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万見
- EMDB-14450: Pol III PTC - Full transcription bubble -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14450
タイトルPol III PTC - Full transcription bubble
マップデータPol III PTC NTPs DNA/RNA classified Sharpened with LocalDeblur
試料
  • 複合体: Yeast RNA Polymerase III PTC + NTPs, Full transcription bubble
キーワードRNA synthesis / short RNAs / termination / TRANSCRIPTION
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Girbig M / Mueller CW
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Architecture of the yeast Pol III pre-termination complex and pausing mechanism on poly(dT) termination signals.
著者: Mathias Girbig / Juanjuan Xie / Helga Grötsch / Domenico Libri / Odil Porrua / Christoph W Müller /
要旨: RNA polymerase (Pol) III is specialized to transcribe short, abundant RNAs, for which it terminates transcription on polythymine (dT) stretches on the non-template (NT) strand. When Pol III reaches ...RNA polymerase (Pol) III is specialized to transcribe short, abundant RNAs, for which it terminates transcription on polythymine (dT) stretches on the non-template (NT) strand. When Pol III reaches the termination signal, it pauses and forms the pre-termination complex (PTC). Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the yeast Pol III PTC and complementary functional states at resolutions of 2.7-3.9 Å. Pol III recognizes the poly(dT) termination signal with subunit C128 that forms a hydrogen-bond network with the NT strand and, thereby, induces pausing. Mutating key interacting residues interferes with transcription termination in vitro, impairs yeast growth, and causes global termination defects in vivo, confirming our structural results. Additional cryo-EM analysis reveals that C53-C37, a Pol III subcomplex and key termination factor, participates indirectly in Pol III termination. We propose a mechanistic model of Pol III transcription termination and rationalize why Pol III, unlike Pol I and Pol II, terminates on poly(dT) signals.
履歴
登録2022年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14450.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Pol III PTC NTPs DNA/RNA classified Sharpened with LocalDeblur
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 350 pix.
= 364.35 Å		1.04 Å/pix.
x 350 pix.
= 364.35 Å		1.04 Å/pix.
x 350 pix.
= 364.35 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.041 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.078084104 - 0.68593025
平均 (標準偏差)0.0005804553 (±0.009786681)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 364.35 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Pol III PTC NTPs DNA/RNA classified Unsharpened map

ファイルemd_14450_additional_1.map
注釈Pol III PTC NTPs DNA/RNA classified Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast RNA Polymerase III PTC + NTPs, Full transcription bubble

全体名称: Yeast RNA Polymerase III PTC + NTPs, Full transcription bubble
要素
  • 複合体: Yeast RNA Polymerase III PTC + NTPs, Full transcription bubble

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超分子 #1: Yeast RNA Polymerase III PTC + NTPs, Full transcription bubble

超分子名称: Yeast RNA Polymerase III PTC + NTPs, Full transcription bubble
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
分子量理論値: 730 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
0.015 MHEPES
0.15 MAmmonium sulfate
0.005 MMagnesium chloride
0.01 MDTT
0.001 MCTP, ATP, UTP
0.004 MCHAPSO
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均電子線量: 44.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 538161
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6tut

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 23641
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6tut


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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