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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14587 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human GS-GN complex in the inhibited state | |||||||||
マップデータ | D2 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycogen synthase activity, transferring glucose-1-phosphate / Glycogen storage disease type XV (GYG1) / Glycogen storage disease type 0 (muscle GYS1) / glycogen(starch) synthase / Glycogen storage disease type II (GAA) / glycogenin glucosyltransferase / glycogenin glucosyltransferase activity / : / glycogen (starch) synthase activity / D-glucose binding ...glycogen synthase activity, transferring glucose-1-phosphate / Glycogen storage disease type XV (GYG1) / Glycogen storage disease type 0 (muscle GYS1) / glycogen(starch) synthase / Glycogen storage disease type II (GAA) / glycogenin glucosyltransferase / glycogenin glucosyltransferase activity / : / glycogen (starch) synthase activity / D-glucose binding / glycogen biosynthetic process / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / glycosyltransferase activity / inclusion body / Myoclonic epilepsy of Lafora / Glycogen synthesis / lysosomal lumen / heart development / manganese ion binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular region / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å | |||||||||
データ登録者 | Marr L / Zeqiraj E | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Mechanism of glycogen synthase inactivation and interaction with glycogenin. 著者: Laura Marr / Dipsikha Biswas / Leonard A Daly / Christopher Browning / Sarah C M Vial / Daniel P Maskell / Catherine Hudson / Jay A Bertrand / John Pollard / Neil A Ranson / Heena Khatter / ...著者: Laura Marr / Dipsikha Biswas / Leonard A Daly / Christopher Browning / Sarah C M Vial / Daniel P Maskell / Catherine Hudson / Jay A Bertrand / John Pollard / Neil A Ranson / Heena Khatter / Claire E Eyers / Kei Sakamoto / Elton Zeqiraj / 要旨: Glycogen is the major glucose reserve in eukaryotes, and defects in glycogen metabolism and structure lead to disease. Glycogenesis involves interaction of glycogenin (GN) with glycogen synthase (GS) ...Glycogen is the major glucose reserve in eukaryotes, and defects in glycogen metabolism and structure lead to disease. Glycogenesis involves interaction of glycogenin (GN) with glycogen synthase (GS), where GS is activated by glucose-6-phosphate (G6P) and inactivated by phosphorylation. We describe the 2.6 Å resolution cryo-EM structure of phosphorylated human GS revealing an autoinhibited GS tetramer flanked by two GN dimers. Phosphorylated N- and C-termini from two GS protomers converge near the G6P-binding pocket and buttress against GS regulatory helices. This keeps GS in an inactive conformation mediated by phospho-Ser641 interactions with a composite "arginine cradle". Structure-guided mutagenesis perturbing interactions with phosphorylated tails led to increased basal/unstimulated GS activity. We propose that multivalent phosphorylation supports GS autoinhibition through interactions from a dynamic "spike" region, allowing a tuneable rheostat for regulating GS activity. This work therefore provides insights into glycogen synthesis regulation and facilitates studies of glycogen-related diseases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14587.map.gz | 61.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14587-v30.xml emd-14587.xml | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14587_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14587.png | 97.7 KB | ||
マスクデータ | emd_14587_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_14587_additional_1.map.gz emd_14587_half_map_1.map.gz emd_14587_half_map_2.map.gz | 61.1 MB 69.7 MB 69.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14587 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14587_validation.pdf.gz | 697.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14587_full_validation.pdf.gz | 697 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14587_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14587_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14587 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zbnMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | D2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.71 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14587_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: C1
