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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | 130K AFIS-FFI SR-bin2 Apoferritin map | |||||||||
![]() | 130K AFIS-FFI SR-bin2 Apoferritin map post processed in Relion | |||||||||
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生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.59 Å | |||||||||
![]() | Clare DK | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: 1.59 A STRUCTURE OF HUMAN APOFERRITIN OBTAINED FROM TITAN KRIOS 4 AT eBIC, DLS, UNDER COMMISSIONING SESSION CM28151-1 著者: Clare DK | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 23 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 321 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 86 MB 86 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 514.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 514.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 130K AFIS-FFI SR-bin2 Apoferritin map post processed in Relion | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.651 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_14337_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_14337_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : human Apoferritin
全体 | 名称: human Apoferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: human Apoferritin
超分子 | 名称: human Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Heavy chain |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time of 2.5 seconds. |
詳細 | The apoferritin sample was applied to in-house graphene-coated Quantifoil r2/2 EM grid |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9049 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 29.3 e/Å2 / 詳細: 40 frames per movie |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |