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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14686 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average of the chikungunya virus neck complex, unsymmetrized | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of chikungunya virus neck complex, without symmetrization. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Laurent T / Carlson LA | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Architecture of the chikungunya virus replication organelle. 著者: Timothée Laurent / Pravin Kumar / Susanne Liese / Farnaz Zare / Mattias Jonasson / Andreas Carlson / Lars-Anders Carlson / 要旨: are mosquito-borne viruses that cause serious disease in humans and other mammals. Along with its mosquito vector, the s chikungunya virus (CHIKV) has spread explosively in the last 20 years, and ... are mosquito-borne viruses that cause serious disease in humans and other mammals. Along with its mosquito vector, the s chikungunya virus (CHIKV) has spread explosively in the last 20 years, and there is no approved treatment for chikungunya fever. On the plasma membrane of the infected cell, CHIKV generates dedicated organelles for viral RNA replication, so-called spherules. Whereas structures exist for several viral proteins that make up the spherule, the architecture of the full organelle is unknown. Here, we use cryo-electron tomography to image CHIKV spherules in their cellular context. This reveals that the viral protein nsP1 serves as a base for the assembly of a larger protein complex at the neck of the membrane bud. Biochemical assays show that the viral helicase-protease nsP2, while having no membrane affinity on its own, is recruited to membranes by nsP1. The tomograms further reveal that full-sized spherules contain a single copy of the viral genome in double-stranded form. Finally, we present a mathematical model that explains the membrane remodeling of the spherule in terms of the pressure exerted on the membrane by the polymerizing RNA, which provides a good agreement with the experimental data. The energy released by RNA polymerization is found to be sufficient to remodel the membrane to the characteristic spherule shape. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14686.map.gz | 1.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14686-v30.xml emd-14686.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14686.png | 58.1 KB | ||
マスクデータ | emd_14686_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_14686_half_map_1.map.gz emd_14686_half_map_2.map.gz | 48.9 MB 48.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14686 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14686 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14686_validation.pdf.gz | 756.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14686_full_validation.pdf.gz | 756.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14686_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14686_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14686 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14686 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14686.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of chikungunya virus neck complex, without symmetrization. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.29 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14686_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_14686_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_14686_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Chikungunya virus neck complex
全体 | 名称: Chikungunya virus neck complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Chikungunya virus neck complex
超分子 | 名称: Chikungunya virus neck complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Protein complex at the membrane neck of chikungunya virus spherules. |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0037 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 5 seconds blot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 33000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo 詳細: 34A resolution was calculated using the uploaded mask 使用したサブトモグラム数: 64 |
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抽出 | トモグラム数: 9 / 使用した粒子像数: 76 / 手法: manual |
CTF補正 | ソフトウェア: (名称: CTFFIND, CTFPHASEFLIP) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Dynamo |