ファイル | emd_14587_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | C1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14587_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14587_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Glycogen synthase-Glycogenin complex
全体 | 名称: Glycogen synthase-Glycogenin complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Glycogen synthase-Glycogenin complex
超分子 | 名称: Glycogen synthase-Glycogenin complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
分子量 | 理論値: 485 KDa |
-分子 #1: Glycogen [starch] synthase, muscle
分子 | 名称: Glycogen [starch] synthase, muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glycogen(starch) synthase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 83.88543 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MPLNRTLSMS SLPGLEDWED EFDLENAVLF EVAWEVANKV GGIYTVLQTK AKVTGDEWGD NYFLVGPYTE QGVRTQVELL EAPTPALKR TLDSMNSKGC KVYFGRWLIE GGPLVVLLDV GASAWALERW KGELWDTCNI GVPWYDREAN DAVLFGFLTT W FLGEFLAQ ...文字列: MPLNRTLSMS SLPGLEDWED EFDLENAVLF EVAWEVANKV GGIYTVLQTK AKVTGDEWGD NYFLVGPYTE QGVRTQVELL EAPTPALKR TLDSMNSKGC KVYFGRWLIE GGPLVVLLDV GASAWALERW KGELWDTCNI GVPWYDREAN DAVLFGFLTT W FLGEFLAQ SEEKPHVVAH FHEWLAGVGL CLCRARRLPV ATIFTTHATL LGRYLCAGAV DFYNNLENFN VDKEAGERQI YH RYCMERA AAHCAHVFTT VSQITAIEAQ HLLKRKPDIV TPNGLNVKKF SAMHEFQNLH AQSKARIQEF VRGHFYGHLD FNL DKTLYF FIAGRYEFSN KGADVFLEAL ARLNYLLRVN GSEQTVVAFF IMPARTNNFN VETLKGQAVR KQLWDTANTV KEKF GRKLY ESLLVGSLPD MNKMLDKEDF TMMKRAIFAT QRQSFPPVCT HNMLDDSSDP ILTTIRRIGL FNSSADRVKV IFHPE FLSS TSPLLPVDYE EFVRGCHLGV FPSYYEPWGY TPAECTVMGI PSISTNLSGF GCFMEEHIAD PSAYGIYILD RRFRSL DDS CSQLTSFLYS FCQQSRRQRI IQRNRTERLS DLLDWKYLGR YYMSARHMAL SKAFPEHFTY EPNEADAAQG YRYPRPA SV PPSPSLSRHS SPHQSEDEED PRNGPLEEDG ERYDEDEEAA KDRRNIRAPE WPRRASCTSS TSGSKRNSVD TATSSSLS T PSEPLSPTSS LGEERN |
-分子 #2: Glycogen [starch] synthase, muscle
分子 | 名称: Glycogen [starch] synthase, muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glycogen(starch) synthase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 83.965406 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MPLNRTLSMS SLPGLEDWED EFDLENAVLF EVAWEVANKV GGIYTVLQTK AKVTGDEWGD NYFLVGPYTE QGVRTQVELL EAPTPALKR TLDSMNSKGC KVYFGRWLIE GGPLVVLLDV GASAWALERW KGELWDTCNI GVPWYDREAN DAVLFGFLTT W FLGEFLAQ ...文字列: MPLNRTLSMS SLPGLEDWED EFDLENAVLF EVAWEVANKV GGIYTVLQTK AKVTGDEWGD NYFLVGPYTE QGVRTQVELL EAPTPALKR TLDSMNSKGC KVYFGRWLIE GGPLVVLLDV GASAWALERW KGELWDTCNI GVPWYDREAN DAVLFGFLTT W FLGEFLAQ SEEKPHVVAH FHEWLAGVGL CLCRARRLPV ATIFTTHATL LGRYLCAGAV DFYNNLENFN VDKEAGERQI YH RYCMERA AAHCAHVFTT VSQITAIEAQ HLLKRKPDIV TPNGLNVKKF SAMHEFQNLH AQSKARIQEF VRGHFYGHLD FNL DKTLYF FIAGRYEFSN KGADVFLEAL ARLNYLLRVN GSEQTVVAFF IMPARTNNFN VETLKGQAVR KQLWDTANTV KEKF GRKLY ESLLVGSLPD MNKMLDKEDF TMMKRAIFAT QRQSFPPVCT HNMLDDSSDP ILTTIRRIGL FNSSADRVKV IFHPE FLSS TSPLLPVDYE EFVRGCHLGV FPSYYEPWGY TPAECTVMGI PSISTNLSGF GCFMEEHIAD PSAYGIYILD RRFRSL DDS CSQLTSFLYS FCQQSRRQRI IQRNRTERLS DLLDWKYLGR YYMSARHMAL SKAFPEHFTY EPNEADAAQG YRYPRPA (SEP)V PPSPSLSRHS SPHQSEDEED PRNGPLEEDG ERYDEDEEAA KDRRNIRAPE WPRRASCTSS TSGSKRNSVD TATS SSLST PSEPLSPTSS LGEERN |
-分子 #3: Isoform GN-1 of Glycogenin-1
分子 | 名称: Isoform GN-1 of Glycogenin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glycogenin glucosyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.469348 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MADQAFVTLT TNDAYAKGAL VLGSSLKQHR TTRRLVVLAT PQVSDSMRKV LETVFDEVIM VDVLDSGDSA HLTLMKRPEL GVTLTKLHC WSLTQYSKCV FMDADTLVLA NIDDLFDREE LSAAPDPGWP DCFNSGVFVY QPSVETYNQL LHLASEQGSF D GGDQGILN ...文字列: MADQAFVTLT TNDAYAKGAL VLGSSLKQHR TTRRLVVLAT PQVSDSMRKV LETVFDEVIM VDVLDSGDSA HLTLMKRPEL GVTLTKLHC WSLTQYSKCV FMDADTLVLA NIDDLFDREE LSAAPDPGWP DCFNSGVFVY QPSVETYNQL LHLASEQGSF D GGDQGILN TFFSSWATTD IRKHLPFIYN LSSISIFSYL PAFKVFGASA KVVHFLGRVK PWNYTYDPKT KSVKSEAHDP NM THPEFLI LWWNIFTTNV LPLLQQFGLV KDTCSYVNVE DVSGAISHLS LGEIPAMAQP FVSSEERKER WEQGQADYMG ADS FDNIKR KLDTYLQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 34.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |