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- EMDB-14630: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom diameter) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14630
タイトルMembrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom diameter)
マップデータMembrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom diameter)
試料
  • 複合体: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom Diameter) cryo-EM map
    • タンパク質・ペプチド: Charged multivesicular body protein 2a
    • タンパク質・ペプチド: Charged multivesicular body protein 3
キーワードCryo Electron Microscopy / Helical Reconstruction / Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament / Negative-curvature membrane / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of centriole elongation / regulation of endosome size / membrane invagination / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / suppression of viral release by host / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex ...negative regulation of centriole elongation / regulation of endosome size / membrane invagination / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / suppression of viral release by host / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / membrane coat / regulation of centrosome duplication / nuclear membrane reassembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / multivesicular body sorting pathway / positive regulation of exosomal secretion / midbody abscission / membrane fission / plasma membrane repair / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / phosphatidylcholine binding / multivesicular body membrane / exit from mitosis / regulation of mitotic spindle assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / regulation of early endosome to late endosome transport / molecular function inhibitor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / mitotic metaphase chromosome alignment / Macroautophagy / nucleus organization / positive regulation of cytokinesis / ubiquitin-specific protease binding / viral budding via host ESCRT complex / autophagosome membrane / viral release from host cell / protein polymerization / autophagosome maturation / Pyroptosis / nuclear pore / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / multivesicular body / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / viral budding from plasma membrane / HCMV Late Events / macroautophagy / establishment of protein localization / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / protein homooligomerization / kinetochore / autophagy / nuclear envelope / late endosome / protein transport / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cytoplasmic vesicle / midbody / early endosome / protein domain specific binding / lysosomal membrane / apoptotic process / chromatin / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Charged multivesicular body protein 2a / Charged multivesicular body protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Azad K / Desfosses A / Effantin G / Schoehn G / Weissenhorn W
資金援助 フランス, 3件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-14-CE09-0003-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0002-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of CHMP2A-CHMP3 ESCRT-III polymer assembly and membrane cleavage.
著者: Kimi Azad / Delphine Guilligay / Cecile Boscheron / Sourav Maity / Nicola De Franceschi / Guidenn Sulbaran / Gregory Effantin / Haiyan Wang / Jean-Philippe Kleman / Patricia Bassereau / Guy ...著者: Kimi Azad / Delphine Guilligay / Cecile Boscheron / Sourav Maity / Nicola De Franceschi / Guidenn Sulbaran / Gregory Effantin / Haiyan Wang / Jean-Philippe Kleman / Patricia Bassereau / Guy Schoehn / Wouter H Roos / Ambroise Desfosses / Winfried Weissenhorn /
要旨: The endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) is a highly conserved protein machinery that drives a divers set of physiological and pathological membrane remodeling processes. However, ...The endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) is a highly conserved protein machinery that drives a divers set of physiological and pathological membrane remodeling processes. However, the structural basis of ESCRT-III polymers stabilizing, constricting and cleaving negatively curved membranes is yet unknown. Here we present cryo-EM structures of membrane-coated CHMP2A-CHMP3 filaments from Homo sapiens of two different diameters at 3.3 and 3.6 Å resolution. The structures reveal helical filaments assembled by CHMP2A-CHMP3 heterodimers in the open ESCRT-III conformation, which generates a partially positive charged membrane interaction surface, positions short N-terminal motifs for membrane interaction and the C-terminal VPS4 target sequence toward the tube interior. Inter-filament interactions are electrostatic, which may facilitate filament sliding upon VPS4-mediated polymer remodeling. Fluorescence microscopy as well as high-speed atomic force microscopy imaging corroborate that VPS4 can constrict and cleave CHMP2A-CHMP3 membrane tubes. We therefore conclude that CHMP2A-CHMP3-VPS4 act as a minimal membrane fission machinery.
履歴
登録2022年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14630.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14630.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom diameter)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 768 pix.
= 807.936 Å		1.05 Å/pix.
x 768 pix.
= 807.936 Å		1.05 Å/pix.
x 768 pix.
= 807.936 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.022476744 - 0.03742122
平均 (標準偏差)0.0000073798415 (±0.00068143103)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ768768768
Spacing768768768
セルA=B=C: 807.93604 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom diameter) half map...

ファイルemd_14630_half_map_1.map
注釈Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom diameter) half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom diameter) half map...

ファイルemd_14630_half_map_2.map
注釈Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom diameter) half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom Diameter) cryo...

全体名称: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom Diameter) cryo-EM map
要素
  • 複合体: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom Diameter) cryo-EM map
    • タンパク質・ペプチド: Charged multivesicular body protein 2a
    • タンパク質・ペプチド: Charged multivesicular body protein 3

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超分子 #1: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom Diameter) cryo...

超分子名称: Membrane-bound CHMP2A-CHMP3 filament (430 Angstrom Diameter) cryo-EM map
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Charged multivesicular body protein 2a

分子名称: Charged multivesicular body protein 2a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.305488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
RKTPEELLRQ NQRALNRAMR ELDRERQKLE TQEKKIIADI KKMAKQGQMD AVRIMAKDLV RTRRYVRKFV LMRANIQAVS LKIQTLKSN NSMAQAMKGV TKAMGTMNRQ LKLPQIQKIM MEFERQAEIM DMKEEMMNDA IDDAMGDE

UniProtKB: Charged multivesicular body protein 2a

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分子 #2: Charged multivesicular body protein 3

分子名称: Charged multivesicular body protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.429684 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
PPKELVNEWS LKIRKEMRVV DRQIRDIQRE EEKVKRSVKD AAKKGQKDVC IVLAKEMIRS RKAVSKLYAS KAHMNSVLMG MKNQLAVLR VAGSLQKSTE VMKAMQSLVK IPEIQATMRE LSKEMMKAGI IEEMLEDTFE SMDDQEEMEE EAEMEIDRIL

UniProtKB: Charged multivesicular body protein 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC4H11NO3Tris
25.0 mMNaClSodium Chloride
1.0 mMC2H6OSBeta-mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 5028 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 24.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.742 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 54.374 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 25353
Segment selection選択した数: 89122
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6tz4


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7zcg:
CHMP2A-CHMP3 heterodimer (430 Angstrom diameter)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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