[日本語] English
万見
- EMDB-14515: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14515
タイトルHuman NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome
マップデータNEXT_S_with_nuclear_exosome_refine
試料
  • 複合体: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome
    • 複合体: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome
      • タンパク質・ペプチド: x 15種
    • 複合体: RNA 5 prime hairpin U60
      • RNA: x 1種
キーワードHELICASE / ATPASE / RNA DEGRADATION / EXOSOME / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA deamination / co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / nucleolar exosome (RNase complex) / snRNA catabolic process / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / TRAMP complex / RNA exonuclease activity ...DNA deamination / co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / nucleolar exosome (RNase complex) / snRNA catabolic process / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / TRAMP complex / RNA exonuclease activity / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / snRNA binding / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / histone mRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of isotype switching / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / 7S RNA binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / isotype switching / mRNA 3'-end processing / telomerase RNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / maturation of 5.8S rRNA / nuclear chromosome / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / pre-mRNA intronic binding / RNA processing / 14-3-3 protein binding / transcription repressor complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / guanyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear receptor binding / meiotic cell cycle / small-subunit processome / euchromatin / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / transcription corepressor activity / ribosomal small subunit biogenesis / regulation of gene expression / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / positive regulation of cell growth / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / nuclear speck / nuclear body / immune response / RNA helicase / DNA repair / nucleotide binding / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / DNA damage response / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RBM7, RNA recognition motif / Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / : / M-phase phosphoprotein 6 / : / M-phase phosphoprotein 6 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like ...RBM7, RNA recognition motif / Exosome-associated factor Rrp47/DNA strand repair C1D / : / M-phase phosphoprotein 6 / : / M-phase phosphoprotein 6 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / : / Ribonuclease II/R, conserved site / rRNA-processing arch domain / Ribonuclease II family signature. / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / Sas10/Utp3/C1D / Sas10/Utp3/C1D family / : / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / HRDC domain superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Large family of predicted nucleotide-binding domains / 3'-5' exonuclease / PIN domain / K Homology domain, type 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / HRDC-like superfamily / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome RNA helicase MTR4 / Exosome complex component 10 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Nuclear nucleic acid-binding protein C1D / Exosome complex component RRP42 / Exosome complex component MTR3 / Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component RRP41 ...Exosome RNA helicase MTR4 / Exosome complex component 10 / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Nuclear nucleic acid-binding protein C1D / Exosome complex component RRP42 / Exosome complex component MTR3 / Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP44 / Exosome complex component CSL4 / RNA-binding protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Gerlach P / Lingaraju M / Salerno-Kochan A / Bonneau F / Basquin J / Conti E
資金援助 ドイツ, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European CommissionERC-2016-ADG 740329 EXORICOEuropean Union
German Research Foundation (DFG)SFB/TRR 237 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1035 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structure and regulation of the nuclear exosome targeting complex guides RNA substrates to the exosome.
著者: Piotr Gerlach / William Garland / Mahesh Lingaraju / Anna Salerno-Kochan / Fabien Bonneau / Jérôme Basquin / Torben Heick Jensen / Elena Conti /
要旨: In mammalian cells, spurious transcription results in a vast repertoire of unproductive non-coding RNAs, whose deleterious accumulation is prevented by rapid decay. The nuclear exosome targeting ...In mammalian cells, spurious transcription results in a vast repertoire of unproductive non-coding RNAs, whose deleterious accumulation is prevented by rapid decay. The nuclear exosome targeting (NEXT) complex plays a central role in directing non-functional transcripts to exosome-mediated degradation, but the structural and molecular mechanisms remain enigmatic. Here, we elucidated the architecture of the human NEXT complex, showing that it exists as a dimer of MTR4-ZCCHC8-RBM7 heterotrimers. Dimerization preconfigures the major MTR4-binding region of ZCCHC8 and arranges the two MTR4 helicases opposite to each other, with each protomer able to function on many types of RNAs. In the inactive state of the complex, the 3' end of an RNA substrate is enclosed in the MTR4 helicase channel by a ZCCHC8 C-terminal gatekeeping domain. The architecture of a NEXT-exosome assembly points to the molecular and regulatory mechanisms with which the NEXT complex guides RNA substrates to the exosome.
履歴
登録2022年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_14515.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14515.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NEXT_S_with_nuclear_exosome_refine
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540. Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540. Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.0233095 - 0.039567996
平均 (標準偏差)-0.00000018423991 (±0.0015498896)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 540.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_14515_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: NEXT S with nuclear exosome refine low pass 10

ファイルemd_14515_additional_1.map
注釈NEXT_S_with_nuclear_exosome_refine_low_pass_10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: NEXT S with nuclear exosome 3Dclass

ファイルemd_14515_additional_2.map
注釈NEXT_S_with_nuclear_exosome_3Dclass
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: NEXT S with nuclear exosome half map 1

ファイルemd_14515_half_map_1.map
注釈NEXT_S_with_nuclear_exosome_half_map_1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: NEXT S with nuclear exosome half map 2

ファイルemd_14515_half_map_2.map
注釈NEXT_S_with_nuclear_exosome_half_map_2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome

全体名称: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome
要素
  • 複合体: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome
    • 複合体: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome
      • タンパク質・ペプチド: Exosome RNA helicase MTR4
      • タンパク質・ペプチド: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
      • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein 7
      • タンパク質・ペプチド: M-phase phosphoprotein 6
      • タンパク質・ペプチド: Nuclear nucleic acid-binding protein C1D
      • タンパク質・ペプチド: Exosome component 10
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component CSL4
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP4
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP40
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP41
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP46
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component MTR3
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP42
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP45
      • タンパク質・ペプチド: Exosome complex exonuclease RRP44
    • 複合体: RNA 5 prime hairpin U60
      • RNA: RNA 5 prime hairpin U60

+
超分子 #1: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome

超分子名称: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome

超分子名称: Human NEXT dimer in complex with the nuclear RNA exosome
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: RNA 5 prime hairpin U60

超分子名称: RNA 5 prime hairpin U60 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #16
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: Exosome RNA helicase MTR4

分子名称: Exosome RNA helicase MTR4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MADAFGDELF SVFEGDSTTA AGTKKDKEKD KGKWKGPPGS ADKAGKRFDG KLQSESTNNG KNKRDVDFE GTDEPIFGKK PRIEESITED LSLADLMPRV KVQSVETVEG CTHEVALPAE E DYLPLKPR VGKAAKEYPF ILDAFQREAI QCVDNNQSVL VSAHTSAGKT ...文字列:
MADAFGDELF SVFEGDSTTA AGTKKDKEKD KGKWKGPPGS ADKAGKRFDG KLQSESTNNG KNKRDVDFE GTDEPIFGKK PRIEESITED LSLADLMPRV KVQSVETVEG CTHEVALPAE E DYLPLKPR VGKAAKEYPF ILDAFQREAI QCVDNNQSVL VSAHTSAGKT VCAEYAIALA LR EKQRVIF TSPIKALSNQ KYREMYEEFQ DVGLMTGDVT INPTASCLVM TTEILRSMLY RGS EVMREV AWVIFDEIHY MRDSERGVVW EETIILLPDN VHYVFLSATI PNARQFAEWI CHLH KQPCH VIYTDYRPTP LQHYIFPAGG DGLHLVVDEN GDFREDNFNT AMQVLRDAGD LAKGD QKGR KGGTKGPSNV FKIVKMIMER NFQPVIIFSF SKKDCEAYAL QMTKLDFNTD EEKKMV EEV FSNAIDCLSD EDKKLPQVEH VLPLLKRGIG IHHGGLLPIL KETIEILFSE GLIKALF AT ETFAMGINMP ARTVLFTNAR KFDGKDFRWI SSGEYIQMSG RAGRRGMDDR GIVILMVD E KMSPTIGKQL LKGSADPLNS AFHLTYNMVL NLLRVEEINP EYMLEKSFYQ FQHYRAIPG VVEKVKNSEE QYNKIVIPNE ESVVIYYKIR QQLAKLGKEI EEYIHKPKYC LPFLQPGRLV KVKNEGDDF GWGVVVNFSK KSNVKPNSGE LDPLYVVEVL LRCSKESLKN SATEAAKPAK P DEKGEMQV VPVLVHLLSA ISSVRLYIPK DLRPVDNRQS VLKSIQEVQK RFPDGIPLLD PI DDMGIQD QGLKKVIQKV EAFEHRMYSH PLHNDPNLET VYTLCEKKAQ IAIDIKSAKR ELK KARTVL QMDELKCRKR VLRRLGFATS SDVIEMKGRV ACEISSADEL LLTEMMFNGL FNDL SAEQA TALLSCFVFQ ENSSEMPKLT EQLAGPLRQM QECAKRIAKV SAEAKLEIDE ETYLS SFKP HLMDVVYTWA TGATFAHICK MTDVFEGSII RCMRRLEELL RQMCQAAKAI GNTELE NKF AEGITKIKRD IVFAASLYL

