GSTVLYRIFT VNHKLLPVGR TVMVNIENPE GIPVKQDSLS S QNQLGVLP LSWDIPELVN MGQWKIRAYY ENSPQQVFST EFEVKEYVLP SFEVIVEPTE KFYYIYNEKG LEVTITARFL YG KKVEGTA FVIFGIQDGE QRISLPESLK RIPIEDGSGE VVLSRKVLLD GVQNPRAEDL VGKSLYVSAT VILHSGSDMV QAE RSGIPI VTSPYQIHFT KTPKYFKPGM PFDLMVFVTN PDGSPAYRVP VAVQGEDTVQ SLTQGDGVAK LSINTHPSQK PLSI TVRTK KQELSEAEQA TRTMQALPYS TVGNSNNYLH LSVLRTELRP GETLNVNFLL RMDRAHEAKI RYYTYLIMNK GRLLK AGRQ VREPGQDLVV LPLSITTDFI PSFRLVAYYT LIGASGQREV VADSVWVDVK DSCVGSLVVK SGQSEDRQPV PGQQMT LKI EGDHGARVVL VAVDKGVFVL NKKNKLTQSK IWDVVEKADI GCTPGSGKDY AGVFSDAGLT FTSSSGQQTA QRAELQC PQ PAA

UniProtKB: Complement C3

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分子 #2: Complement C3

分子名称: Complement C3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.169875 KDa
配列文字列: SVQLTEKRMD KVGKYPKELR KCCEDGMREN PMRFSCQRRT RFISLGEACK KVFLDCCNYI TELRRQHARA SHLGLARSNL DEDIIAEEN IVSRSEFPES WLWNVEDLKE PPKNGISTKL MNIFLKDSIT TWEILAVSMS DKKGICVADP FEVTVMQDFF I DLRLPYSV ...文字列:
SVQLTEKRMD KVGKYPKELR KCCEDGMREN PMRFSCQRRT RFISLGEACK KVFLDCCNYI TELRRQHARA SHLGLARSNL DEDIIAEEN IVSRSEFPES WLWNVEDLKE PPKNGISTKL MNIFLKDSIT TWEILAVSMS DKKGICVADP FEVTVMQDFF I DLRLPYSV VRNEQVEIRA VLYNYRQNQE LKVRVELLHN PAFCSLATTK RRHQQTVTIP PKSSLSVPYV IVPLKTGLQE VE VKAAVYH HFISDGVRKS LKVVPEGIRM NKTVAVRTLD PERLGREGVQ KEDIPPADLS DQVPDTESET RILLQGTPVA QMT EDAVDA ERLKHLIVTP SGCGEQNMIG MTPTVIAVHY LDETEQWEKF GLEKRQGALE LIKKGYTQQL AFRQPSSAFA AFVK RAPST WLTAYVVKVF SLAVNLIAID SQVLCGAVKW LILEKQKPDG VFQEDAPVIH QEMIGGLRNN NEKDMALTAF VLISL QEAK DICEEQVNSL PGSITKAGDF LEANYMNLQR SYTVAIAGYA LAQMGRLKGP LLNKFLTTAK DKNRWEDPGK QLYNVE ATS YALLALLQLK DFDFVPPVVR WLNEQRYYGG GYGSTQATFM VFQALAQYQK DAPDHQELNL DVSLQLPSRS SKITHRI HW ESASLLRSEE TKENEGFTVT AEGKGQGTLS VVTMYHAKAK DQLTCNKFDL KVTIKPAPET EKRPQDAKNT MILEICTR Y RGDQDATMSI LDISMMTGFA PDTDDLKQLA NGVDRYISKY ELDKAFSDRN TLIIYLDKVS HSEDDCLAFK VHQYFNVEL IQPGAVKVYA YYNLEESCTR FYHPEKEDGK LNKLCRDELC RCAEENCFIQ KSDDKVTLEE RLDKACEPGV DYVYKTRLVK VQLSNDFDE YIMAIEQTIK SGSDEVQVGQ QRTFISPIKC REALKLEEKK HYLMWGLSSD FWGEKPNLSY IIGKDTWVEH W PEEDECQD EENQKQCQDL GAFTESMVVF GCPN

UniProtKB: Complement C3

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分子 #3: 65 kDa invariant surface glycoprotein, putative

分子名称: 65 kDa invariant surface glycoprotein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972
分子量理論値: 40.823516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLLVIGSEDN RVPGDKKLTK EGAAALCKMK HLADKVAKER SQELKDRTQN FAGYIEFELY RIDYWLEKL NGPKGRKDGY AKLSDSDIEK VKEIFNKAKD GITKQLPEAK KAGEEAGKLH TEVKKAAENA RGQDLDDDTA K STGLYRVL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLLVIGSEDN RVPGDKKLTK EGAAALCKMK HLADKVAKER SQELKDRTQN FAGYIEFELY RIDYWLEKL NGPKGRKDGY AKLSDSDIEK VKEIFNKAKD GITKQLPEAK KAGEEAGKLH TEVKKAAENA RGQDLDDDTA K STGLYRVL NWYCITKEER HNATPNCDGI QFRKHYLSVN RSAIDCSSTS YEENYDWSAN ALQVALNSWE DVKPKKLESA GS DKNCNIG QSSESHPCTM TEEWQTPYKE TVEKLRELED AYQRGKKAHD AMLGYANTAY AVNTKVEQEK PLTEVIAAAK EAG KKGAKI IIPAAAPATP TNSTKNDDSA PTEHVDRGIA TNETQVEVGI D

UniProtKB: 65 kDa invariant surface glycoprotein, putative

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 41.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2a73

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 406545
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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