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- EMDB-14428: Structure of transcription factor UAF in complex with TBP and 35S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14428
タイトルStructure of transcription factor UAF in complex with TBP and 35S rRNA promoter DNA
マップデータPost-processed with deepEMhancer using highres target
試料
  • 複合体: Upstream Activating Factor (UAF) bound to TBP and promoter DNA
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN5
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN9
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN10
    • タンパク質・ペプチド: Upstream activation factor subunit UAF30
    • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
    • DNA: Non-template DNA
    • DNA: Template DNA
キーワードTranscription Factor / Nucleolus / Histone Fold / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression ...RNA polymerase I cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / HDACs deacetylate histones / rDNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / RMTs methylate histone arginines / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / intracellular copper ion homeostasis / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / CENP-A containing nucleosome / TBP-class protein binding / aerobic respiration / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein heterodimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn10, Saccharomycetes / Rrn9 domain / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn10 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn5 / UAF complex subunit Rrn10 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DEK C terminal domain / DEK, C-terminal ...RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn10, Saccharomycetes / Rrn9 domain / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn10 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor Rrn5 / UAF complex subunit Rrn10 / RNA polymerase I specific transcription initiation factor / SWIB domain / SWI complex, BAF60b domains / DEK C terminal domain / DEK, C-terminal / DEK C-terminal (DEK-C) domain profile. / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / TATA-box-binding protein / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN10 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN9 / Histone H3 / RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN5 / Upstream activation factor subunit UAF30
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Baudin F / Murciano B
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Mechanism of RNA polymerase I selection by transcription factor UAF.
著者: Florence Baudin / Brice Murciano / Herman K H Fung / Simon A Fromm / Simone Mattei / Julia Mahamid / Christoph W Müller /
要旨: Preribosomal RNA is selectively transcribed by RNA polymerase (Pol) I in eukaryotes. The yeast transcription factor upstream activating factor (UAF) represses Pol II transcription and mediates Pol I ...Preribosomal RNA is selectively transcribed by RNA polymerase (Pol) I in eukaryotes. The yeast transcription factor upstream activating factor (UAF) represses Pol II transcription and mediates Pol I preinitiation complex (PIC) formation at the 35 ribosomal RNA gene. To visualize the molecular intermediates toward PIC formation, we determined the structure of UAF in complex with native promoter DNA and transcription factor TATA-box-binding protein (TBP). We found that UAF recognizes DNA using a hexameric histone-like scaffold with markedly different interactions compared with the nucleosome and the histone-fold-rich transcription factor IID (TFIID). In parallel, UAF positions TBP for Core Factor binding, which leads to Pol I recruitment, while sequestering it from DNA and Pol II/III-specific transcription factors. Our work thus reveals the structural basis of RNA Pol selection by a transcription factor.
履歴
登録2022年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月27日-
マップ公開2022年4月27日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_14428.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14428.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 448 pix.
= 288.96 Å		0.65 Å/pix.
x 448 pix.
= 288.96 Å		0.65 Å/pix.
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.645 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.05549085 - 1.9614943
平均 (標準偏差)0.0008388458 (±0.01903187)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 288.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14428_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Consensus refinement map after focused classification at the...

ファイルemd_14428_additional_1.map
注釈Consensus refinement map after focused classification at the upstream region of the UAF-TBP-DNA complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2, unfiltered

ファイルemd_14428_half_map_1.map
注釈Half map 2, unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1, unfiltered

ファイルemd_14428_half_map_2.map
注釈Half map 1, unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Upstream Activating Factor (UAF) bound to TBP and promoter DNA

全体名称: Upstream Activating Factor (UAF) bound to TBP and promoter DNA
要素
  • 複合体: Upstream Activating Factor (UAF) bound to TBP and promoter DNA
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN5
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN9
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN10
    • タンパク質・ペプチド: Upstream activation factor subunit UAF30
    • タンパク質・ペプチド: TATA-box-binding protein
    • DNA: Non-template DNA
    • DNA: Template DNA

+
超分子 #1: Upstream Activating Factor (UAF) bound to TBP and promoter DNA

超分子名称: Upstream Activating Factor (UAF) bound to TBP and promoter DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.391007 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LASKAARKSA PSTGGVKKPH RYKPGTVALR EIRRFQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA IGALQESVEA YLVSLFEDTN LAAIHAKRVT IQKKDIKLAR RLRGERS

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.39539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KILRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEEVRAVLK SFLESVIRDS VTYTEHAKRK TVTSLDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN5

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 41.873906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SMEHQQLRKY VELYNKEVEE FYNGAASGRP AEFHPSKVHV KSIHEKAGTA NAGVEISSVG VDWDSEEKNT FFWCLSRYSI HRVDEWRSL LPRKSAMEIL GYYRLLRRAS ASARSRKAGD DGAPIAYEMS AEWVALETKL SETVMAITEG AAEVADEEGH C EGLIDYES ...文字列:
SMEHQQLRKY VELYNKEVEE FYNGAASGRP AEFHPSKVHV KSIHEKAGTA NAGVEISSVG VDWDSEEKNT FFWCLSRYSI HRVDEWRSL LPRKSAMEIL GYYRLLRRAS ASARSRKAGD DGAPIAYEMS AEWVALETKL SETVMAITEG AAEVADEEGH C EGLIDYES WKRRWVAIYS HSRIAEIRPL PRHALPLSRS ATQTLERCVS RYTRTLLWCT ALAGMASRSV SARAAESRGH KS LPTVVTR RQVERALCTE ARSRDLHVLP RRIVLTLRKW ELDYPREGKL FRTKEMAHLF LQSQLSRRDA PPVHQDENQE NQE NQENQE QDNTASEGES EAERDEIDEA DLFRSALHEN QLLKWLSK