UniProtKB: Exosome RNA helicase MTR4

+
分子 #2: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8

分子名称: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: ENGVGDAELR ERLRQCEET IEQLRAENQE LKRKLNILTR PSGILVNDTK LDGPILQILF M NNAISKQY HQEIEEFVSN LVKRFEEQQK NDVEKTSFNL LPQPSSIVLE ED HKVEESC AIKNNKEAFS VVGSVLYFTN FCLDKLGQPL LNENPQLSEG WEI PKYHQV ...文字列:
ENGVGDAELR ERLRQCEET IEQLRAENQE LKRKLNILTR PSGILVNDTK LDGPILQILF M NNAISKQY HQEIEEFVSN LVKRFEEQQK NDVEKTSFNL LPQPSSIVLE ED HKVEESC AIKNNKEAFS VVGSVLYFTN FCLDKLGQPL LNENPQLSEG WEI PKYHQV FSHIVSLEGQ EIQVKAKRPK PHCFNCGSEE HQMKDCPMPR NAAR ISEKR KEYMDACGEA NNQNFQQRYH AEEVEERFGR FKPGVISEEL QDALG VTDK SLPPFIYRMR QLGYPPGWLK EAELENSGLA LYD

UniProtKB: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8

+
分子 #3: RNA-binding protein 7

分子名称: RNA-binding protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGAAAAEADR TLFVGNLETK VTEELLFELF HQAGPVIKVK IPKDKDGKPK QFAFVNFKH EVSVPYAMNL LNGIKLYGRP IKIQFRSGSS HAPQDVSLS

UniProtKB: RNA-binding protein 7

+
分子 #4: M-phase phosphoprotein 6

分子名称: M-phase phosphoprotein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAAERKTRLS KNLLRMKFMQ RGLDSETKKQ LEEEEKKIIS EEHWYLDLPE LKEKESFIIE EQSFLLCEDL LYGRMSFRGF NPEVEKLMLQ MNAKHKAEEV EDETVELDVS DEEMARRYET LVGTIGKKFA RKRDHANYEE DENGDITPIK AKKMFLKPQD

UniProtKB: M-phase phosphoprotein 6

+
分子 #5: Nuclear nucleic acid-binding protein C1D

分子名称: Nuclear nucleic acid-binding protein C1D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAGEEINEDY PVEIHEYLSA FENSIGAVDE MLKTMMSVSR NELLQKLDPL EQAKVDLVSA YTLNSMFWVY LATQGVNPKE HPVKQELERI RVYMNRVKEI TDKKKAGKLD RGAASRFVKN ALWEPKSKNA SKVANKGKSK S

UniProtKB: Nuclear nucleic acid-binding protein C1D

+
分子 #6: Exosome component 10

分子名称: Exosome component 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAPPSTREPR VLSATSATK S DGEMVLPG FP DADSFVK FAL GSVVAV TKAS GGLPQ FGDEY DFYR SFPGFQ AFC ETQGDRL LQ CMSRVMQY H GCRSNIKDR SKVTELEDKF DLLVDANDV I LERVGILL DE ASGVNKN QQP VLPAGL QVPK TVVSS WNRKA

