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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14396 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (T-zone), 4 x binned, processed. | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (T-zone), 4 x binned, processed. | |||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Growth Cone / Neurons / Actin / Microtubules / Tomogram / CELL INVASION | |||||||||||||||||||||
生物種 | Mus (ネズミ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Atherton J / Stouffer M / Francis F / Moores CA | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, フランス, 6件
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引用 | ジャーナル: J Cell Sci / 年: 2022 タイトル: Visualising the cytoskeletal machinery in neuronal growth cones using cryo-electron tomography. 著者: Joseph Atherton / Melissa Stouffer / Fiona Francis / Carolyn A Moores / 要旨: Neurons extend axons to form the complex circuitry of the mature brain. This depends on the coordinated response and continuous remodelling of the microtubule and F-actin networks in the axonal ...Neurons extend axons to form the complex circuitry of the mature brain. This depends on the coordinated response and continuous remodelling of the microtubule and F-actin networks in the axonal growth cone. Growth cone architecture remains poorly understood at nanoscales. We therefore investigated mouse hippocampal neuron growth cones using cryo-electron tomography to directly visualise their three-dimensional subcellular architecture with molecular detail. Our data showed that the hexagonal arrays of actin bundles that form filopodia penetrate and terminate deep within the growth cone interior. We directly observed the modulation of these and other growth cone actin bundles by alteration of individual F-actin helical structures. Microtubules with blunt, slightly flared or gently curved ends predominated in the growth cone, frequently contained lumenal particles and exhibited lattice defects. Investigation of the effect of absence of doublecortin, a neurodevelopmental cytoskeleton regulator, on growth cone cytoskeleton showed no major anomalies in overall growth cone organisation or in F-actin subpopulations. However, our data suggested that microtubules sustained more structural defects, highlighting the importance of microtubule integrity during growth cone migration. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14396.map.gz | 608.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14396-v30.xml emd-14396.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14396.png | 259.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14396.cif.gz | 4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14396 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14396 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14396_validation.pdf.gz | 383.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14396_full_validation.pdf.gz | 382.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14396_validation.xml.gz | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14396_validation.cif.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14396 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14396 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14396.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 655.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (T-zone), 4 x binned, processed. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 21.55 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (T-zone), 4 x bi...
全体 | 名称: Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (T-zone), 4 x binned, processed. |
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要素 |
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-超分子 #1: Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (T-zone), 4 x bi...
超分子 | 名称: Tomogram of wild-type mouse neuronal growth cone (T-zone), 4 x binned, processed. タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: In situ tomogram |
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由来(天然) | 生物種: Mus (ネズミ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: Cells were cultured in neurobasal media |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/4 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | In situ tomogram |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 110.0 e/Å2 / 詳細: Dose weighted |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD 詳細: Tomogram binned x 4 and B-factor of 100,000 applied for display. 使用した粒子像数: 41 |
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