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万見
- EMDB-14427: IL-27 signalling complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14427
タイトルIL-27 signalling complex
マップデータCryoEM map of the IL-27 signalling complex.
試料
  • 複合体: IL-27 Signalling complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 subunit beta,Interleukin-27 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 receptor subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCytokine / immunosuppression / EBI3 / IL-27R-alpha / gp130 / p28.
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell extravasation / interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / oncostatin-M receptor activity / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling ...negative regulation of T cell extravasation / interleukin-27 receptor binding / regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / oncostatin-M receptor activity / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / leukemia inhibitory factor receptor activity / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / Interleukin-6 signaling / interleukin-27 receptor activity / Interleukin-35 Signalling / regulation of isotype switching to IgG isotypes / negative regulation of type 2 immune response / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-6 receptor complex / response to Gram-positive bacterium / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / positive regulation of T-helper 1 type immune response / regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / negative regulation of interleukin-17 production / cell surface receptor signaling pathway via STAT / cytokine receptor activity / glycogen metabolic process / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of interleukin-6 production / regulation of T cell proliferation / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / coreceptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / cytokine activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of type II interferon production / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / membrane raft / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / innate immune response / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-27 alpha / IL27B N-terminal FN3 domain / : / : / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding ...Interleukin-27 alpha / IL27B N-terminal FN3 domain / : / : / : / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-27 subunit beta / Interleukin-27 receptor subunit alpha / Interleukin-6 receptor subunit beta / Interleukin-27 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Jin Y / Gardner S / Bubeck D
資金援助 英国, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust202323/Z/16/Z 英国
European Research Council (ERC)206-STGEuropean Union
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the assembly and activation of the IL-27 signaling complex.
著者: Yibo Jin / Paul K Fyfe / Scott Gardner / Stephan Wilmes / Doryen Bubeck / Ignacio Moraga /
要旨: Interleukin 27 (IL-27) is a heterodimeric cytokine that elicits potent immunosuppressive responses. Comprised of EBI3 and p28 subunits, IL-27 binds GP130 and IL-27Rα receptor chains to activate the ...Interleukin 27 (IL-27) is a heterodimeric cytokine that elicits potent immunosuppressive responses. Comprised of EBI3 and p28 subunits, IL-27 binds GP130 and IL-27Rα receptor chains to activate the JAK/STAT signaling cascade. However, how these receptors recognize IL-27 and form a complex capable of phosphorylating JAK proteins remains unclear. Here, we used cryo electron microscopy (cryoEM) and AlphaFold modeling to solve the structure of the IL-27 receptor recognition complex. Our data show how IL-27 serves as a bridge connecting IL-27Rα (domains 1-2) with GP130 (domains 1-3) to initiate signaling. While both receptors contact the p28 component of the heterodimeric cytokine, EBI3 stabilizes the complex by binding a positively charged surface of IL-27Rα and Domain 1 of GP130. We find that assembly of the IL-27 receptor recognition complex is distinct from both IL-12 and IL-6 cytokine families and provides a mechanistic blueprint for tuning IL-27 pleiotropic actions.
履歴
登録2022年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14427.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14427.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of the IL-27 signalling complex.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 210 pix.
= 222.6 Å		1.06 Å/pix.
x 210 pix.
= 222.6 Å		1.06 Å/pix.
x 210 pix.
= 222.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.7405622 - 1.120074
平均 (標準偏差)0.0009186794 (±0.019274749)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 222.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: CryoEM half map of the IL-27 signalling complex.

ファイルemd_14427_half_map_1.map
注釈CryoEM half map of the IL-27 signalling complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoEM half map of the IL-27 signalling complex.

ファイルemd_14427_half_map_2.map
注釈CryoEM half map of the IL-27 signalling complex.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IL-27 Signalling complex

全体名称: IL-27 Signalling complex
要素
  • 複合体: IL-27 Signalling complex
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 subunit beta,Interleukin-27 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-27 receptor subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: IL-27 Signalling complex

超分子名称: IL-27 Signalling complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Interleukin-6 receptor subunit beta