UniProtKB: Exosome complex component 10

+
分子 #7: Exosome complex component CSL4

分子名称: Exosome complex component CSL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAPPVRYCIP GERLCNLEEG SPGSGTYTRH GYIFSSLAGC LMKSSENGAL PVVSVVRETE SQLLPDVGAI VTCKVSSINS RFAKVHILYV GSMPLKNSFR GTIRKEDVRA TEKDKVEIYK SFRPGDIVLA KVISLGDAQS NYLLTTAENE LGVVVAHSES GIQMVPISWC ...文字列:
MAPPVRYCIP GERLCNLEEG SPGSGTYTRH GYIFSSLAGC LMKSSENGAL PVVSVVRETE SQLLPDVGAI VTCKVSSINS RFAKVHILYV GSMPLKNSFR GTIRKEDVRA TEKDKVEIYK SFRPGDIVLA KVISLGDAQS NYLLTTAENE LGVVVAHSES GIQMVPISWC EMQCPKTHTK EFRKVARVQP EFLQT

UniProtKB: Exosome complex component CSL4

+
分子 #8: Exosome complex component RRP4

分子名称: Exosome complex component RRP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAMEMRLPVA RKPLSERLGR DTKKHLVVPG DTITTDTGFM RGHGTYMGEE KLIASVAGSV ERVNKLICVK ALKTRYIGEV GDIVVGRITE VQQKRWKVET NSRLDSVLLL SSMNLPGGEL RRRSAEDELA MRGFLQEGDL ISAEVQAVFS DGAVSLHTRS LKYGKLGQGV ...文字列:
MAMEMRLPVA RKPLSERLGR DTKKHLVVPG DTITTDTGFM RGHGTYMGEE KLIASVAGSV ERVNKLICVK ALKTRYIGEV GDIVVGRITE VQQKRWKVET NSRLDSVLLL SSMNLPGGEL RRRSAEDELA MRGFLQEGDL ISAEVQAVFS DGAVSLHTRS LKYGKLGQGV LVQVSPSLVK RQKTHFHDLP CGASVILGNN GFIWIYPTPE HKEEEAGGFI ANLEPVSLAD REVISRLRNC IISLVTQRMM LYDTSILYCY EASLPHQIKD ILKPEIMEEI VMETRQRLLE QEG

UniProtKB: Exosome complex component RRP4

+
分子 #9: Exosome complex component RRP40

分子名称: Exosome complex component RRP40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAEPASVAAE SLAGSRARAA RTVLGQVVLP GEELLLPEQE DAEGPGGAVE RPLSLNARAC SRVRVVCGPG LRRCGDRLLV TKCGRLRHKE PGSGSGGGVY WVDSQQKRYV PVKGDHVIGI VTAKSGDIFK VDVGGSEPAS LSYLSFEGAT KRNRPNVQVG DLIYGQFVVA ...文字列:
MAEPASVAAE SLAGSRARAA RTVLGQVVLP GEELLLPEQE DAEGPGGAVE RPLSLNARAC SRVRVVCGPG LRRCGDRLLV TKCGRLRHKE PGSGSGGGVY WVDSQQKRYV PVKGDHVIGI VTAKSGDIFK VDVGGSEPAS LSYLSFEGAT KRNRPNVQVG DLIYGQFVVA NKDMEPEMVC IDSCGRANGM GVIGQDGLLF KVTLGLIRKL LAPDCEIIQE VGKLYPLEIV FGMNGRIWVK AKTIQQTLIL ANILEACEHM TSDQRKQIFS RLAES

UniProtKB: Exosome complex component RRP40

+
分子 #10: Exosome complex component RRP41

分子名称: Exosome complex component RRP41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAGLELLSDQ GYRVDGRRAG ELRKIQARMG VFAQADGSAY IEQGNTKALA VVYGPHEIRG SRARALPDRA LVNCQYSSAT FSTGERKRRP HGDRKSCEMG LQLRQTFEAA ILTQLHPRSQ IDIYVQVLQA DGGTYAACVN AATLAVLDAG IPMRDFVCAC SAGFVDGTAL ...文字列:
MAGLELLSDQ GYRVDGRRAG ELRKIQARMG VFAQADGSAY IEQGNTKALA VVYGPHEIRG SRARALPDRA LVNCQYSSAT FSTGERKRRP HGDRKSCEMG LQLRQTFEAA ILTQLHPRSQ IDIYVQVLQA DGGTYAACVN AATLAVLDAG IPMRDFVCAC SAGFVDGTAL ADLSHVEEAA GGPQLALALL PASGQIALLE MDARLHEDHL ERVLEAAAQA ARDVHTLLDR VVRQHVREAS ILLGD

