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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14392 | |||||||||
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タイトル | Composite map of two E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) complexes bound to Ku70/80 blocked dsDNA in endonuclease state | |||||||||
マップデータ | Composite map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Chaetomium thermophilum (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Gut F / Kaeshammer L / Lammens K / Bartho J / van de Logt E / Kessler B / Hopfner KP | |||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of endonucleolytic processing of blocked DNA ends and hairpins by Mre11-Rad50. 著者: Fabian Gut / Lisa Käshammer / Katja Lammens / Joseph D Bartho / Anna-Maria Boggusch / Erik van de Logt / Brigitte Kessler / Karl-Peter Hopfner / 要旨: DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability and are linked to tumorigenesis in humans. Repair of DSBs requires the removal of attached proteins and hairpins through a poorly understood ...DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability and are linked to tumorigenesis in humans. Repair of DSBs requires the removal of attached proteins and hairpins through a poorly understood but physiologically critical endonuclease activity by the Mre11-Rad50 complex. Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of the bacterial Mre11-Rad50 homolog SbcCD bound to a protein-blocked DNA end and a DNA hairpin. The structures reveal that Mre11-Rad50 bends internal DNA for endonucleolytic cleavage and show how internal DNA, DNA ends, and hairpins are processed through a similar ATP-regulated conformational state. Furthermore, Mre11-Rad50 is loaded onto blocked DNA ends with Mre11 pointing away from the block, explaining the distinct biochemistries of 3' → 5' exonucleolytic and endonucleolytic incision through the way Mre11-Rad50 interacts with diverse DNA ends. In summary, our results unify Mre11-Rad50's enigmatic nuclease diversity within a single structural framework and reveal how blocked DNA ends and hairpins are processed. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14392.map.gz | 392.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14392-v30.xml emd-14392.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14392.png | 124.4 KB | ||
マスクデータ | emd_14392_msk_1.map | 824 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_14392_additional_1.map.gz emd_14392_half_map_1.map.gz emd_14392_half_map_2.map.gz | 404.8 MB 765.6 MB 765.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14392 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14392 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14392_validation.pdf.gz | 944.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14392_full_validation.pdf.gz | 943.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14392_validation.xml.gz | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14392_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14392 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14392 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14392.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14392_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_14392_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14392_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14392_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ku-RM-MR-Ku state of two Mre11-Rad50 complexes bound to Ku70/80 b...
全体 | 名称: Ku-RM-MR-Ku state of two Mre11-Rad50 complexes bound to Ku70/80 blocked double-stranded DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Ku-RM-MR-Ku state of two Mre11-Rad50 complexes bound to Ku70/80 b...
超分子 | 名称: Ku-RM-MR-Ku state of two Mre11-Rad50 complexes bound to Ku70/80 blocked double-stranded DNA タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #2: E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) bound to dsDNA
超分子 | 名称: E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) bound to dsDNA / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: C. thermophilum Ku70/80 bound to dsDNA
超分子 | 名称: C. thermophilum Ku70/80 bound to dsDNA / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.19 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10494 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |