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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1447 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron tomography of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus capsids reveals dynamic scaffolding structures essential to capsid assembly and maturation. | |||||||||
マップデータ | KSHV B capsid | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Deng B / O'Connor CM / Kedes DH / Zhou ZH | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2008 タイトル: Cryo-electron tomography of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus capsids reveals dynamic scaffolding structures essential to capsid assembly and maturation. 著者: Binbin Deng / Christine M O'Connor / Dean H Kedes / Z Hong Zhou / 要旨: Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) is a recently discovered DNA tumor virus that belongs to the gamma-herpesvirus subfamily. Though numerous studies on KSHV and other herpesviruses, in ...Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) is a recently discovered DNA tumor virus that belongs to the gamma-herpesvirus subfamily. Though numerous studies on KSHV and other herpesviruses, in general, have revealed much about their multilayered organization and capsid structure, the herpesvirus capsid assembly and maturation pathway remains poorly understood. Structural variability or irregularity of the capsid internal scaffolding core and the lack of adequate tools to study such structures have presented major hurdles to earlier investigations employing more traditional cryo-electron microscopy (cryoEM) single particle reconstruction. In this study, we used cryo-electron tomography (cryoET) to obtain 3D reconstructions of individual KSHV capsids, allowing direct visualization of the capsid internal structures and systematic comparison of the scaffolding cores for the first time. We show that B-capsids are not a structurally homogenous group; rather, they represent an ensemble of "B-capsid-like" particles whose inner scaffolding is highly variable, possibly representing different intermediates existing during the KSHV capsid assembly and maturation. This information, taken together with previous observations, has allowed us to propose a detailed pathway of herpesvirus capsid assembly and maturation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1447.map.gz | 16.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1447-v30.xml emd-1447.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1447.gif | 11.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1447 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1447 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1447_validation.pdf.gz | 278.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1447_full_validation.pdf.gz | 277.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1447_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1447 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1447 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1447.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | KSHV B capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.858 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : KSHV
全体 | 名称: KSHV |
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要素 |
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-超分子 #1000: KSHV
超分子 | 名称: KSHV / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Human herpesvirus 8
超分子 | 名称: Human herpesvirus 8 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus, HHV8 / NCBI-ID: 37296 / 生物種: Human herpesvirus 8 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No Syn species name: Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus, HHV8 |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 1250 Å / T番号(三角分割数): 16 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
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グリッド | 詳細: holey carbon 300 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: plunger / 手法: Blot for 1 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K |
詳細 | Tilted from -70 to +70 with 2 degree interval. |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 38200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 23000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: 70 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 70 ° |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / ソフトウェア - 名称: PROJALIGN |
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