UniProtKB: Exosome complex component RRP41

+
分子 #11: Exosome complex component RRP46

分子名称: Exosome complex component RRP46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEEETHTDAK IRAENGTGSS PRGPGCSLRH FACEQNLLSR PDGSASFLQG DTSVLAGVYG PAEVKVSKEI FNKATLEVIL RPKIGLPGVA EKSRERLIRN TCEAVVLGTL HPRTSITVVL QVVSDAGSLL ACCLNAACMA LVDAGVPMRA LFCGVACALD SDGTLVLDPT ...文字列:
MEEETHTDAK IRAENGTGSS PRGPGCSLRH FACEQNLLSR PDGSASFLQG DTSVLAGVYG PAEVKVSKEI FNKATLEVIL RPKIGLPGVA EKSRERLIRN TCEAVVLGTL HPRTSITVVL QVVSDAGSLL ACCLNAACMA LVDAGVPMRA LFCGVACALD SDGTLVLDPT SKQEKEARAV LTFALDSVER KLLMSSTKGL YSDTELQQCL AAAQAASQHV FRFYRESLQR RYSKS

UniProtKB: Exosome complex component RRP46

+
分子 #12: Exosome complex component MTR3

分子名称: Exosome complex component MTR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MPGDHRRIRG PEESQPPQLY AADEEEAPGT RDPTRLRPVY ARAGLLSQAK GSAYLEAGGT KVLCAVSGPR QAEGGERGGG PAGAGGEAPA ALRGRLLCDF RRAPFAGRRR RAPPGGCEER ELALALQEAL EPAVRLGRYP RAQLEVSALL LEDGGSALAA ALTAAALALA ...文字列:
MPGDHRRIRG PEESQPPQLY AADEEEAPGT RDPTRLRPVY ARAGLLSQAK GSAYLEAGGT KVLCAVSGPR QAEGGERGGG PAGAGGEAPA ALRGRLLCDF RRAPFAGRRR RAPPGGCEER ELALALQEAL EPAVRLGRYP RAQLEVSALL LEDGGSALAA ALTAAALALA DAGVEMYDLV VGCGLSLAPG PAPTWLLDPT RLEEERAAAG LTVALMPVLN QVAGLLGSGE GGLTESWAEA VRLGLEGCQR LYPVLQQSLV RAARRRGAAA QP

UniProtKB: Exosome complex component MTR3

+
分子 #13: Exosome complex component RRP42

分子名称: Exosome complex component RRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MASVTLSEAE KVYIVHGVQE DLRVDGRGCE DYRCVEVETD VVSNTSGSAR VKLGHTDILV GVKAEMGTPK LEKPNEGYLE FFVDCSASAT PEFEGRGGDD LGTEIANTLY RIFNNKSSVD LKTLCISPRE HCWVLYVDVL LLECGGNLFD AISIAVKAAL FNTRIPRVRV ...文字列:
MASVTLSEAE KVYIVHGVQE DLRVDGRGCE DYRCVEVETD VVSNTSGSAR VKLGHTDILV GVKAEMGTPK LEKPNEGYLE FFVDCSASAT PEFEGRGGDD LGTEIANTLY RIFNNKSSVD LKTLCISPRE HCWVLYVDVL LLECGGNLFD AISIAVKAAL FNTRIPRVRV LEDEEGSKDI ELSDDPYDCI RLSVENVPCI VTLCKIGYRH VVDATLQEEA CSLASLLVSV TSKGVVTCMR KVGKGSLDPE SIFEMMETGK RVGKVLHASL QSVVHKEESL GPKRQKVGFL G

UniProtKB: Exosome complex component RRP42

+
分子 #14: Exosome complex component RRP45

分子名称: Exosome complex component RRP45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKETPLSNCE RRFLLRAIEE KKRLDGRQTY DYRNIRISFG TDYGCCIVEL GKTRVLGQVS CELVSPKLNR ATEGILFFNL ELSQMAAPAF EPGRQSDLLV KLNRLMERCL RNSKCIDTES LCVVAGEKVW QIRVDLHLLN HDGNIIDAAS IAAIVALCHF RRPDVSVQGD ...文字列:
MKETPLSNCE RRFLLRAIEE KKRLDGRQTY DYRNIRISFG TDYGCCIVEL GKTRVLGQVS CELVSPKLNR ATEGILFFNL ELSQMAAPAF EPGRQSDLLV KLNRLMERCL RNSKCIDTES LCVVAGEKVW QIRVDLHLLN HDGNIIDAAS IAAIVALCHF RRPDVSVQGD EVTLYTPEER DPVPLSIHHM PICVSFAFFQ QGTYLLVDPN EREERVMDGL LVIAMNKHRE ICTIQSSGGI MLLKDQVLRC SKIAGVKVAE ITELILKALE NDQKVRKEGG KFGFAESIAN QRITAFKMEK APIDTSDVEE KAEEIIAEAE PPSEVVSTPV LWTPGTAQIG EGVENSWGDL EDSEKEDDEG GGDQAIILDG IKMDTGVEVS DIGSQDAPII LSDSEEEEMI ILEPDKNPKK IRTQTTSAKQ EKAPSKKPVK RRKKKRAAN

UniProtKB: Exosome complex component RRP45

+
分子 #15: Exosome complex exonuclease RRP44

分子名称: Exosome complex exonuclease RRP44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLKSKTFLKK TRAGGVMKIV REHYLRDDIG CGAPGCAACG GAHEGPALEP QPQDPASSVC PQPHYLLPDT NVLLHQIDVL EDPAIRNVIV LQTVLQEVRN RSAPVYKRIR DVTNNQEKHF YTFTNEHHRE TYVEQEQGEN ANDRNDRAIR VAAKWYNEHL KKMSADNQLQ ...文字列:
MLKSKTFLKK TRAGGVMKIV REHYLRDDIG CGAPGCAACG GAHEGPALEP QPQDPASSVC PQPHYLLPDT NVLLHQIDVL EDPAIRNVIV LQTVLQEVRN RSAPVYKRIR DVTNNQEKHF YTFTNEHHRE TYVEQEQGEN ANDRNDRAIR VAAKWYNEHL KKMSADNQLQ VIFITNDRRN KEKAIEEGIP AFTCEEYVKS LTANPELIDR LACLSEEGNE IESGKIIFSE HLPLSKLQQG IKSGTYLQGT FRASRENYLE ATVWIHGDNE ENKEIILQGL KHLNRAVHED IVAVELLPKS QWVAPSSVVL HDEGQNEEDV EKEEETERML KTAVSEKMLK PTGRVVGIIK RNWRPYCGML SKSDIKESRR HLFTPADKRI PRIRIETRQA STLEGRRIIV AIDGWPRNSR YPNGHFVRNL GDVGEKETET EVLLLEHDVP HQPFSQAVLS FLPKMPWSIT EKDMKNREDL RHLCICSVDP PGCTDIDDAL HCRELENGNL EVGVHIADVS HFIRPGNALD QESARRGTTV YLCEKRIDMV PELLSSNLCS LKCDVDRLAF SCIWEMNHNA EILKTKFTKS VINSKASLTY AEAQLRIDSA NMNDDITTSL RGLNKLAKIL KKRRIEKGAL TLSSPEVRFH MDSETHDPID LQTKELRETN SMVEEFMLLA NISVAKKIHE EFSEHALLRK HPAPPPSNYE ILVKAARSRN LEIKTDTAKS LAESLDQAES PTFPYLNTLL RILATRCMMQ AVYFCSGMDN DFHHYGLASP IYTHFTSPIR RYADVIVHRL LAVAIGADCT YPELTDKHKL ADICKNLNFR HKMAQYAQRA SVAFHTQLFF KSKGIVSEEA YILFVRKNAI VVLIPKYGLE GTVFFEEKDK PNPQLIYDDE IPSLKIEDTV FHVFDKVKVK IMLDSSNLQH QKIRMSLVEP QIPGISIPTD TSNMDLNGPK KKKMKLGK

UniProtKB: Exosome complex exonuclease RRP44

+
分子 #16: RNA 5 prime hairpin U60

分子名称: RNA 5 prime hairpin U60 / タイプ: rna / ID: 16
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
CUACCCCGAG AGGGGUAGUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUU

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.1715 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2356
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る