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- EMDB-14506: Cryo-tomogram of a FIB-sectioned Brl1-overexpressing cell -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14506
タイトルCryo-tomogram of a FIB-sectioned Brl1-overexpressing cell
マップデータCryo-tomogram of a FIB-sectioned Brl1-overexpressing cell
試料
  • 細胞: KWY165, ura3::pGAL1-BRL1-CaURA3
キーワードSaccharomyces cerevisiae / nuclear envelope / NUCLEAR PROTEIN
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Kralt A / Wojtynek M / Fischer JS / Agote-Aran A / Mancini R / Dultz E / Noor E / Uliana F / Tatarek-Nossol M / Antonin W ...Kralt A / Wojtynek M / Fischer JS / Agote-Aran A / Mancini R / Dultz E / Noor E / Uliana F / Tatarek-Nossol M / Antonin W / Onischenko E / Medalia O / Weis K
資金援助 スイス, ノルウェー, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_179275 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_179418 スイス
Research Council of Norway315615 ノルウェー
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: An amphipathic helix in Brl1 is required for nuclear pore complex biogenesis in .
著者: Annemarie Kralt / Matthias Wojtynek / Jonas S Fischer / Arantxa Agote-Aran / Roberta Mancini / Elisa Dultz / Elad Noor / Federico Uliana / Marianna Tatarek-Nossol / Wolfram Antonin / Evgeny ...著者: Annemarie Kralt / Matthias Wojtynek / Jonas S Fischer / Arantxa Agote-Aran / Roberta Mancini / Elisa Dultz / Elad Noor / Federico Uliana / Marianna Tatarek-Nossol / Wolfram Antonin / Evgeny Onischenko / Ohad Medalia / Karsten Weis /
要旨: The nuclear pore complex (NPC) is the central portal for macromolecular exchange between the nucleus and cytoplasm. In all eukaryotes, NPCs assemble into an intact nuclear envelope (NE) during ...The nuclear pore complex (NPC) is the central portal for macromolecular exchange between the nucleus and cytoplasm. In all eukaryotes, NPCs assemble into an intact nuclear envelope (NE) during interphase, but the process of NPC biogenesis remains poorly characterized. Furthermore, little is known about how NPC assembly leads to the fusion of the outer and inner NE, and no factors have been identified that could trigger this event. Here, we characterize the transmembrane protein Brl1 as an NPC assembly factor required for NE fusion in budding yeast. Brl1 preferentially associates with NPC assembly intermediates and its depletion halts NPC biogenesis, leading to NE herniations that contain inner and outer ring nucleoporins but lack the cytoplasmic export platform. Furthermore, we identify an essential amphipathic helix in the luminal domain of Brl1 that mediates interactions with lipid bilayers. Mutations in this amphipathic helix lead to NPC assembly defects, and cryo-electron tomography analyses reveal multilayered herniations of the inner nuclear membrane with NPC-like structures at the neck, indicating a failure in NE fusion. Taken together, our results identify a role for Brl1 in NPC assembly and suggest a function of its amphipathic helix in mediating the fusion of the inner and outer nuclear membranes.
履歴
登録2022年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14506.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14506.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryo-tomogram of a FIB-sectioned Brl1-overexpressing cell
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.8 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)-2.6398723 (±17.529292999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin16-17-71
サイズ928960142
Spacing960928142
セルA: 13248.0 Å / B: 12806.4 Å / C: 1959.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KWY165, ura3::pGAL1-BRL1-CaURA3

全体名称: KWY165, ura3::pGAL1-BRL1-CaURA3
要素
  • 細胞: KWY165, ura3::pGAL1-BRL1-CaURA3

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超分子 #1: KWY165, ura3::pGAL1-BRL1-CaURA3

超分子名称: KWY165, ura3::pGAL1-BRL1-CaURA3 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6
詳細: synthetic complete medium (SCD, 6.7 g/L yeast nitrogen base without amino acids, 2% dextrose)
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Blotted from backside.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.24 / 集束イオンビーム - 時間: 60 / 集束イオンビーム - 温度: 113 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 250
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Auriga 40 crossbeam. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 41 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 3.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11) / 使用した粒子像数: 39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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