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- EMDB-14349: 64K CDS Apoferritin map reconstructed from 7.2K sub-tomograms wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14349
タイトル64K CDS Apoferritin map reconstructed from 7.2K sub-tomograms with emClarity
マップデータSharpened emClarity map
試料
  • 複合体: human Apoferritin
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Clare DK
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Not fundedcm26464-2 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.9 A STRUCTURE OF HUMAN APOFERRITIN OBTAINED FROM TITAN KRIOS 2 AT eBIC, DLS UNDER COMMISSIONING SESSION CM26464-2 USING SUB-TOMOGRAM AVERAGING FROM 7.2K SUB-TOMOGRAMS
著者: Clare DK
履歴
登録2022年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2023年2月22日-
現状2023年2月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14349.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14349.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened emClarity map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.356 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.56
最小 - 最大-10.609032 - 15.670429
平均 (標準偏差)0.03266742 (±0.8972449)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ177177177
Spacing177177177
セルA=B=C: 240.012 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human Apoferritin

全体名称: human Apoferritin
要素
  • 複合体: human Apoferritin

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超分子 #1: human Apoferritin

超分子名称: human Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Heavy chain
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 500 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time of 2.5 seconds.
詳細The apoferritin sample was applied to in-house graphene-coated Quantifoil r2/2 EM grid

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Dose symmetric tilt series
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.6 sec. / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: emClarity / 使用したサブトモグラム数: 7200
抽出トモグラム数: 6 / 使用した粒子像数: 7200 / 参照モデル: from SPA / 手法: emClarity / ソフトウェア - 名称: emClarity / 詳細: Template matching
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: emClarity
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: emClarity

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7r5o

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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