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万見
- EMDB-1420: DNA poised for release in bacteriophage phi29. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1420
タイトルDNA poised for release in bacteriophage phi29.
マップデータ3D map of fiberless phi29 virion
試料
  • 試料: phi29 fiberless virion
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Tang J / Olson N / Jardine P / Grimes S / Anderson D / Baker T
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: DNA poised for release in bacteriophage phi29.
著者: Jinghua Tang / Norman Olson / Paul J Jardine / Shelley Grimes / Dwight L Anderson / Timothy S Baker /
要旨: We present here the first asymmetric, three-dimensional reconstruction of a tailed dsDNA virus, the mature bacteriophage phi29, at subnanometer resolution. This structure reveals the rich detail of ...We present here the first asymmetric, three-dimensional reconstruction of a tailed dsDNA virus, the mature bacteriophage phi29, at subnanometer resolution. This structure reveals the rich detail of the asymmetric interactions and conformational dynamics of the phi29 protein and DNA components, and provides novel insight into the mechanics of virus assembly. For example, the dodecameric head-tail connector protein undergoes significant rearrangement upon assembly into the virion. Specific interactions occur between the tightly packed dsDNA and the proteins of the head and tail. Of particular interest and novelty, an approximately 60A diameter toroid of dsDNA was observed in the connector-lower collar cavity. The extreme deformation that occurs over a small stretch of DNA is likely a consequence of the high pressure of the packaged genome. This toroid structure may help retain the DNA inside the capsid prior to its injection into the bacterial host.
履歴
登録2007年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年9月10日-
マップ公開2008年9月10日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1420.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1420.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 101.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D map of fiberless phi29 virion
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.68 Å/pix.
x 301 pix.
= 301.76 Å		3.68 Å/pix.
x 301 pix.
= 301.76 Å		3.68 Å/pix.
x 301 pix.
= 301.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.27 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-0.159463 - 23.732399999999998
平均 (標準偏差)0.00000000790474 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-105
サイズ301301301
Spacing301301301
セルA=B=C: 301.76 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.683.683.68
M x/y/z828282
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z301.760301.760301.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-30-30-49
NX/NY/NZ6060100
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-105
NC/NR/NS301301301
D min/max/mean-0.15923.7320.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : phi29 fiberless virion

全体名称: phi29 fiberless virion
要素
  • 試料: phi29 fiberless virion
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)

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超分子 #1000: phi29 fiberless virion

超分子名称: phi29 fiberless virion / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Bacillus phage phi29

超分子名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10756 / 生物種: Bacillus phage phi29 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: REICHERT-JUNG PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG/ST
日付2008年6月11日
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 78 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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