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万見
- EMDB-14522: The molybdenum storage protein loaded with tungstate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14522
タイトルThe molybdenum storage protein loaded with tungstate
マップデータ
試料
  • 複合体: MoSto dodecamer 2 x (AB)3
    • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 9種
キーワードMetal storage protein / polytungstate / Keggin ion / EM / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / cytoplasm / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
機能・相同性情報
生物種Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Ermler U / Aziz I / Kaltwasser S / Kayastha K / Vonck J
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
引用ジャーナル: J Inorg Biochem / 年: 2022
タイトル: The molybdenum storage protein forms and deposits distinct polynuclear tungsten oxygen aggregates.
著者: Iram Aziz / Susann Kaltwasser / Kanwal Kayastha / Radhika Khera / Janet Vonck / Ulrich Ermler /
要旨: Some N-fixing bacteria store Mo to maintain the formation of the vital FeMo-cofactor dependent nitrogenase under Mo depleting conditions. The Mo storage protein (MoSto), developed for this purpose, ...Some N-fixing bacteria store Mo to maintain the formation of the vital FeMo-cofactor dependent nitrogenase under Mo depleting conditions. The Mo storage protein (MoSto), developed for this purpose, has the unique capability to compactly deposit molybdate as polyoxometalate (POM) clusters in a (αβ) hexameric cage; the same occurs with the physicochemically related tungstate. To explore the structural diversity of W-based POM clusters, MoSto loaded under different conditions with tungstate and two site-specifically modified MoSto variants were structurally characterized by X-ray crystallography or single-particle cryo-EM. The MoSto cage contains five major locations for POM clusters occupied among others by heptanuclear, Keggin ion and even Dawson-like species also found in bulk solvent under defined conditions. We found both lacunary derivatives of these archetypical POM clusters with missing WO units at positions exposed to bulk solvent and expanded derivatives with additional WO units next to protecting polypeptide segments or other POM clusters. The cryo-EM map, unexpectedly, reveals a POM cluster in the cage center anchored to the wall by a WO linker. Interestingly, distinct POM cluster structures can originate from identical, highly occupied core fragments of three to seven WO units that partly correspond to those found in MoSto loaded with molybdate. These core fragments are firmly bound to the complementary protein template in contrast to the more variable, less occupied residual parts of the visible POM clusters. Due to their higher stability, W-based POM clusters are, on average, larger and more diverse than their Mo-based counterparts.
履歴
登録2022年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月13日-
マップ公開2022年7月13日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14522.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.68 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.68 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.831 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0082
最小 - 最大-0.011543922 - 0.065977976
平均 (標準偏差)0.000030743115 (±0.0017187805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 232.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14522_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_14522_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14522_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MoSto dodecamer 2 x (AB)3

全体名称: MoSto dodecamer 2 x (AB)3
要素
  • 複合体: MoSto dodecamer 2 x (AB)3
    • タンパク質・ペプチド: Molybdenum storage protein subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Molybdenum storage protein subunit alpha
  • リガンド: MOLYBDATE ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: W11-O35 cluster
  • リガンド: 1,1,3,3,5,7,7,9,11,15,15-undecakis($l^{1}-oxidanyl)-2$l^{4},4$l^{3},6$l^{5},8,10,12,14,16,17,18,19$l^{3},20,21,22,23-pentadecaoxa-1$l^{6},3$l^{6},5$l^{6},7$l^{6},9$l^{6},11$l^{6},13$l^{6},15$l^{6}-octatungstapentadecacyclo[7.7.1.1^{1,13}.1^{3,5}.1^{3,15}.1^{5,7}.1^{5,11}.1^{7,11}.0^{2,13}.0^{2,15}.0^{4,13}.0^{6,9}.0^{6,11}.0^{6,13}.0^{9,19}]tricosane
  • リガンド: W8-O26 cluster
  • リガンド: W10-O37 cluster
  • リガンド: tungstate cluster
  • リガンド: W3-O10 cluster

+
超分子 #1: MoSto dodecamer 2 x (AB)3

超分子名称: MoSto dodecamer 2 x (AB)3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
分子量理論値: 345 KDa

+
分子 #1: Molybdenum storage protein subunit beta

分子名称: Molybdenum storage protein subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
分子量理論値: 28.247582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: ANSTAELEEL LMQRSLTDPQ LQAAAAAAAD FRILPDATVI KIGGQSVIDR GRAAVYPLVD EIVAARKNHK LLIGTGAGTR ARHLYSIAA GLGLPAGVLA QLGSSVADQN AAMLGQLLAK HGIPVVGGAG LSAVPLSLAE VNAVVFSGMP PYKLWMRPAA E GVIPPYRT ...文字列:
ANSTAELEEL LMQRSLTDPQ LQAAAAAAAD FRILPDATVI KIGGQSVIDR GRAAVYPLVD EIVAARKNHK LLIGTGAGTR ARHLYSIAA GLGLPAGVLA QLGSSVADQN AAMLGQLLAK HGIPVVGGAG LSAVPLSLAE VNAVVFSGMP PYKLWMRPAA E GVIPPYRT DAGCFLLAEQ FGCKQMIFVK DEDGLYTANP KTSKDATFIP RISVDEMKAK GLHDSILEFP VLDLLQSAQH VR EVQVVNG LVPGNLTRAL AGEHVGTIIT AS

