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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14190 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of bacterial transcription close complex (RPc) | |||||||||
マップデータ | Local filtered map: wild-type trancription close complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cryo EM / RNA polymerase / transcription close complex / sigma54 / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-binding transcription activator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...DNA-binding transcription activator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Ye FZ / Zhang XD | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Mechanisms of DNA opening revealed in AAA+ transcription complex structures. 著者: Fuzhou Ye / Forson Gao / Xiaojiao Liu / Martin Buck / Xiaodong Zhang / 要旨: Gene transcription is carried out by RNA polymerase (RNAP) and requires the conversion of the initial closed promoter complex, where DNA is double stranded, to a transcription-competent open promoter ...Gene transcription is carried out by RNA polymerase (RNAP) and requires the conversion of the initial closed promoter complex, where DNA is double stranded, to a transcription-competent open promoter complex, where DNA is opened up. In bacteria, RNAP relies on σ factors for its promoter specificities. Using a special form of sigma factor (σ), which forms a stable closed complex and requires its activator that belongs to the AAA+ ATPases (ATPases associated with diverse cellular activities), we obtained cryo-electron microscopy structures of transcription initiation complexes that reveal a previously unidentified process of DNA melting opening. The σ amino terminus threads through the locally opened up DNA and then becomes enclosed by the AAA+ hexameric ring in the activator-bound intermediate complex. Our structures suggest how ATP hydrolysis by the AAA+ activator could remove the σ inhibition while helping to open up DNA, using σ amino-terminal peptide as a pry bar. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14190.map.gz | 40 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14190-v30.xml emd-14190.xml | 23.4 KB 23.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14190.png | 121.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14190.cif.gz | 9.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14190 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14190_validation.pdf.gz | 423.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14190_full_validation.pdf.gz | 422.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14190_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14190_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14190 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7qwpMC 7qv9C 7qxiC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Local filtered map: wild-type trancription close complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holo enzyme with prom...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holo enzyme with promoter DNA closed complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holo enzyme with prom...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of RNA polymerase-sigma54 holo enzyme with promoter DNA closed complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 36.55868 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha |
-分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 150.820875 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MDQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELEDE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta |
-分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 155.366781 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA LEEFGDEFDA KMGAEAIQAL LKSMDLEQEC EQLREELNET NSETKRKKLT KRIKLLEAFV QSGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYGKLE LRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMT RDCVNAKGEG MVLTGPKEAE RLYRSGLASL HARVKVRITE YEKDAN GEL VAKTSLKDTT VGRAILWMIV PKGLPYSIVN QALGKKAISK MLNTCYRILG LKPTVIFADQ IMYTGFAYAA RSGASVG ID DMVIPEKKHE IISEAEAEVA EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWAAANDR VSKAMMDNLQ TETVINRDGQ EEKQVSFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EDDCGTHEGI MMTPVIEGGD VKEPLRDRVL GRVTAEDVLK PGTADILVPR NTLLHEQWCD LLEENSVDAV KVRSVVSCD TDFGVCAHCY GRDLARGHII NKGEAIGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRAAAESS IQVKNKGSIK L SNVKSVVN SSGKLVITSR NTELKLIDEF GRTKESYKVP YGAVLAKGDG EQVAGGETVA NWDPHTMPVI TEVSGFVRFT DM IDGQTIT RQTDELTGLS SLVVLDSAER TAGGKDLRPA LKIVDAQGND VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV QLEDGVQISS GDT LARIPQ ESGGTKDITG GLPRVADLFE ARRPKEPAIL AEISGIVSFG KETKGKRRLV ITPVDGSDPY EEMIPKWRQL NVFE GERVE RGDVISDGPE APHDILRLRG VHAVTRYIVN EVQDVYRLQG VKINDKHIEV IVRQMLRKAT IVNAGSSDFL EGEQV EYSR VKIANRELEA NGKVGATYSR DLLGITKASL ATESFISAAS FQETTRVLTE AAVAGKRDEL RGLKENVIVG RLIPAG TGY AYHQDRMRRR AAGEAPAAPQ VTAEDASASL AELLNAGLGG SDNE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' |
-分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 10.249547 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega |
-分子 #5: RNA polymerase sigma-54 factor
分子 | 名称: RNA polymerase sigma-54 factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 56.151 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MKQGLQLRLS QQLAMTPQLQ QAIRLLQLST LELQQELQQA LESNPLLEET DLHDEVEAKE VEDRESLDT VDALEQKEMP DELPLDASWD EIYTAGTPSG NGVDYQDDEL PVYQGETTQT LQDYLMWQVE LTPFTDTDRA I ATSIVDAV ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MKQGLQLRLS QQLAMTPQLQ QAIRLLQLST LELQQELQQA LESNPLLEET DLHDEVEAKE VEDRESLDT VDALEQKEMP DELPLDASWD EIYTAGTPSG NGVDYQDDEL PVYQGETTQT LQDYLMWQVE LTPFTDTDRA I ATSIVDAV DDTGYLTIQI EDIVDSIGDD EIGLEEVEAV LKRIQRFDPV GVAAKDLRDC LLIQLSQFAK ETPWLEEARL II SDHLDLL ANHDFRTLMR VTRLKEEVLK EAVNLIQSLD PRPGQSIQTS EPEYVIPDVL VRKVSGRWTV ELNADSIPRL KIN QQYAAM GNSARNDADG QFIRSNLQEA RWLIKSLESR NDTLLRVSRC IVEQQQAFFE QGEEYMKPMV LADIAQAVEM HEST ISRVT TQKYLHSPRG IFELKYFFSS HVNTEGGGEA SSTAIRALVK KLIAAENPAK PLSDSKLTSM LSEQGIMVAR RTVAK YRES LSIPPSNQRK QLV UniProtKB: RNA polymerase sigma-54 factor |
-分子 #6: Non-Template promoter DNA
分子 | 名称: Non-Template promoter DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 19.439387 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC) (DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT) ...文字列: (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC) (DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA) (DT)(DG)(DT) |
-分子 #7: Template promoter DNA
分子 | 名称: Template promoter DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 19.40441 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG) (DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DA) ...文字列: (DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG) (DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC) (DG)(DT) (DC)(DT)(DC) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 mM KCl, 10 mM MgCl2 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | The sample was mxied in vitro in an order to form complex |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14780 / 平均露光時間: 4.1 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |