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- EMDB-1449: The molecular architecture of cadherins in native epidermal desmo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1449
タイトルThe molecular architecture of cadherins in native epidermal desmosomes.
マップデータImage used for the isosurface representation, after segmentation and mild filtering
試料
  • 試料: Cadherin Organisation in Native Desmosomes
  • 細胞器官・細胞要素: Desmosome
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Al-Amoudi A / Diez DC / Betts MJ / Frangakis AS
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: The molecular architecture of cadherins in native epidermal desmosomes.
著者: Ashraf Al-Amoudi / Daniel Castaño Díez / Matthew J Betts / Achilleas S Frangakis /
要旨: Desmosomes are cadherin-based adhesive intercellular junctions, which are present in tissues such as heart and skin. Despite considerable efforts, the molecular interfaces that mediate adhesion ...Desmosomes are cadherin-based adhesive intercellular junctions, which are present in tissues such as heart and skin. Despite considerable efforts, the molecular interfaces that mediate adhesion remain obscure. Here we apply cryo-electron tomography of vitreous sections from human epidermis to visualize the three-dimensional molecular architecture of desmosomal cadherins at close-to-native conditions. The three-dimensional reconstructions show a regular array of densities at approximately 70 A intervals along the midline, with a curved shape resembling the X-ray structure of C-cadherin, a representative 'classical' cadherin. Model-independent three-dimensional image processing of extracted sub-tomograms reveals the cadherin organization. After fitting the C-cadherin atomic structure into the averaged sub-tomograms, we see a periodic arrangement of a trans W-like and a cis V-like interaction corresponding to molecules from opposing membranes and the same cell membrane, respectively. The resulting model of cadherin organization explains existing two-dimensional data and yields insights into a possible mechanism of cadherin-based cell adhesion.
履歴
登録2007年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年11月2日-
マップ公開2008年11月2日-
更新2015年9月30日-
現状2015年9月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.36
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.36
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1449.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1449.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Image used for the isosurface representation, after segmentation and mild filtering
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6 Å/pix.
x 66 pix.
= 396. Å		6 Å/pix.
x 66 pix.
= 396. Å		6 Å/pix.
x 66 pix.
= 396. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.284 / ムービー #1: 0.36
最小 - 最大-0.344899 - 1.65244
平均 (標準偏差)0.0332188 (±0.131843)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-33-33-33
サイズ666666
Spacing666666
セルA=B=C: 396 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z666
M x/y/z666666
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z396.000396.000396.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-33-33-33
NC/NR/NS666666
D min/max/mean-0.3451.6520.033

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cadherin Organisation in Native Desmosomes

全体名称: Cadherin Organisation in Native Desmosomes
要素
  • 試料: Cadherin Organisation in Native Desmosomes
  • 細胞器官・細胞要素: Desmosome

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超分子 #1000: Cadherin Organisation in Native Desmosomes

超分子名称: Cadherin Organisation in Native Desmosomes / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Desmosome

超分子名称: Desmosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Epidermis

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: 200 mesh quantifoil grid
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Leica EMPact 2 / 手法: High pressure freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
温度平均: 100 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan 2002
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30.0 eV
撮影平均電子線量: 40 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49669 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.8 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: 64.0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 64 °
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Average number of projections used in the 3D reconstructions: 417.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1l3w

詳細Protocol: Rigid body. Semi-automated fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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