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基本情報
登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1460
タイトル
Near-atomic resolution using electron cryomicroscopy and single-particle reconstruction.
マップデータ
Map of rotavirus DLP, filtered at 3.8 Angstrom resolution (cosine edge mask), and sharpened with a B-factor of -450 Angstrom squared. The deposited file contains 1/8th of the entire volume.
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008 タイトル: Near-atomic resolution using electron cryomicroscopy and single-particle reconstruction. 著者: Xing Zhang / Ethan Settembre / Chen Xu / Philip R Dormitzer / Richard Bellamy / Stephen C Harrison / Nikolaus Grigorieff / 要旨: Electron cryomicroscopy (cryo-EM) yields images of macromolecular assemblies and their components, from which 3D structures can be determined, by using an image processing method commonly known as ...Electron cryomicroscopy (cryo-EM) yields images of macromolecular assemblies and their components, from which 3D structures can be determined, by using an image processing method commonly known as "single-particle reconstruction." During the past two decades, this technique has become an important tool for 3D structure determination, but it generally has not been possible to determine atomic models. In principle, individual molecular images contain high-resolution information contaminated by a much higher level of noise. In practice, it has been unclear whether current averaging methods are adequate to extract this information from the background. We present here a reconstruction, obtained by using recently developed image processing methods, of the rotavirus inner capsid particle ("double-layer particle" or DLP) at a resolution suitable for interpretation by an atomic model. The result establishes single-particle reconstruction as a high-resolution technique. We show by direct comparison that the cryo-EM reconstruction of viral protein 6 (VP6) of the rotavirus DLP is similar in clarity to a 3.8-A resolution map obtained from x-ray crystallography. At this resolution, most of the amino acid side chains produce recognizable density. The icosahedral symmetry of the particle was an important factor in achieving this resolution in the cryo-EM analysis, but as the size of recordable datasets increases, single-particle reconstruction also is likely to yield structures at comparable resolution from samples of much lower symmetry. This potential has broad implications for structural cell biology.
ダウンロード / ファイル: emd_1460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 116.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈
Map of rotavirus DLP, filtered at 3.8 Angstrom resolution (cosine edge mask), and sharpened with a B-factor of -450 Angstrom squared. The deposited file contains 1/8th of the entire volume.
ボクセルのサイズ
X=Y=Z: 1.238 Å
密度
表面レベル
1: 0.111 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大
-0.237517 - 0.301381
平均 (標準偏差)
-0.000559727 (±0.0323211)
対称性
空間群: 1
詳細
EMDB XML:
マップ形状
Axis order
X
Y
Z
Origin
0
0
0
サイズ
315
315
315
Spacing
315
315
315
セル
A=B=C: 779.94 Å α=β=γ: 90 °
CCP4マップ ヘッダ情報:
mode
Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z
1.238
1.238
1.238
M x/y/z
630
630
630
origin x/y/z
0.000
0.000
0.000
length x/y/z
779.940
779.940
779.940
α/β/γ
90.000
90.000
90.000
start NX/NY/NZ
-60
-60
-59
NX/NY/NZ
120
120
120
MAP C/R/S
1
2
3
start NC/NR/NS
0
0
0
NC/NR/NS
315
315
315
D min/max/mean
-0.238
0.301
-0.001
-
添付データ
-
試料の構成要素
+
全体 : Bovine rotavirus DLP
全体
名称: Bovine rotavirus DLP
要素
試料: Bovine rotavirus DLP
タンパク質・ペプチド: VP1
タンパク質・ペプチド: VP2
タンパク質・ペプチド: VP3
タンパク質・ペプチド: VP6
RNA: dsRNA 1
RNA: dsRNA 2
RNA: dsRNA 3
RNA: dsRNA 4
RNA: dsRNA 5
RNA: dsRNA 6
RNA: dsRNA 7
RNA: dsRNA 8
RNA: dsRNA 9
RNA: dsRNA 10
RNA: dsRNA 11
+
超分子 #1000: Bovine rotavirus DLP
超分子
名称: Bovine rotavirus DLP / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: 12 monomers of VP1, 120 monomers of VP2, 12 / Number unique components: 15
名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Virus protein 2 / 組換発現: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 41 KDa
+
分子 #3: VP3
分子
名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: guanylyltransferase and methylase / 組換発現: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 88 KDa
+
分子 #4: VP6
分子
名称: VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: Virus protein 6 / 組換発現: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 102 KDa
+
分子 #5: dsRNA 1
分子
名称: dsRNA 1 / タイプ: rna / ID: 5 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 2.147 MDa
+
分子 #6: dsRNA 2
分子
名称: dsRNA 2 / タイプ: rna / ID: 6 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 1.749 MDa
+
分子 #7: dsRNA 3
分子
名称: dsRNA 3 / タイプ: rna / ID: 7 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 1.684 MDa
+
分子 #8: dsRNA 4
分子
名称: dsRNA 4 / タイプ: rna / ID: 8 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 1.535 MDa
+
分子 #9: dsRNA 5
分子
名称: dsRNA 5 / タイプ: rna / ID: 9 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 1.047 MDa
+
分子 #10: dsRNA 6
分子
名称: dsRNA 6 / タイプ: rna / ID: 10 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 881 KDa
+
分子 #11: dsRNA 7
分子
名称: dsRNA 7 / タイプ: rna / ID: 11 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 718 KDa
+
分子 #12: dsRNA 8
分子
名称: dsRNA 8 / タイプ: rna / ID: 12 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 688 KDa
+
分子 #13: dsRNA 9
分子
名称: dsRNA 9 / タイプ: rna / ID: 13 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 690 KDa
+
分子 #14: dsRNA 10
分子
名称: dsRNA 10 / タイプ: rna / ID: 14 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 488 KDa
+
分子 #15: dsRNA 11
分子
名称: dsRNA 11 / タイプ: rna / ID: 15 / 分類: OTHER / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)
生物種: Bovine rotavirus (ウイルス)
分子量
実験値: 434 KDa
-
実験情報
-
構造解析
手法
ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析
単粒子再構成法
試料の集合状態
particle
-
試料調製
濃度
5 mg/mL
緩衝液
pH: 7.4
染色
タイプ: NEGATIVE / 詳細: Ice
グリッド
詳細: Lacy carbon and C-falt
凍結
凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: Home-made. Vitrification carried out in air at room temperature 手法: Blot for 3 seconds before plunging
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電子顕微鏡法
顕微鏡
FEI TECNAI F30
温度
平均: 90 K
アライメント法
Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected Legacy - Electron beam tilt params: 0
Particles were selected using the computer program SIGNATURE
CTF補正
詳細: Each particle
最終 再構成
想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 詳細: Ewald sphere curvature was not corrected / 使用した粒子像数: 8400