UniProtKB: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN5

+
分子 #4: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN9

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 42.964336 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SMSDLDEESQ IETQIDAPIE DIIRGSELTT TTADKETLKS ANELLDSLEH SHRVDLSLHL YSAYLLKRLL YKANEKKHFY EVNQFVKTQ IKDNWTSWPN PNTIIDPSVD KLYEDIPEGI ANVSVQPGEI SNRALMHASD MMRVELDAQW QKFLSKSALD H DVTLDVDE ...文字列:
SMSDLDEESQ IETQIDAPIE DIIRGSELTT TTADKETLKS ANELLDSLEH SHRVDLSLHL YSAYLLKRLL YKANEKKHFY EVNQFVKTQ IKDNWTSWPN PNTIIDPSVD KLYEDIPEGI ANVSVQPGEI SNRALMHASD MMRVELDAQW QKFLSKSALD H DVTLDVDE LNIPNEISRN ILVKLDSLFE GLHDKIAKEN EFDVRQDKHS NNIRANQIDD EPMQANRRIK YTYHDLVSRG CE MNEDMTD IYMKSLELYN DIPEKYKKRK FRLPKQILKK YHQPKKTSSY LKELLSKTRE DFIPVEKLLK DKRLTSKDKS KLQ RLNREE TEDALNKRTF FQVKGYLEDE NEISDYELDD CLIELPNGNI

UniProtKB: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN9

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分子 #5: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN10

分子名称: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.525703 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MDRNVYEACS NIIKEFGTHV VSADEVLAEK IDNAVPIPFK TREEIDADVE KDRNEGVFEG NIIPDIDLRV VHYYATQLCL NKYPHLINA FDETSLITLG LLIEKWVKDY LTSIQTEQGR QSKVIGKGPC EFISKHIDYR HAPGNI

UniProtKB: RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN10

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分子 #6: Upstream activation factor subunit UAF30

分子名称: Upstream activation factor subunit UAF30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.014137 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAELNDYSTM IDILLSDMDL ETVTTKKVRM ALKEVYAIDV ESQGKAINKL IRKHLDLVKE RPRFERSLED LLKENATLAI ELTKEITVS KRSSGEEKND SETKGTHVEK KKGTVSKSPI STRKVTLSKS LASLLGEHEL TRTEVVRRLW AYIKAHNLQN P NNKKEILC ...文字列:
MAELNDYSTM IDILLSDMDL ETVTTKKVRM ALKEVYAIDV ESQGKAINKL IRKHLDLVKE RPRFERSLED LLKENATLAI ELTKEITVS KRSSGEEKND SETKGTHVEK KKGTVSKSPI STRKVTLSKS LASLLGEHEL TRTEVVRRLW AYIKAHNLQN P NNKKEILC DEKLELILGK STNMFEMHKI LASHMTEPKK ISDCPPLIQE VRRKEKPIVS DSEQSDTKGI

UniProtKB: Upstream activation factor subunit UAF30

+
分子 #7: TATA-box-binding protein

分子名称: TATA-box-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.237475 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GHMADEERLK EFKEANKIVF DPNTRQVWEN QNRDGTKPAT TFQSEEDIKR AAPESEKDTS ATSGIVPTLQ NIVATVTLGC RLDLKTVAL HARNAEYNPK RFAAVIMRIR EPKTTALIFA SGKMVVTGAK SEDDSKLASR KYARIIQKIG FAAKFTDFKI Q NIVGSCDV ...文字列:
GHMADEERLK EFKEANKIVF DPNTRQVWEN QNRDGTKPAT TFQSEEDIKR AAPESEKDTS ATSGIVPTLQ NIVATVTLGC RLDLKTVAL HARNAEYNPK RFAAVIMRIR EPKTTALIFA SGKMVVTGAK SEDDSKLASR KYARIIQKIG FAAKFTDFKI Q NIVGSCDV KFPIRLEGLA FSHGTFSSYE PELFPGLIYR MVKPKIVLLI FVSGKIVLTG AKQREEIYQA FEAIYPVLSE FR KM

UniProtKB: TATA-box-binding protein

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分子 #8: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 47.265395 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT) ...文字列:
(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC) (DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC) (DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DG)(DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)

GENBANK: GENBANK: X87401.1

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分子 #9: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 45.924367 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA) (DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA) (DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC) (DT)(DC) (DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DT)(DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)

GENBANK: GENBANK: X87401.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称
30.0 mMHEPES
30.0 mMSodium Citrate
250.0 mMPotassium Chloride
2.0 mMDTT
0.1 %LMNG
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2) / 使用した粒子像数: 193226
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, RELION)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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