分子名称: Interleukin-6 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.91402 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: CGYIYPEFPV VQRGSNFTAI CVLKEACLQH YYVNASYIVW KTNHAAVPRE QVTVINRTTS SVTFTDVVLP SVQLTCNILS FGQIEQNVY GVTMLSGFPP DKPTNLTCIV NEGKNMLCQW DPGRETYLET NYTLKSEWAT EKFPDCQSKH GTSCMVSYMP T YYVNIEVW ...文字列:
CGYIYPEFPV VQRGSNFTAI CVLKEACLQH YYVNASYIVW KTNHAAVPRE QVTVINRTTS SVTFTDVVLP SVQLTCNILS FGQIEQNVY GVTMLSGFPP DKPTNLTCIV NEGKNMLCQW DPGRETYLET NYTLKSEWAT EKFPDCQSKH GTSCMVSYMP T YYVNIEVW VEAENALGKV SSESINFDPV DKVKPTPPYN LSVTNSEELS SILKLSWVSS GLGGLLDLKS DIQYRTKDAS TW IQVPLED TMSPRTSFTV QDLKPFTEYV FRIRSIKDSG KGYWSDWSEE ASGTT

UniProtKB: Interleukin-6 receptor subunit beta

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分子 #2: Interleukin-27 subunit beta,Interleukin-27 subunit alpha

分子名称: Interleukin-27 subunit beta,Interleukin-27 subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 52.475281 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA GSYTETALVA LSQPRVQCHA SRYPVAVDCS WTPLQAPNST RSTSFIATYR LGVATQQQSQ PCLQRSPQA SRCTIPDVHL FSTVPYMLNV TAVHPGGASS SLLAFVAERI IKPDPPEGVR LRTAGQRLQV LWHPPASWPF P DIFSLKYR ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA GSYTETALVA LSQPRVQCHA SRYPVAVDCS WTPLQAPNST RSTSFIATYR LGVATQQQSQ PCLQRSPQA SRCTIPDVHL FSTVPYMLNV TAVHPGGASS SLLAFVAERI IKPDPPEGVR LRTAGQRLQV LWHPPASWPF P DIFSLKYR LRYRRRGASH FRQVGPIEAT TFTLRNSKPH AKYCIQVSAQ DLTDYGKPSD WSLPGQVESA PHKPRGGGGS GG GGSVESG ENLYFQGFPT DPLSLQELRR EFTVSLYLAR KLLSEVQGYV HSFAESRLPG VNLDLLPLGY HLPNVSLTFQ AWH HLSDSE RLCFLATTLR PFPAMLGGLG TQGTWTSSER EQLWAMRLDL RDLHRHLRFQ VLAAGFKCSK EEEDKEEEEE EEEE EKKLP LGALGGPNQV SSQVSWPQLL YTYQLLHSLE LVLSRAVRDL LLLSLPRRPG SAWDSAAAHH HHHHHH

UniProtKB: Interleukin-27 subunit beta, Interleukin-27 subunit alpha

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分子 #3: Interleukin-27 receptor subunit alpha

分子名称: Interleukin-27 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.968398 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA GSHGSPGPLQ CYSVGPLGIL NCSWEPLGDL ETPPVLYHQS QKYHPNRVWE VKVPSKQSWV TIPREQFTM ADKLLIWGTQ KGRPLWSSVS VNLETQMKPD TPQIFSQVDI SEEATLEATV QWAPPVWPPQ KVLICQFRYK E CQAETWTR ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA GSHGSPGPLQ CYSVGPLGIL NCSWEPLGDL ETPPVLYHQS QKYHPNRVWE VKVPSKQSWV TIPREQFTM ADKLLIWGTQ KGRPLWSSVS VNLETQMKPD TPQIFSQVDI SEEATLEATV QWAPPVWPPQ KVLICQFRYK E CQAETWTR LEPQLKTDGL TPVEMQNLEP GTCYQVSGRC QVENGYPWGE WSSPLSFQTP FAAAHHHHHH HH

UniProtKB: Interleukin-27 receptor subunit alpha

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride

詳細: Solutions were made fresh and 0.2um filtered
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot time 2s, blot force -2.
詳細0.8mg/ml

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 56523 / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1811398
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC ab-initio.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
詳細: Final reconstruction was performed using local refinement in cryoSPARC.
使用した粒子像数: 208431
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 400000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
詳細: Final 3D classification was performed using heterogeneous refinement in cryoSPARC.

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原子モデル構築 1

詳細Initial fitting was performed using Chimera and ChimeraX. Then ISOLDE and Phenix real space refine were used to refine the model.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7z0l:
IL-27 signalling complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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