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万見
- EMDB-14370: Ad-DogTag:DogCatcher-RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14370
タイトルAd-DogTag:DogCatcher-RBD
マップデータCryoEM structure of Ad-DogTag:DogCatcher-RBD
試料
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
生物種Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Dicks MDJ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Ther / 年: 2022
タイトル: Modular capsid decoration boosts adenovirus vaccine-induced humoral immunity against SARS-CoV-2.
著者: Matthew D J Dicks / Louisa M Rose / Rebecca A Russell / Lesley A H Bowman / Carl Graham / Jose M Jimenez-Guardeño / Katie J Doores / Michael H Malim / Simon J Draper / Mark Howarth / Sumi Biswas /
要旨: Adenovirus vector vaccines have been widely and successfully deployed in response to coronavirus disease 2019 (COVID-19). However, despite inducing potent T cell immunity, improvement of vaccine- ...Adenovirus vector vaccines have been widely and successfully deployed in response to coronavirus disease 2019 (COVID-19). However, despite inducing potent T cell immunity, improvement of vaccine-specific antibody responses upon homologous boosting is modest compared with other technologies. Here, we describe a system enabling modular decoration of adenovirus capsid surfaces with antigens and demonstrate potent induction of humoral immunity against these displayed antigens. Ligand attachment via a covalent bond was achieved using a protein superglue, DogTag/DogCatcher (similar to SpyTag/SpyCatcher), in a rapid and spontaneous reaction requiring only co-incubation of ligand and vector components. DogTag was inserted into surface-exposed loops in the adenovirus hexon protein to allow attachment of DogCatcher-fused ligands on virus particles. Efficient coverage of the capsid surface was achieved using various ligands, with vector infectivity retained in each case. Capsid decoration shielded particles from vector neutralizing antibodies. In prime-boost regimens, adenovirus vectors decorated with the receptor-binding domain of severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) spike induced >10-fold higher SARS-CoV-2 neutralization titers compared with an undecorated vector encoding spike. Importantly, decorated vectors achieved equivalent or superior T cell immunogenicity against encoded antigens compared with undecorated vectors. We propose capsid decoration using protein superglues as a novel strategy to improve efficacy and boostability of adenovirus-based vaccines and therapeutics.
履歴
登録2022年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2022年12月21日-
現状2022年12月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14370.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14370.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of Ad-DogTag:DogCatcher-RBD
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.19 Å/pix.
x 288 pix.
= 1494.72 Å		5.19 Å/pix.
x 288 pix.
= 1494.72 Å		5.19 Å/pix.
x 288 pix.
= 1494.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.19 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.3
最小 - 最大-3.888648 - 4.4579563
平均 (標準偏差)-0.021553824 (±0.56286556)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 1494.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human adenovirus 5

全体名称: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
要素
  • ウイルス: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)

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超分子 #1: Human adenovirus 5

超分子名称: Human adenovirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Human adenovirus 5 particle displaying the receptor binding domain (RBD) of SARS CoV-2 spike on the surface of the adenovirus capsid. Adenovirus component produced in HEK293 cells, RBD ...詳細: Human adenovirus 5 particle displaying the receptor binding domain (RBD) of SARS CoV-2 spike on the surface of the adenovirus capsid. Adenovirus component produced in HEK293 cells, RBD component produced in CHO-S cells. Components conjugated in vitro using DogTag/DogCatcher protein superglue.
NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 28307
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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