UniProtKB: Molybdenum storage protein subunit beta

+
分子 #2: Molybdenum storage protein subunit alpha

分子名称: Molybdenum storage protein subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 株: DJ / ATCC BAA-1303
分子量理論値: 29.245582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: TDTTNSIKHV ISPLARQTLQ DRDLTRPVAG KRPIRLLPWL QVVKIGGRVM DRGADAILPL VEELRKLLPE HRLLILTGAG VRARHVFSV GLDLGLPVGS LAPLAASEAG QNGHILAAML ASEGVSYVEH PTVADQLAIH LSATRAVVGS AFPPYHHHEF P GSRIPPHR ...文字列:
TDTTNSIKHV ISPLARQTLQ DRDLTRPVAG KRPIRLLPWL QVVKIGGRVM DRGADAILPL VEELRKLLPE HRLLILTGAG VRARHVFSV GLDLGLPVGS LAPLAASEAG QNGHILAAML ASEGVSYVEH PTVADQLAIH LSATRAVVGS AFPPYHHHEF P GSRIPPHR ADTGAFLLAD AFGAAGLTIV ENVDGIYTAD PNGPDRGQAR FLPETSATDL AKSEGPLPVD RALLDVMATA RH IERVQVV NGLVPGRLTA ALRGEHVGTL IRTGVRPA

UniProtKB: Molybdenum storage protein subunit alpha

+
分子 #3: MOLYBDATE ION

分子名称: MOLYBDATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: MOO
分子量理論値: 159.938 Da
Chemical component information

ChemComp-MOO:
MOLYBDATE ION

+
分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #6: W11-O35 cluster

分子名称: W11-O35 cluster / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: IWL
分子量理論値: 2.582219 KDa
Chemical component information

ChemComp-IWL:
W11-O35 cluster

+
分子 #7: 1,1,3,3,5,7,7,9,11,15,15-undecakis($l^{1}-oxidanyl)-2$l^{4},4$l^{...

分子名称: 1,1,3,3,5,7,7,9,11,15,15-undecakis($l^{1}-oxidanyl)-2$l^{4},4$l^{3},6$l^{5},8,10,12,14,16,17,18,19$l^{3},20,21,22,23-pentadecaoxa- ...名称: 1,1,3,3,5,7,7,9,11,15,15-undecakis($l^{1}-oxidanyl)-2$l^{4},4$l^{3},6$l^{5},8,10,12,14,16,17,18,19$l^{3},20,21,22,23-pentadecaoxa-1$l^{6},3$l^{6},5$l^{6},7$l^{6},9$l^{6},11$l^{6},13$l^{6},15$l^{6}-octatungstapentadecacyclo[7.7.1.1^{1,13}.1^{3,5}.1^{3,15}.1^{5,7}.1^{5,11}.1^{7,11}.0^{2,13}.0^{2,15}.0^{4,13}.0^{6,9}.0^{6,11}.0^{6,13}.0^{9,19}]tricosane
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: IV9
分子量理論値: 1.886704 KDa
Chemical component information

ChemComp-IV9:
1,1,3,3,5,7,7,9,11,15,15-undecakis($l^{1}-oxidanyl)-2$l^{4},4$l^{3},6$l^{5},8,10,12,14,16,17,18,19$l^{3},20,21,22,23-pentadecaoxa-1$l^{6},3$l^{6},5$l^{6},7$l^{6},9$l^{6},11$l^{6},13$l^{6},15$l^{6}-octatungstapentadecacyclo[7.7.1.1^{1,13}.1^{3,5}.1^{3,15}.1^{5,7}.1^{5,11}.1^{7,11}.0^{2,13}.0^{2,15}.0^{4,13}.0^{6,9}.0^{6,11}.0^{6,13}.0^{9,19}]tricosane

+
分子 #8: W8-O26 cluster

分子名称: W8-O26 cluster / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: IWO
分子量理論値: 1.886704 KDa
Chemical component information

ChemComp-IWO:
W8-O26 cluster

+
分子 #9: W10-O37 cluster

分子名称: W10-O37 cluster / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: IWZ
分子量理論値: 2.430378 KDa
Chemical component information

ChemComp-IWZ:
W10-O37 cluster

+
分子 #10: tungstate cluster

分子名称: tungstate cluster / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: IHW
分子量理論値: 3.869405 KDa
Chemical component information

ChemComp-IHW:
tungstate cluster

+
分子 #11: W3-O10 cluster

分子名称: W3-O10 cluster / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: IX3
分子量理論値: 711.514 Da
Chemical component information

ChemComp-IX3:
W3-O10 cluster

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6rke

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 674283
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6rke


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7z5j:
The molybdenum storage protein loaded with tungstate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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